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初心者必見！NGSを始めるうえで知っておきたい5つのこと

Written by | Published: 04.24.2020

NGS（Next Generation Sequencing：次世代シーケンス）の開発以降、ますます多くの研究者が遺伝子やその発現をより深く理解するためにシーケンスを行うようになりましたが、あまりよく知らない機器に自分の貴重なサンプルを託すことにひるんでしまう人も多いと思います。サーモフィッシャーサイエンティフィックがNGSやサンガー法に関するこれらの悩みに取り組みます。NGSを始めるお手伝いとして、SeqitOut video seriesに5つのビデオをご用意いたしました。ビデオを見ていて思い浮かんだ疑問はぜひ、テクニカルサポートにお問い合わせください。

それでは始めましょう。

NGS用語の意味は？

皆さんはおそらくDNAとRNAが何の略であるかはご存じでしょう。しかし、NGSの世界にはさらにたくさんの略語が存在しています。NGSを始めようとすると、WES、WGS、あるいはtarget-seq などという言葉を聞くことがあるかもしれません。まずは代表的なNGS用語を見てみましょう。

1ランで何サンプルをマルチプレックスシーケンスできますか？

一度に大量のデータを取得できるNGSの特徴のおかげで、シーケンスコストが下がり大小さまざまな規模のラボで使えるようになってきています。NGSのスループットを最大限に利用する一つの方法は、サンプルをマルチプレックスに解析する方法です。マルチプレックスシーケンシングは、複数検体を混ぜて同時にシーケンスできるため、サンプル当たりのランニングコストを下げることができます。これは素晴らしいことに一見思えますが、いったいどのような原理によるもので、何サンプルを一度にシーケンスできるのかご紹介します。

NGSのライブラリ調製とは？

NGSワークフローのカギとなるステップはライブラリ調製と呼ばれる、シーケンス用のサンプル調製です。NGSライブラリは同じくらいの長さのDNA断片の集まりで、5’末端と3’末端にそれぞれ配列既知のアダプターがついています。複数のライブラリが手元にありそれぞれに固有のアダプター配列がついているのであれば、複数ライブラリをプールして同時にシーケンスできます。さまざまなライブラリ調製方法がありますが、ここではライブラリ調製全般の基本となる4ステップをご紹介します。

NGSで遺伝子発現解析ができますか？

qPCRをルーティンで使っていますか？NGSが遺伝子発現解析にどのように使えるかご存じですか？NGSはさまざまな場面で、遺伝子発現のプロファイリングに使用できます。たとえば、新しい遺伝子や転写産物の探索や、刺激に対する特定遺伝子群の応答の解析など、NGSは既存の発現解析手法を強力に補うことができます。

NGSで見つけた変異を検証する方法はありますか？

NGSで変異を見つけたけれども確証がないという時など、特定の決まった領域をどうやったら素早くシーケンスできるでしょうか。検証する方法をご紹介します。

まとめ

Thermo Fisher Scientific YouTube Channel に登録して、最新の SeqitOut videosエピソードをご覧ください。
さらにご質問のあるかたは、ぜひテクニカルサポートまでお問い合わせください。

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