GeneChip™ Rhesus Gene 1.0 ST Array

Mit den GeneChip™ Rhesusaffen-Gen 1.0 ST-Arrays können Sie:
• Messen Sie die Expression im gesamten Gen mit höherer Auflösung und Genauigkeit als bei klassischen 3'-verzerrten Microarray-Lösungen
• Erhalten Sie genaue und reproduzierbare Daten, indem Sie für jedes Transkript mehrere unabhängige Messungen verwenden.

Hintergrund
Modell und angewandte Forschungsorganismen sind für die vergleichende Genomikforschung und die Evolutionsbiologie wichtig, und spielen weiterhin eine entscheidende Rolle bei der Entschlüsselung der molekularen Mechanismen, denen menschliche Krankheiten zugrunde liegen, und bei der Verbesserung der landwirtschaftlichen Kulturen. Die GeneChip Gene 1.0 ST Arrays wurden für die Analyse einer Vielzahl von Modell- und angewandten Forschungsorganismen entwickelt. Diese Organismen sind die neuesten Erweiterungen der wachsenden Familie von Genexpressionsmikroarrays, die eine vollständige Transkriptabdeckung bieten. Die GeneChip Gene 1.0 ST Arrays wurden in Zusammenarbeit mit einflussreichen Forschern wie Alan Archibald, Leiter der Abteilung für Genetik und Genomforschung am Roslin Institute (Porcine Array Design), Leonard Zon, Direktor des Stem Cell Research Program, und Yi Zhou, Genomic Core Director des Stammzellforschungsprogramms am Children's Hospital in Boston und der Harvard Medical School in Boston (Zebrafish Array-Design) entwickelt.

Hauptvorteile
• Höchste Transkriptabdeckung – für zuverlässige Expressionsmessungen gut annotierter Inhalte mit bis zu 26 Sonden pro Transkriptkopie
• Ganztranskriptomanalyse – Erfassung der Transkriptisoformen, die Sie mit 3'-verzerrten Expressionsdesigns verpassen können
• Hohe Datenkorrelation – ermöglicht eine hohe Signalkorrelation zwischen und innerhalb des Arrays (R > 0,99)

Bewährte Performance aus dem Industriestandard
GeneChip Gene 1.0 ST Arrays bieten eine vollständige Transkriptom-Abdeckung für ausgewählte Modell- und angewandte Forschungsorganismen. Alle Designs basieren auf dem neuesten genomischen Inhalt und bieten die höchste Sondenabdeckung (bis zu 26 Sonden über die gesamte Länge des Gens). Dies ermöglicht eine genaue Erkennung für die gesamte Transkriptommikroarray-Analyse und bietet eine höhere Auflösung und Genauigkeit als andere klassische 3'-verzerrte Microarray-Lösungen auf dem Markt. Der Ansatz der Ganztranskriptomanalyse ermöglicht es Forschern, mehrere Transkriptisoformen zu erkennen, einschließlich solcher, die mit einem 3'-verzerrten Expressionsdesign übersehen werden könnten, wie Spleißvarianten, nicht polyadenylierte Transkripte, Transkripte mit alternativen Polyadenylierungsstellen und abgeschnittene Transkripte.

Vollständige Reagenzien, Software und Gerätelösung für optimale Array-Leistung
Das Gene 1.0 ST Array wird als Teil einer umfassenden Lösung mit GeneChip Reagenzien und Instrumenten für Komfort und vollständige Unterstützung bereitgestellt:
• GeneChip WT Sense Target Labelling- und Kontrollreagenzien. Für ausführliche Informationen zum Verfahren der Assay- und Leistungsdaten siehe das WT Sense Target Labeling Assay-Handbuch
• GeneChip Fluidics Station 450 für die vollständige Verarbeitung des Arrays, um die höchste Reproduzierbarkeit zu erzielen
• GeneChip Scanner 3000 7G mit dem optionalen Autoloader für die Array-Bildakquisition

Wir bieten Ihnen verschiedene Tools, die Sie bei der Datenanalyse unterstützen, einschließlich GeneChip Expression Console, Software, NetAffx Analysis Center und Integrated Genome Browser (IGB).

Die Expression Console Software ist eine anwenderfreundliche Anwendung, die die Sondensatz-Zusammenfassung sowie die vorläufige Auswertung der Datenqualität ermöglicht. Ein einfacher Arbeitsablauf ermöglicht dem Anwender eine schnelle Analyse der Daten (siehe Abbildung). Die resultierenden Daten können mit Softwareanwendungen von GeneChip-kompatiblen™ Softwareanbietern weiter analysiert werden.

Das NetAffx Analysis Center mit regelmäßig aktualisierten biologischen und funktionellen Anmerkungen von Sondensätzen ist die umfassendste Ressource für Array-Anmerkungen und Sequenzinformationen. Flexible Abfragetools und externe Links ermöglichen es Forschern, Gene und Anmerkungen von Interesse zu durchforsten. Diese Ressource erleichtert die Interpretation von Microarray-Ergebnissen und die schnelle Entwicklung nachgeschalteter Studien.Arbeitsablauf
Forscher können mit IGB auch Ergebnisse in einem genomischen Kontext visualisieren. Genomische Anmerkungen einschließlich RefSeq Sequenzen, SNPs und genomische Positionen aus verschiedenen Quellen können neben den Daten des Mikroarray-Genexpressionssignals angezeigt werden.

Der Arbeitsablauf der Gen 1.0 ST Array-Datenanalyse ähnelt dem Arbeitsablauf für die 3'-Genexpressionsanalyse, wobei Expression Console 1.1, GeneChip-kompatible Software und Anmerkungstools von Drittanbietern im NetAffx Analysis Center und IGB verwendet werden.

Content Profile
GeneChip Gene 1.0 ST Arrays bieten die neueste Abdeckung des transkribierten Genoms. Wir verwenden eine umfassende Sammlung von Informationsquellen, um Sonden zu entwerfen, die bis zu 26 eindeutige Sequenzen jedes Transkripts abfragen. Zusammen fragen diese 26 einzigartigen 25-mer-Sonden bis zu 650 Basen pro Transkript ab. Diese hohe Sondenabdeckung über das gesamte Transkript führt zu einer überlegenen Leistung und Datenzuverlässigkeit sowie zur Fähigkeit, Ihre experimentellen Daten zu aktualisieren, wenn das Verständnis jedes Genoms und jedes Transkriptoms wächst.