LightShift™ EMSA Optimization and Control Kit
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Thermo Scientific™

LightShift™ EMSA Optimization and Control Kit

Le kit de contrôle et d’optimisation EMSA chimiluminescent Thermo Scientific LightShift est un système exceptionnellement solide et sensible. Il permetAfficher plus
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Le kit de contrôle et d’optimisation EMSA chimiluminescent Thermo Scientific LightShift est un système exceptionnellement solide et sensible. Il permet de réaliser des analyses de mobilité électrophorétique (EMSA) pour identifier et caractériser les interactions de liaison des protéines à l’ADN. Le kit comprend des réactifs pour la configuration et la personnalisation des réactions de liaison à l’ADN ainsi qu’un kit de contrôle d’ADN et d’extrait protéique pour tester le système du kit.

Caractéristiques du kit d’optimisation et de contrôle LightShift EMSA :

• Excellent pour détecter les protéines de faible abondance dans les extraits nucléaires
• Sensibilité qui dépasse les méthodes radioactives et digoxigénine
• Compatible avec les conditions de liaison établies précédemment pour les interactions ADN-protéines populaires
• Comprend un système de contrôle EBNA pour aider les nouveaux utilisateurs à développer un dosage de travail et à comprendre les méthodes utilisées pour confirmer la spécificité de l’interaction de liaison

Le principe pour la détection EMSA LightShift est similaire à un transfert Western. L’ADN en duplex marqué aux extrémités par la biotine est incubé avec un extrait nucléaire ou un facteur purifié et soumis à l’électrophorèse sur un gel natif. L’ADN est ensuite transféré rapidement (30 minutes) vers une membrane de nylon positive, réticulé aux UV, analysé avec le conjugué streptavidine-HRP et incubé avec le substrat. Le protocole, du marquage aux résultats, peut être réalisé en une seule journée.

L’interaction des protéines avec l’ADN est essentielle au contrôle de nombreux processus cellulaires, notamment la réplication de l’ADN, la recombinaison et la réparation, la transcription et l’assemblage viral. L’une des principales techniques pour étudier la régulation des gènes et déterminer les interactions protéine-ADN est le retard sur gel (EMSA).

La technique EMSA repose sur l’observation que les complexes protéine-ADN migrent plus lentement que les molécules d’ADN libres lorsqu’ils sont soumis à une électrophorèse sur gel d’agarose ou polyacrylamide non dénaturant. Étant donné que le débit de migration d’ADN est décalé ou retardé lors de la liaison protéinique, on dit aussi que l’analyse est un retard sur gel ou un dosage de retard sur gel. Avant l’EMSA, les interactions protéine-ADN étaient étudiées principalement par des dosages de liaison filtration par nitrate de cellulose.

Pour effectuer un tel dosage, il suffit de se procurer une cible d’ADN purifié et marqué aux extrémités par la biotine, un extrait de protéine à tester, une membrane en nylon et des équipements d’électrophorèse de base. Les cibles d’ADN peuvent être synthétisées avec des marqueurs de biotine 5’ ou 3’, ou encore marquées après la synthèse à l’aide du kit Thermo Scientific de marquage d’ADN à la biotine sur l’extrémité 3’ (N° de catalogue 89818). Plusieurs méthodes permettent d’obtenir des extraits protéiques de cellules nucléaires, cytosoliques ou entières. Parmi ces méthodes, nous pouvons citer le kit de réactif d’extraction nucléaire et cytoplasmique Thermo Scientific NE-PER (produit réf. 78833).

Autres données sur le produit
gels de transfert EMSA à l’aide du Pierce G2 Fast Blotter

Produits associés
Kit chimiluminescent LightShift™
LightShift™ Poly (dI-dC)
Usage exclusivement réservé à la recherche. Ne pas utiliser pour des procédures de diagnostic.
Spécifications
DoserDosage EMSA
À utiliser avec (équipement)Système d’imagerie myECL™, film radiographique
ComprendTampon de liaison 10X (1 ml), ADN de contrôle Biotin-EBNA (50 µl), ADN EBNA non marqué (50 µl), extrait EBNA (125 µl), poly dl·dC (125 µl), glycérol à 50 % (500 µl), 1 % de NP-40 (500 µl), 1 M de KCl (1 ml), 100 mM de MgCl(500 µl), 200 mM d’EDTA pH 8,0 (500 µl), tampon de charge 5X (1 ml)
Gamme de produitsLightShift
Type de produitKit d’optimisation et de contrôle EMSA LightShift
Quantité100 réactions
Spécificité cibleNon spécifique à la cible
TechniqueRetard sur gel
FormatKit
Unit SizeEach
Contenu et stockage
Suffisant pour : 100 réactions de liaison
• Tampon de liaison 10X, 1 ml
• ADN de contrôle Biotine-EBNA, 50 µl
• ADN EBNA non marqué 50 µl
• Extrait EBNA, 125 µl
• Poly (dl·dC), 125 µl
• Glycérol 50 %, 500 µl
• NP-40 1 %, 500 µl
• KCl à 1 M, 1 ml
• MgCl2 100 mM, 500 µl
• EDTA 200 mM pH 8,0, 500µl
• Tampon de chargement 5X, 1 ml

, à conserver à -20°C.

Foire aux questions (FAQ)

If the LightShift Chemiluminescent EMSA kit has been improperly stored (i.e., at room temperature, -20°C or +4°C), will it still work correctly?

The LightShift Chemiluminescent EMSA Kit is composed of two sets of components that require different storage temperatures. One component set consists of the chemiluminescent substrates and various buffers that are stored at 4°C. The other component set consists of the control DNAs and various optimization reagents that are stored at -20°C. The EBNA extract must be maintained at -20°C or it will lose activity (proteins will degrade). Short-term storage (overnight) of the other kit components at temperatures ranging from room temperature to -20°C will not adversely affect kit performance.

