Ion 16S™ Metagenomics Kit
Thermo Scientific™

Ion 16S™ Metagenomics Kit

The Ion 16S™ Metagenomics Kit is designed for rapid, comprehensive and broad-range analyses of mixed microbial populations using the Ion Torrent™ semiconducter sequencing workflow.
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KatalognummerMenge
A26216100 Reaktionen
Katalognummer A26216
Preis (EUR)
1.324,00
Each
Menge:
100 Reaktionen
Preis (EUR)
1.324,00
Each
Das Ion 16S™ Metagenomics Kit ist für schnelle, umfassende und breite Analysen von gemischten mikrobiellen Populationen mit dem Ion Torrent™ Halbleitersequenzierungs-Workflow konzipiert. Das Kit ermöglicht die PCR-Amplifikation von hypervariablen Regionen des 16S rDNA Gens aus Bakterien. Die amplifizierten Fragmente können dann mit dem Ion PGM™ Sequencing 400 Kit auf der Ion PGM™ Plattform sequenziert und mit dem Ion 16S™ Metagenomics Analysenmodul der Ion Reporter™ Software analysiert werden.

Umfangreich
Das Kit enthält 2 Sätze an Primeren, die zur Amplifikation der entsprechenden hypervariablen Regionen der 16S rDNA Gene in Bakterien verwendet werden können:
• Primer Set V2-4-8
• Primer Set V3-6,7-9

Diese umfangreichen Primer-Sets ermöglichen die präzise Erkennung und Identifizierung einer großen Bandbreite an Bakterien bis auf die Gattungs- oder Artenebene. Die Primer-Sets sind mit dem Environmental Master Mix v2.0 gepaart, der zur Tolerierung hoher Konzentrationen an PCR-Inhibitoren und zur Amplifikation von Zielen aus komplexen Proben wie Umwelt-, Lebensmittel-, Gewebe- und anderen schwierigen Proben optimiert ist. Darüber hinaus enthält das Kit eine positive Kontrolle für die Fehlerbehebung von Experimenten.

Flexibel
Die Primer-Sets werden als zwei Pools geliefert. Jeder Pool kann einzeln oder in Kombination verwendet werden, um Flexibilität bei der Versuchsanordnung zu bieten. In Kombination mit den Ion Xpress™ Barcode Adapter Kits können mehrere polymicrobiale Proben in einem einzigen Sequenzierungs-Workflow kombiniert werden.

Kompletter Workflow
Sequenzen, die mit dem Ion 16S™ Metagenomics Kit erzeugt wurden, können direkt mit dem Ion 16S™ Metagenomics Analysenmodul der Ion Reporter™ Software analysiert werden, wodurch eine schnelle und semi-quantitative Bewertung von komplexen mikrobiellen Proben ermöglicht wird.

Hinweis: Dieses Kit ist NICHT mit dem Ion Library Quantitation Kit kompatibel (Bestellnr. 4468802). Für eine genaue Quantifizierung der mit diesem Kit erzeugten Amplicone, verwenden Sie das Ion Universal Library Quantitation Kit (Kat.- A26217) enthalten.

Nur für Forschungszwecke. Nicht zur Verwendung bei diagnostischen Verfahren.

Specifications
NachweisverfahrenIon Torrent Sequencing, Primer-Probe Detection
Zur Verwendung mit (Anwendung)Sequenzierung
Zur Verwendung mit (Geräte)Ion GeneStudio™ S5 Series Sequencer
Anzahl Reaktionen250 Reactions
PolymeraseTaq DNA Polymerase
ProduktlinieIon Torrent
Menge100 Reaktionen
ProbentypDNA
SpeziesAll Species
Klasse des ZielorganismusAll Bacteria
PrüfzeitFast
Unit SizeEach
Inhalt und Lagerung
• DNA dilution buffer (7 mL)
• 2 tubes 2X environmental master mix (0.8 mL per tube)

Store the above at 2-8°C.

• E. coli DNA control (40 μL)
• Negative control water (1 mL)
• 16S primer set V2-4-8 (300 μL)
• 16S primer set V3-6,7-9 (300 μL)

Store the above at -5 to -30°C.

Häufig gestellte Fragen (FAQ)

What is the Ion 16S Metagenomics Kit designed for?

The Ion 16S Metagenomics Kit is designed for rapid analyses of polybacterial samples using Ion Torrent Sequencing technology. The kit includes two primer sets that selectively amplify the corresponding hypervariable regions of the 16S region in bacteria:

- Primer set V2-4-8
- Primer set V3-6, 7-9
Sequence the amplified fragments on the Ion PGM System and analyze the results with the Ion Reporter software Ion 16S Metagenomics Kit analyses module. The combination of the two primer pools allows for sequence-based identification of a broad range of bacteria within a mixed population.

I have run out of Environmental Master Mix v2.0 from the Ion 16S Metagenomics Kit (Cat. No. A26216). Do you offer this as a standalone item?

Yes. You can purchase the TaqMan Environmental Master Mix 2.0 (Cat. No. 4396838).

Find additional tips, troubleshooting help, and resources within our Next-Generation Sequencing Support Center

How many reactions can be performed with the Ion 16S Metagenomics Kit (Cat. No. A26216)?

For each sample, the protocol involves two PCR reactions, one with primer set V2-4-8 and one with primer set V3-6.7. However, the kit contains sufficient master mix for 100 reactions and each of the two primer pools has sufficient volume for 100 reactions. Thus, the kit contains sufficient reagents for 100 reactions/50 samples.
Note: 100 reactions is dependent upon on the master mix, which is the limiting reagent. As far as primers are concerned, there is sufficient volume to process another 50 samples.

How many PCR reactions can I perform using the 2X Environmental Master Mix within the Ion 16S Metagenomics Kit (Cat. No. A26216)?

It is sufficient for 100 PCR reactions.

Can I use the Ion 540 Kit - Chef to prepare samples from the Ion 16S Metagenomics Kit?

No, the Ion 16S Metagenomics Kit utilizes 400 bp reads, so it is incompatible with the Ion 540 Kit - Chef, which only yields 200 bp reads.

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