BS3-d4 (bis(sulfosuccinimidyl) 2,2,7,7-suberate-d4)

Thermo Scientific Pierce BS3-d0/d4 Reagenzien bilden einen zusammenpassenden Satz schwerer (deuterierter) und leichter Massenvarianten des BS3-aminreaktiven Crosslinkers, der die Identifizierung vernetzter Peptide durch Massenspektrometrie erleichtert.

Die BS3-d0/d4-Reagenzien sind Massen-Analoga des beliebten BS3-Crosslinkers (Art.Nr. 21580). Die d-Zero-Variante (BS3-d0) besitzt gewöhnliche Wasserstoffatome, während die d-Four-Variante (BS3-d4) vier Deuteriumatome enthält, die sie genau vier Wasserstoffmasseneinheiten schwerer machen. Wenn die beiden Sorten gemischt und zur Vernetzung interagierender Proteine verwendet werden, ergeben sich charakteristische Massenmuster, die eine eindeutige Identifizierung der vernetzten Moleküle ermöglichen.

Merkmale von BS3-d0/d4-Reagenzien:

• Deuteriummarkiertes BS3 und sein standardmäßiges, reines Wasserstoff-Analog — speziell für die Vernetzung von Proteinstrukturen hergestellt: Funktionsanalyse mittels Massenspektrometrie
• Leichte Identifizierung vernetzter Fragmente — Peptidmassen, die sich um 4 Einheiten unterscheiden, identifizieren eindeutig die Vernetzung an spezifischen Loci innerhalb einer Proteininteraktionsstruktur
• Anwendungsspezifische Instruktionen — führen den Erstanwender durch die Anwendung
• Die Methode erfordert nur Mikrogrammmengen von Proteinen — eine hervorragende Alternative zu NMR- oder Röntgenkristallographieverfahren, die große Mengen an Proteinen erfordern. Spezielle Lösungsmittel oder Kristallbildung

Die Zugabe einer äquimolaren Mischung aus zwei identischen Vernetzungsmitteln, die sich nur in der Anzahl der Deuteriumatome in ihren chemischen Strukturen unterscheiden, bietet eine leistungsfähige Methode zur Identifizierung von Peptiden mit geringer Abundanz und einzeln miteinander vernetzten Peptiden mittels Massenspektronomie. Die Vernetzung von Proteininteraktionen mit BS2G-d0/d4-Reagenzien erzeugt charakteristische Massenmuster, bei denen sich vernetzte Peptide nach dem enzymatischen Verdau des vernetzten Protein- oder Proteinkomplexes um 4 Masseneinheiten unterscheiden. Eine weitere Analyse der Reaktionsprodukte kann zu dreidimensionalen Strukturinformationen mit niedriger Auflösung führen.

Die Reagenzien BS3-d0/d4 und BS2G-d0/BS2G-d4 sind homobifunktionale, aminreaktive, nicht spaltbare, wasserlösliche Vernetzungsmittel mit definierter Länge ihrer Spacerarme. Diese Reagenzien können als molekulare Lineale zur Schätzung räumlicher Beziehungen in Studien zur Proteinstrukturfunktion dienen. Sowohl leichte als auch deuterierte Analoga reagieren effizient mit primären Aminen (—NH2) bei pH-Werten von 7 bis 9 und bilden so stabile Amidbindungen. Proteine enthalten in der Regel mehrere primäre Amine in der Seitenkette von Lysin-(K)-Resten und am N-Terminus jedes Polypeptids, die als Target-Moleküle für die beiden Sulfo-NHS-Ester-reaktiven Gruppen in jedem dieser Reagenzien zur Verfügung stehen. Diese Reagenzien werden als Natriumsalz geliefert und sind in Wasser mit einer Konzentration von bis zu 10 mM löslich.

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