RiboMinus™ Bacteria 2.0 Transkriptom-Isolierungskit

Hocheffizienter Abbau von 16S, 23S, Und 5S rRNA aus einer Vielzahl von Spezies
Das RiboMinus Bacteria 2.0 Transkriptom-Isolationskit ist ein vollständiges und automatisierbares Kit, das eine effiziente und selektive Entfernung bakterieller und archabakterieller ribosomaler RNA (rRNA) von intakter Gesamt-RNA (100 ng bis 5 μg) in weniger als zwei Stunden ermöglicht.

Hauptmerkmale des RiboMinus Bacteria 2.0 Kit:
• Effizienz: der im Lieferumfang enthaltene RiboMinus Pan-Prokaryote Sondenmix hat durchweg weniger als 10 % der Lesezuordnungsvorgänge auf 16S- und 23S-rRNA-Lesevorgänge gezeigt.
• Großer Target-Bereich: entwickelt mit >150 Sondendesigns für 16S, 23S, Und 5S rRNA-Targets von >76 repräsentativen Bakterienarten und Archäbakterien aus gemeinsamen Phyla und Sub-Phyla
• Praktisch: Dynabeads MyOne Streptavidin C1 Magnetbeads und Bead-Reinigungsmodul sowie Protokolle für Kingfisher Geräte enthalten
• Flexibel: für Masseneingänge von 100 ng bis 5 µg Gesamt-RNA; Arbeitet mit einer breiten Palette von Gesamt-RNA-Proben mit RIN-Werten von 5,0–10,0
• Hohe Nachweisempfindlichkeit: erhöht die Anzahl der Sequenzierungslesekarten für proteinkodierende Transkripte im Vergleich zur vorherigen Version
• Geeignet für Metatranskriptomik: bauen Sie rRNA vieler mikrobieller Spezies in metagenomischen Proben ab

Target-rRNA aus dem Panorama von Bakterien und Archäbakterien
Das RiboMinus Bacteria 2.0 Kit basiert auf Hybridisierungserfassungstechnologie und enthält einen neuen RiboMinus Pan-Prokaryote Sondenmix, der eine 4-fache Verringerung der verbleibenden Ribosomallesevorgänge zur Folge hat und eine signifikante Verbesserung gegenüber dem vorherigen bakteriellen Sondenmix zeigt. Der neue Sondenmix besteht aus über 150 3’-Biotin-markierten ssDNA-Oligonukleotiode-Designs. Diese Designs wurden mit stark konservierten Regionen von rRNA über 76 pan-prokaryote Arten (siehe Tabelle unten) erstellt und mit mehreren Arten getestet (siehe Kompatibilitätsliste unten).

Dynabeads MyOne Streptavidin C1 Reinigungskit enthalten
Sobald der Sondenmix selektiv mit den Target-rRNA-Transkripten hybridisiert wurde, wird die Entfernung des Probe-rRNA-Komplexes durch die Aufnahme auf Dynabeads MyOne Streptavidin C1-Magnetbeads abgeschlossen, wobei RNA ohne rRNA zurückbleibt. Das RiboMinus Bacteria 2.0 Kit enthält ein auf Magnetbeads basiertes Reinigungsmodul zur Konzentration der RNA ohne rRNA, das eine einfachere Handhabung, Skalierbarkeit und Automatisierung auf KingFisher Geräten ermöglicht. Die resultierende RNA ohne rRNA (RiboMinus RNA) eignet sich für die Ganztranskriptomanalyse durch RNA-Seq oder andere Downstream-Prozesse.

Kompatibilität
Der RiboMinus Pan-Prokaryote Sondenmix ist nachweislich mit den folgenden getesteten Spezies kompatibel:
Acinetobacter baumannii
Bacteroides thetaiotaomicron
Bifidobacterium longum subsp. infantis.
Campylobacter jejuni
Clostridioides difficile
Escherichia coli
Fusobacterium nucleatum
Helicobacter pylori
Janthinobacterium sp.
Moorella thermoacetica
Pseudomonas putida
Rickettsia rickettsia
Salmonella typhimurium
Pseudomonas aeruginosa
Salmonella enterica
Staphylococcus aureus
Thermoanaerobacter kivui
Vibrio cholerae
Vibrio fisheri

Der RiboMinus Pan-Prokaryote Probe Mix hat sich auf Basis der Sequenzhomologie als kompatibel mit den folgenden Spezies erwiesen:
Corynebacterium
Enterococcus faecalis
Gluconobacter
Myxococcus xanthus
Streptomyces coelicoflavus