SNAP-ChIP (Sample Normalization and Antibody Profiling Chromatin ImmunoPrecipitation), eine proprietäre Technologie von EpiCypher, verwendet DNA-barcodierte halbsynthetische Nukleosome mit eindeutigen Histon-Mutationen als Spike-in-ChIP-Kontrollen.

• Homogene, vollständig definierte Standards repräsentieren originalgetreu Zielmononukleosome in der experimentellen Probe
• Nukleosome unterliegen einer strengen Qualitätskontrolle bzgl. der Konsistenz von Charge zu Charge
• Einzigartige DNA-Barcodes können von den experimentellen Probengenomen unterschieden werden
• Spike-ins bieten eine direkte Anzeige der Antikörperleistung in ChIP
• Möglichkeit zur Überwachung technischer Schwankungen zwischen Proben
• Definierte Standards ermöglichen die universelle Normierung über Experimente hinweg

SNAP-ChIP-Panels sind direkt mit Ihrem aktuellen ChIP-Arbeitsablauf kompatibel, wobei halbsynthetische Nukleosome mit der jeweiligen Mutation zusammen mit dem Proben-Chromatin immunopräzipitiert und verarbeitet werden.

Anwender können die Leistungsfähigkeit der Antikörper (Spezifität und Anreicherung) in einem ChIP-Experiment direkt durch Messung der Rückgewinnung von On-Target- und Off-Target-Nukleosomen überwachen. Die SNAP-Spike-ins können außerdem als definierter Standard verwendet werden, um Ihre ChIP-Daten zu normalisieren und so die technische Variabilität über Experimente hinweg zu steuern.

Das OncoStat Panel besteht aus einem Pool von Nukleosomen, die sieben gut untersuchte Histon-H3.3-Mutationen enthalten, die mit Krebs in Verbindung gebracht werden (Histon H3.3K4M, H3.3K9M, H3.3K27M, H3.3G34R, H3.3G34V, H3.3G34W und H3.3K36M), sowie einer Wildtyp-H3.3-Kontrolle. Darüber hinaus wird jedes dieser acht Nukleosome von zwei unabhängigen DNA-Barcodes (insgesamt 16 Barcodes im Panel) umhüllt, was ein internes technisches Replikat in jeder ChIP-Reaktion ermöglicht. Mit einem einzelnen Spike-in des Panels kann der Anwendern die Antikörperspezifität prüfen, indem er die Post-IP-Rückgewinnung von On-Target- im Vergleich zu Off-Target-SNAP-ChIP-Nukleosomen untersucht und so die Generierung von qualitativ hochwertigen ChIP-Daten unterstützt.