Le maléimide BODIPY™ FL réactif au thiol produit des conjugués de colorants électroniquement neutres qui sont similaires au colorant fluorescéine chargé négativement sur le plan spectral. Le manque de charge ionique de ce colorant entraîne des effets minimes sur les points isoélectriques des protéines standard conjuguées à ce fluorophore. La petite taille et la durée de vie à l’état excité relativement longue du colorant BODIPY™ FL se sont avérées utiles pour étudier l’interaction ligand-récepteur par la polarisation de fluorescence. En outre, le colorant BODIPY™ FL présente peu ou pas de chevauchement spectral avec les colorants à plus grande longueur d’onde tels que la tétraméthylrhodamine et le colorant Texas Red™. Il s’agit donc d’un fluorophore vert utile dans les applications multicolores.