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次世代シーケンシング（NGS）によるSARS-CoV-2をターゲットとしたグローバルトラッキング

Written by | Published: 10.22.2020

SARS-CoV-2の感染拡大と進化の過程を世界的に追跡することは、人々の社会全体の危機に対処するために大変重要です。ウイルスは宿主から宿主へと感染拡大する中、個体間で突然変異を起こし、強毒性を獲得します。毒性を高めたウイルスは、より多くの人々に感染し、悪影響を及ぼす可能性があります。さまざまな変異株のウイルスはまるで武装を強化するように絶えず進化し、人々を恐怖に陥れます。多くの研究者が有効な治療法と予防策を模索し、迅速な対応を余儀なくされています。地理的な要因でウイルスの系統間に遺伝的な差異が生じるため、ウイルスの監視と疫学的な研究により、ウイルスの感染拡大の様子を詳細に把握することができます。しかしながら、治療法を模索している研究者にとっては、感染中に急速な進化を遂げるウイルス株全体の進化の違いを追跡し、監視することが主要な課題となります。ウイルスを追跡することでその発生源を特定し、ウイルスの進化に基づいて有効な治療法を開発し、適切な予防策を講じてウイルスの拡大を制限しようと試みています。

そこで今回は、Ion Torrent™ Ion AmpliSeq™ SARS-CoV-2 Research Panelについて、ご紹介します。
▼こんな方におすすめです！
・コロナウイルスの全ゲノムシーケンスをしたい
・SARS-CoV-2の変異を検出し、その付加的情報を調べたい
・SARS-CoV-2の系統図を描き、感染経路不明をなくしたい

新型コロナウイルス感染症（COVID-19）の完全な同定

次世代シーケンシング（NGS）は、サンプル全体に含まれる数千に上る遺伝子変異を同時並行かつ迅速にシーケンシングできるツールです。NGSの高いデータ処理能力により、研究者は一度に多検体のSARS-CoV-2を俯瞰できるゲノム全体のより完全な地図を入手できます。

新型コロナウイルス伝播のリアルタイムで正確な情報の把握

nextstrain.orgは、パブリックNGSリポジトリを利用してメタデータを解読し、さまざまなウイルス株をリアルタイムに近い速度で迅速にモニタリングするオープンソースリソースです。ウイルスの広がりを地理的に追跡するだけでなく、系統樹を介して時間の経過をふまえた進化を追跡できます。SARS-CoV-2に関しては、これにより、為政者や一般市民は、学術論文の公開前にウイルスに関する情報を入手したり、ウイルスの進化や感染拡大を抑止するような法律を施行したりできます。とはいえ、進化をリアルタイムで正確に把握するには、ウイルスの爆発的な感染拡大速度を考えると、誰でも簡単に扱え、さまざまな株を区別するのに充分な信頼性を持った極めて迅速なターゲットシーケンシングが必要です。

nextstrain.orgによるSARS-CoV-2の2019年12月から2020年5月までのゲノム疫学データ

nextstrain.orgにおいて現在利用可能なデータを提供している研究者は、SARS-CoV-2の動向の把握、疫学、および追跡調査や対策の効果を判定するためにIon Torrent™システムの最新のシーケンスソリューションを活用することにより、研究を大幅に簡素化しました。Ion AmpliSeq SARS-CoV-2 Research Panelのワークフローは、自動化用試薬と自動解析プラグインパッケージに対応しており、ウイルスサンプルから変異情報まで連動して一気に答えを導き出します。これは、研究者がデータの生物学的意義の解析に集中できる強力なパートナーであり、信頼の解析ソリューションです。このキットは2つのプライマーセットで構成されたパネルで、ウイルスのコピー数が20個程度のサンプルでも、完全なウイルスゲノムシーケンスを構築し、バリアント検出ができます。迅速な変異の同定を1日以内に確実かつ正確に実行するその能力は、為政者が充分な情報に基づいた意思決定を行い、また、研究者がワクチン研究のためのより詳細な情報を収集するための重要なデータの入手を可能にします。

まとめ

・PCR検査ではウイルスの断片を検出し、次世代シーケンサではSARS-CoV-2を確実に同定し、感染拡大による進化の過程を追跡可能
・遺伝子パネル解析の技術をSARS-CoV-2ゲノム解析にフィードバックし、簡便な解析ワークフローを実現
・迅速なターンアラウンドタイムで、新型コロナウイルス感染拡大防止するために為政者の意思決定や研究者の疫学調査、ワクチン研究に役立てられる

より詳細な情報は下記をご参照ください
SARS-CoV-2疫学研究のための迅速かつ自動化された正確なターゲットNGSの詳細»
SARS-CoV-2研究用のIon TorrentターゲットNGSソリューションを閲覧する»

参照：
[1] nextstrain.orgによる「Genomic epidemiology of novel coronavirus – Global subsampling」は、CC-BY-4.0の下でライセンスされています。

研究用にのみ使用できます。診断用には使用いただけません。

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