Das thiolreaktive BODIPY™ FL Maleimiderzeugt elektronisch neutrale Farbstoffkonjugate, die dem negativ geladenen Fluorescein-Farbstoff spektral ähnlich sind. Der Mangel an ionischer Ladung dieses Farbstoffs führt zu minimalen Auswirkungen auf die isoelektrischen Punkte von Standardproteinen, die mit diesem Fluorophor konjugiert sind. Die geringe Größe und die relativ lange Lebensdauer des BODIPY™ FL Farbstoffs im angeregten Zustand haben sich für die Untersuchung der Ligandenrezeptor-Interaktion durch Fluoresenzpolarisation als nützlich erwiesen. Darüber hinaus weist der BODIPY™ FL-Farbstoff nur geringe oder keine spektrale Überlappung mit Farbstoffen mit längeren Wellenlängen wie Tetramethylrhodamin und Texas Red™ auf, was ihn zu einem nützlichen grünen Fluorophor für mehrfarbige Anwendungen macht.