Coloration de gel d’acide nucléique or SYBR™ (concentré 10 000 X dans du DMSO)

La coloration du gel d’acides nucléiques SYBR™ Gold est la coloration fluorescente la plus sensible pour la détection des acides nucléiques. À utiliser avec les transilluminateurs UV, le lecteur Dark Reader (voir gel d’acide nucléique coloré ci-dessous), les scanners laser ou les transilluminateurs bleus tels que le Safe Imager™ 2.0 ou l’Imageur E-Gel™.

Caractéristiques de la coloration du gel d’acides nucléiques SYBR™ Gold :

• Ultra sensible : 25 à 100 fois plus sensible que le bromure d’éthidium. Détecte des quantités aussi infimes que 25 pg d’ADN
• Efficacité accrue du clonage d’ADN : Excitable par une transillumination bleu clair, qui n’endommage pas l’ADN
• Rapport accru du signal-bruit de fond : Signal au moins 1 000 fois amélioré en cas de liaison aux acides nucléiques
• Polyvalent : Détecte l’ADNdb, l’ADNsb et l’ARN dans des gels natifs, de glyoxal, de formaldéhyde ou d’urée

Propriétés de coloration
La coloration SYBR™ Gold est un colorant cyanine, non symétrique et exclusif, qui augmente la fluorescence >1 000 fois lors de la liaison aux acides nucléiques et, dont le rendement quantique est élevé (∼0,6) lors de la liaison à l’ADN double brin / simple brin ou à l’ARN¹. Les maxima d’excitation pour les complexes colorant-acide nucléique se situent à environ 495 nm et environ 300 nm et le maximum d’émission est d’environ 537 nm (voir le spectre).

Sensibilité de coloration
La coloration SYBR Gold™ est >10 fois plus sensible que le bromure d’éthidium pour détecter l’ADN et l’ARN dans les gels dénaturants d’urée, de glyoxal et de formaldéhyde, même avec une transillumination à 300 nm (voir la visualisation de l’ARN glycosylé ci-dessous). La coloration SYBR™ Gold se révèle également bien plus sensible que la coloration SYBR™ Green II pour détecter des produits de polymorphisme de conformation des simples brins (SSCP) (voir illustration ci-dessous). De plus, elle est beaucoup plus sensible que la coloration à l’argent pour la détection de l’ADN double brin dans les gels de polyacrylamide natifs (voir comparaison de sensibilité ci-dessous).

¹Tuma RS, Beaudet MP, Jin X, Jones LJ, Cheung CY, Yue S, Singer VL. Characterization of SYBR Gold nucleic acid gel stain: a dye optimized for use with 300-nm ultraviolet transilluminators. Anal Biochem (1999) 268:278-288. (PMID: 10075818)