CytoScan™ HD Training Kit
CytoScan™ HD Training Kit
Applied Biosystems™

CytoScan™ HD Training Kit

Dieses CytoScan™ HD-Assay-Schulungskit enthält Arrays und Reagenzien für 24 Reaktionen sowie Schulungsmaterialien für die CytoScan HD Cytogenetik-Komplettlösung. Für die CytoScanWeitere Informationen
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KatalognummerMenge
9018341 Kit
Katalognummer 901834
Preis (EUR)
-
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Menge:
1 Kit
Dieses CytoScan™ HD-Assay-Schulungskit enthält Arrays und Reagenzien für 24 Reaktionen sowie Schulungsmaterialien für die CytoScan HD Cytogenetik-Komplettlösung.

Für die CytoScan HD Cytogenetics Solution ist eine Kundenschulung erforderlich. Je nach Erfahrungsniveau stehen verschiedene Schulungsprogramme zur Verfügung. Weitere Informationen erhalten Sie von Ihrem örtlichen Händler.

CytoScan HD Cytogenetik-Lösung
Die komplette CytoScan HD Cytogenetik-Lösung umfasst CytoScan HD Array, CytoScan Reagenzien-Kit, anwenderfreundliche Chromosome Analysis Suite (Chas) Software und das bewährte GeneChip Instrument-System.

Höchste genomische Abdeckung: Die heute und in Zukunft relevante
CytoScan HD-Lösung bietet die breiteste Abdeckung und höchste Leistung für die Erkennung humaner chromosomaler Aberrationen. CytoScan HD Array hat eine Empfindlichkeit von mehr als 99 % und kann mit SNP (Allelic)-Rufankorrosion zuverlässig 25-50 kb-Kopienzahländerungen im Genom mit hoher Spezifität erkennen. Mit mehr als 2,6 Millionen Marker für die Anzahl der Kopien wurde CytoScan Array für seine branchenführende Abdeckung aller OMIM™ - und RefSeq Gene ausgezeichnet. Auf einer einzigen Plattform bietet CytoScan HD Solution eine hohe Auflösung des gesamten Genoms, die sich über Promoter- und miRNA-Regionen erstreckt, um relevante Aberrationsdetektion und -berichte zu erstellen. Das gesamte Genomarray übertrifft die Grenzen der aktuellen Datenbankkurationen und sorgt dafür, dass neue Erkenntnisse für zukünftige Entdeckungen und Anmerkungen katalogisiert werden können, die von gezielten Entwürfen häufig übersehen werden.

High-Density SNPs: Gen-Level-Heterozygositätsbestimmung
CytoScan HD-Array umfasst 750.000 SNPs mit einer Genauigkeit von über 99 % zur Erkennung einer genauen Breakpoint-Schätzung, Verlust der Heterozygositätsbestimmung (LOH), Regionen mit identischer Abstammung, mütterliche Kontamination und Mosaizismus mit niedrigem Niveau. Die allelischen Informationen bieten eine leistungsstarke Visualisierung des zusätzlichen Vertrauens hinter CNV-Anrufen sowie Informationen zur Probenheterogenität, klonaler Vielfalt und unielterlicher Disomie (UPD).

Unterstützen Sie das breiteste Spektrum an Probentypen – , einschließlich FFPE!
CytoScan HD Array unterstützt verschiedene Probentypen für die Analyse von Krebs und konstitutioneller zytogenetischer Forschung, einschließlich Blut, Knochenmark, Bukcal, Speichel, Frische und gefrorene Gewebe, direkt/kultivierte Zellen, Amniozyten und FFPE-Proben.

Optimierter Reagenzienkit – optimierter Arbeitsablauf
CytoScan HD-Lösung wurde optimiert, um Laborzeit, Geld und Ressourcen zu sparen. Das vereinfachte und optimierte Assay-Protokoll ist an die Anforderungen des Laborarbeitsablaufs angepasst, sodass Konsistenz, hochwertige Ergebnisse und weniger Bedienerfehler leichter erzielt werden können. Das Reagenzienkit enthält alle für das Array erforderlichen Reagenzien, einschließlich Magnetbeads, außer Ethanol und einem DNA-Amplifikationskit (Bitte wenden Sie sich an den Technischen Support, um eine Empfehlung zu unseren DNA-Amplifikationskits zu erhalten). Jede Komponente durchläuft eine strenge Qualitätskontrolle durch uns, um mit CytoScan HD Arrays höchste Reproduzierbarkeit und Leistung zu gewährleisten. Das CytoScan Protokoll kann innerhalb von 2,5 Tagen mit nur 7 Stunden Praxiszeit durchgeführt werden.

