MICROBEnrich™ Kit

Zur Trennung und Isolierung bakterieller RNA aus Probengemischen. Das Ambion™ Kit enthält ausreichend Reagenzien für den Abbau von 500 µg Wirtszellen-RNA (20 Reaktionen x 25 µg RNA) aus einer komplexen RNA-Mischung aus Wirtsbakterien. Die Genexpressionsanalyse nach Interaktionen mit Wirtsbakterien revolutioniert unser Verständnis der Reaktion von Wirten auf bakterielle Infektionen. In zahlreichen Studien wurden Mikroarray-Analysen eingesetzt, um Veränderungen des Wirtszelltranskriptoms als Reaktion auf Interaktionen mit Bakterien zu verfolgen. Da es jedoch keine Methode zur Isolierung bakterieller RNA abseits der Wirtszellen-RNA gab, waren entsprechende Analysen bakterieller Transkriptome unmöglich. Das MICROBEnrich™ Kit ermöglicht die genomweite Mikroarray-Expressionsanalyse bakterieller RNA nach Interaktionen mit bakteriellen Hosts.

Beginnen Sie mit einer beliebigen Gesamt-RNA-Probe
Für Mikroarray-Analysen und andere empfindliche Anwendungen wird eine DNase-Behandlung empfohlen, um kontaminierende genomische DNA vor dem Verfahren mit dem MICROBEnrich™ Kit aus der Gesamt-RNA zu entfernen.

Entfernen von > 90 % der Säugetier-RNA aus komplexen Gesamt-RNA-Mischungen
Das MICROBEnrich™ Kit nutzt Hybrid-Capture-Technologie (Patent angemeldet) zur Entfernung von Human-, Maus- und Ratten-RNA (sowohl mRNA als auch rRNA) aus komplexen Wirtsbakterien-RNA-Populationen und liefert angereicherte mikrobielle Gesamt-RNA. Im ersten Schritt des Verfahrens wird die Gesamt-RNA der Wirtsbakterien mit einer Mischung aus Oligonukleotiden für die Erfassung inkubiert, die die 18S- und 28S-rRNAs sowie polyadenylierte RNAs von Säugetieren binden. Anschließend werden die rRNA-/Oligo-Nukleotid-Hybride und alle polyadenylierten mRNAs mit von Oligonukleotiden abgeleiteten Magnet-Beads aus dem Gemisch entfernt. Nach der magnetischen Trennung bleibt die im Überstand verbleibende Bakterien-RNA übrig und kann mit Ethanol ausgefällt werden. Ein Agilent 2100 Bioanalyseelektropherogramm (siehe Abbildung) zeigt die nahezu vollständige Entfernung (> 95 %) der Wirts-18S- und -28S-rRNAs aus einer gemischten Probe. Die mit dem MICROBEnrich™ Kit aufgereinigten bakteriellen mRNAs sind bessere Vorlagen für nachfolgende Anwendungen als die Gesamt-RNA und sorgen für eine drastische Erhöhung der Empfindlichkeit bei Anwendungen wie Array-Analysen (siehe Abbildung).

Das MICROBEnrich™ Kit ist für alle Bakterienarten geeignet
Das MICROBEnrich™ Kit wurde mit E. coli-RNA im Hintergrund von Human-, Maus- und Ratten-RNA optimiert. Das Kit sollte jedoch mit der RNA jeder Bakterienart gut funktionieren. Obwohl möglicherweise viele Wirtsspezies von Säugetieren mit dem MICROBEnrich™ Kit kompatibel sind, wurden für die Entwicklung und Optimierung von Oligonukleotiden für die Erfassung nur Human-, Maus- und Ratten-rRNA-Sequenzen verwendet.

Zubehörprodukte:
Für dieses Kit ist ein Magnetfuß erforderlich. Diese sind in verschiedenen Formaten erhältlich, darunter der Einzelplatz-Magnetständer (SKU-Nr. AM10026), der 6-Röhrchen-Magnetständer (SKU-Nr. AM10055) und die 96-Well-Magnetständer (SKU-Nr. AM10027 und Nr. AM10050). Das RiboPure™ Bakterienkit (SKU-Nr. AM1925) eignet sich ideal für die Aufreinigung der Gesamt-RNA der Zellen von Wirtsbakterien. Die TURBO™ DNA-free™ oder DNA-free™ Reagenzien für die DNase- und Entnahmebehandlung (SKU-Nr. AM1907 bzw. AM1906) werden für die Mikroarray-Analyse und andere Anwendungen empfohlen, bei denen die Entfernung kontaminierender genomischer DNA erforderlich ist. Nach dem MICROBEnrich™-Verfahren kann bakterielle mRNA mit dem MicrobExpress™ mRNA-Anreicherungskit für Bakterien (SKU-Nr. AM1905) aus der Gesamt-RNA gereinigt werden. Diese Technologie ermöglicht die Entfernung von prokaryotischen 16S- und 23S-rRNAs zu 95 %.