Für die Fragmentierung von aRNA vor der Hybridisierung mit Oligonukleotid-Arrays. Das Protokoll ist einfach und schnell und lässt in unter 20 min abschließen. Ausreichend Ambion® Reagenzien sind für 200 Reaktionen enthalten. Viele Protokolle zur Verwendung amplifizierter RNA in der Mikroarray-Analyse empfehlen eine aRNA-Fragmentierung vor der Hybridisierung mit einem Oligonukleotid-Mikroarray. Dieser Fragmentierungsschritt verbessert die Hybridisierungskinetik mit den aufgereihten Oligonukleotiden und kann zu einem verbesserten Signal führen. Das Protokoll ist einfach. aRNA mit dem Ambion® 10x RNA-Fragmentierungsreagenz mischen und 15 min lang auf 70 °C erwärmen. Die Reaktion wird dann durch Zugabe der Stopplösung gestoppt und auf Eis gelegt, bis sie zur Hybridisierung mit dem Mikroarray bereit ist. Die durchschnittliche Größe der resultierenden Fragmente beträgt 60-200 Nukleotide. In einer Reaktion mit 10 µl lassen sich bis zu 10 µg RNA fragmentieren.