Acetonitril wird als polares aprotisches Lösungsmittel in der organischen Synthese und bei der Aufreinigung von Butadien verwendet. Wird in allen Analyselabors als Hauptkomponente der mobilen Phase in der Hochleistungsflüssigkeitschromatographie (HPLC) und in der Flüssigchromatographie – Massenspektrometrie (LC-MS) verwendet. Wird für die Extraktion von Fettsäuren, Spinnfasern und das Gießen und Formen von Kunststoffmaterialien verwendet. Wässrige Zweiphasensysteme auf der Basis von Acetonitril und Kohlenhydraten spielen bei der Extraktion und Aufreinigung von Biomolekülen, so genannten Vanillinen, eine wichtige Rolle. Dient als Stabilisator für chlorierte Lösungsmittel und findet Verwendung bei der Herstellung von DNA-Oligonukleotiden.

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