Affymetrix NIMBUS Target Preparation Instrument – automatisieren Sie Ihren Arbeitsablauf
NIMBUS Target Preparation Instrument bietet Ihrem Labor den ersten Platz in kompakten Geräten zur Flüssigkeitshandhabung. Die schlanke NIMBUS-Workstation ist optimiert für die Automatisierung des Post-PCR-Teils des CytoScan Assays, einschließlich der DNA-Aufreinigung und Pooling Phasen. CytoScan Automated Target Preparation Solution ist ideal für Labore, die mit Leichtigkeit 24 oder 48 Proben verarbeiten und den Probendurchsatz erhöhen möchten.

Chromosom Analysis Suite (Chas) Software: Entwickelt von Cytogenetikern für Zytogenetiker
Die beliebte Chas Software ist auf die zytogenetische Forschungsanalyse und Berichterstellung zugeschnitten. Die Software ist als Teil der kompletten CytoScan HD Lösung kostenlos erhältlich.

Verwandte Links
CytoScan™ HD Array Kit und Reagent Kit Bundle.

Nur für Forschungszwecke. Nicht zur Verwendung bei diagnostischen Verfahren.

Specifications
Anzahl Marker2.4 million markers
Menge1 Kit
TypHD Training Kit
ArrayCytogenetics, Copy Number
FormatGeneChip Sondenarray
Anzahl Arrays24 Arrays
Unit SizeEach

Häufig gestellte Fragen (FAQ)

Which thermocycler can I use for the CytoScan HD assay?

Here is the link to the CytoScan assay user guide: https://assets.thermofisher.com/TFS-Assets/LSG/manuals/703038_cytoscan_assay_UG.pdf
In Appendix D (starting on page 67), the manual outlines specifications for compatible thermocyclers. Any thermocycler that fits those specifications will work.

Note: Use the silver or gold-plated block only, do not use an aluminum block. In order to determine which block you have, look at the serial number on the block. An "A" in the serial number indicates that the block is aluminum; an "S" indicates that it is silver. Also, an aluminum block has a honeycomb appearance between the wells, whereas a silver block is smooth.

What are the recommended genomic DNA extraction methods for CytoScan HD assay?

Methods that include boiling or strong denaturants are not acceptable, because the DNA would be rendered single-stranded. For genomic DNA extraction, we recommend using either the Qiagen Gentra Puregene Kit or the 5 Prime PerfectPure DNA Blood Kit.

Our CytoScan HD Assay requires genomic DNA concentration ≥50 ng/µL. Therefore, the elution volumes for each of the kits will need to be adjusted accordingly to achieve the desired concentration.

The presence of RNA and free nucleotides can interfere with some quantitation methods using a spectrophotometer or a NanoDrop instrument. To eliminate RNA contamination, perform RNase treatment during extraction as follows:
- For QIAGEN Gentra Puregene Kit: Perform RNase treatment as recommended in the extraction kit manual prior to elution of genomic DNA.
- For 5 PRIME PerfectPure DNA Blood Kit: Use only RNase-treated purification columns for extraction of genomic DNA.

The purified genomic DNA extracted using the two methods above should meet the DNA quality specifications per the manufacturer’s kit extraction manual.
Note: Both blood and cell line sample sources have been tested for the CytoScan HD assay.

What are the specifications for the CytoScan HD Array?

The CytoScan HD Array includes 750,000 "genotype-able" SNPs and 1.9 million non-polymorphic probes. The CytoScan HD Array covers both constitutional and cancer genes with: - ISCA constitutional coverage at 1 marker /384 bases
- Complete cancer gene coverage at 1 marker / 553 bases
- 12,000 OMIM genes at 1 marker / 659 bases
- >36,000 RefSeq genes with 1 marker / 880 bases
- Backbone (non-gene) coverage of 1 marker / 1,737 bases across genome for breakpoints

Array format: 49
Feature size: 5 µM
Time to scan per array: ~32 mins
Hyb temperature: 50 degrees C

The CytoScan HD Array uses the following QC metrics:
- SNPQC ≥15
- MAPD ≤0.25
- Waviness SD ≤0.12

I accidentally froze the wash buffers in my CytoScan HD Kit. Can I still use them for purification?

The Purification Wash Buffer and Elution Buffer are not affected by being frozen at -20 degrees C and are safe to use for purification.

How is gender determined by the Cytoscan HD array?

A subset of Y probes is used and run through a Hidden Markov Model to determine gender. Copy number of 0 or 1. 0 indicates female and 1 indicates male.

Find additional tips, troubleshooting help, and resources within our Microarray Analysis Support Center.