CFSE wird häufig für Zellverfolgungs- und -proliferationsstudien verwendet. Auch geeignet für CTL-Assays und Zellmotilitätsstudien. CFSE durchdringt problemlos intakte Zellmembranen. In den Zellen spalten dann intrazelluläre Esterasen die Acetatgruppen, um das fluoreszierende Carboxyfluorescein-Molekül zu erhalten. Die Succinimidyll-Estergruppe reagiert mit primären Aminen und vernetzt den Farbstoff mit intrazellulären Proteinen. Die Zellteilung kann als aufeinanderfolgende Halbierung der Fluoreszenzintensität von CFSE gemessen werden. Mit CFSE markierte Zellen können für die Analyse intrazellulärer Ziele mit standardmäßigen Formaldehyd-haltigen Fixiermitteln und Saponin-basierten Permeabilisierungspuffern fixiert werden, wie dem Foxp3 Transcription Factor Staining Buffer Set (Bestell-Nr. 00-5523) oder dem IC-Fixierpuffer (Bestell-Nr. 00-8222) und Permeabilisierungspuffer (10X) (Bestell-Nr. 00-8333).

CFSE hat ein Molekulargewicht von 557,47. Nachdem die Acetatgruppen gespalten sind, hat es eine Spitzenanregung von 494 nm und eine Spitzenemission von 521 nm. Jede Durchstechflasche mit CFSE kann mit 90 µl wasserfreiem DMSO auf eine Lagerkonzentration von 10 mM rekonstituiert werden. Nach der Rekonstitution sollte sie innerhalb von 6 Monaten verwendet und vor Licht geschützt und bei -20 °C mit Trockenmittel gelagert werden. Wiederholtes Auftauen und Einfrieren ist zu vermeiden.

Berichtete Anwendung
Durchflusszytometrische Analysen, Mikroskopie