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I am using the LightShift Chemiluminescent EMSA kit. Can I probe for the proteins by performing a Western blot?

This has not been tested but may be possible. A better alternative is to perform a DNA binding protein pull-down assay using a probe. The following journal article is a good example of how the LightShift Chemiluminescent EMSA Kit and pull-down assays were used to detect a transcription factor bound to a DNA probe: Ragione, A.L., et al. (2003), J. Biol. Chem. 278(26):23360-8.

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I am using the LightShift Chemiluminescent EMSA kit. How much protein do I need for each reaction?

The amount of protein extract needed for a binding reaction depends on how much active DNA binding protein is in the sample. The LightShift Kit is sensitive and will easily detect 5 fmol of active protein bound to 5 fmol of biotinylated probe. If the protein being studied is abundant, 0.25 µg of a cell lysate may be sufficient for each binding reaction. However, if the protein of interest is rare, 10 µg or more of cell lysate may be needed. Using a large excess of protein extract may lead to high background signal and non-specific bands.

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What is a "supershift"?

A supershift assay is a method for positively identifying a protein:DNA interaction on an EMSA. An antibody (typically 1 µg) is added to the binding reaction. During electrophoresis, the antibody:protein:DNA complex migrates slowly, causing a “supershift” compared to the “shift” caused by a protein:DNA complex. Not all antibodies will cause a supershift. Some antibodies do not bind to proteins once they are bound to DNA. Some antibodies can prevent protein:DNA interactions but can still be used to confirm the identity of a protein that causes a shift in the absence of the antibody.

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Can the LightShift Chemiluminescent EMSA Kit be used to perform supershifts?

Yes, the LightShift Chemiluminescent EMSA Kit can be used to detect supershifts. However, not all antibodies will work for supershift assays. Some antibodies will prevent protein:DNA interactions. In addition, the order in which the components of the binding reaction are assembled may affect the results of a supershift assay. Generally, 1 µg antibody is added as the last component in the binding reaction. For examples of how the LightShift Chemiluminescent EMSA Kit was used to detect supershifts, see the following:

Adimoolam, S. and Ford, J.M. (2002). PNAS. 99(20):12985-90
Magid, R., et al. (2003). J. Biol. Chem. 278(35):32994-9
Ragione, F.D., et al. (2003). J. Biol. Chem. 278(26):23360-8
Rinaldi, A.L., et al. (2002). Cancer Research. 62(19):5451-6


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Citations et références (7)

Citations et références
Abstract
Downregulation of ATG14 by EGR1-MIR152 sensitizes ovarian cancer cells to cisplatin-induced apoptosis by inhibiting cyto-protective autophagy.
Authors:He J, Yu JJ, Xu Q, Wang L, Zheng JZ, Liu LZ, Jiang BH
Journal:
PubMed ID:25650716
'Cisplatin is commonly used in ovarian cancer treatment by inducing apoptosis in cancer cells as a result of lethal DNA damage. However, the intrinsic and acquired resistance to cisplatin in cancer cells remains a big challenge for improving overall survival. The cyto-protective functions of autophagy in cancer cells have been ... More
Tristetraprolin suppresses the EMT through the down-regulation of Twist1 and Snail1 in cancer cells.
Authors:Yoon NA, Jo HG, Lee UH, Park JH, Yoon JE, Ryu J, Kang SS, Min YJ, Ju SA, Seo EH, Huh IY, Lee BJ, Park JW, Cho WJ
Journal:Oncotarget
PubMed ID:26840564
Inhibition of epithelial-mesenchymal transition (EMT)-inducing transcription factors Twist and Snail prevents tumor metastasis but enhances metastatic growth. Here, we report an unexpected role of a tumor suppressor tristetraprolin (TTP) in inhibiting Twist and Snail without enhancing cellular proliferation. TTP bound to the AU-rich element (ARE) within the mRNA 3'UTRs of ... More
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Authors:Yang C, Li J, Yu L, Zhang Z, Xu F, Jiang L, Zhou X, He S
Journal:Cell Death Dis
PubMed ID:28981102
Receptor-interacting kinase-3 (RIP3) is a key regulator of necroptosis. It has been shown that the expression of RIP3 is silenced in most cancer cells and tissues due to genomic methylation. However, the regulatory mechanisms controlling RIP3 expression in cancer cells have not been fully elucidated. Here, we report that Sp1, ... More
Human rickettsial pathogen modulates arthropod organic anion transporting polypeptide and tryptophan pathway for its survival in ticks.
Authors:Taank V, Dutta S, Dasgupta A, Steeves TK, Fish D, Anderson JF, Sultana H, Neelakanta G
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PubMed ID:29038575
The black-legged tick Ixodes scapularis transmits the human anaplasmosis agent, Anaplasma phagocytophilum. In this study, we show that A. phagocytophilum specifically up-regulates I. scapularis organic anion transporting polypeptide, isoatp4056 and kynurenine amino transferase (kat), a gene involved in the production of tryptophan metabolite xanthurenic acid (XA), for its survival in ... More
Curcumin Exerted Neuroprotection against Ozone-Induced Oxidative Damage and Decreased NF-
Authors:Nery-Flores SD, Mendoza-Magaña ML, Ramírez-Herrera MA, Ramírez-Vázquez JJ, Romero-Prado MMJ, Cortez-Álvarez CR, Ramírez-Mendoza AA
Journal:Oxid Med Cell Longev
PubMed ID:30693069
Ozone is a harmful tropospheric pollutant, causing the formation of reactive oxygen and nitrogen species that lead to oxidative damage in living beings. NF-