ProSightPD-Software

Name: ProSightPD-Software
SKU: OPTON-30903

Vollständige Charakterisierung intakter Proteoformen, um die gesamte biologische Komplexität Ihrer Proben zu ergründen.

Ansicht ändern

Katalognummer	Enthält
OPTON-30903	ProSightPD 2.0 Software
CSW0064766	ProSightPD 4.4-Knoten
CSW0064775	ProSightPD Upgrade 4.3 auf 4.4
CSW0064776	ProSightPD vor 4.3 to 4.4
CSW0064777	ProSightPD 4.4 Upgrade von ProSightPC
OPTON-30918	ProSightPC/ProSightPD 2.0
PROSIGHTPD4	ProSightPD 4.5

7 Optionen

Katalognummer OPTON-30903

Preis (EUR)

Enthält:

ProSightPD 2.0 Software

Führen Sie mit der Thermo Scientific™ ProSightPD™ Software eine umfassende Analyse der Top-down-Proteomikdaten durch. ProSightPD verfügt über robuste proteomische Suchmaschinen für die Charakterisierung der Proteoform, einschließlich Proteoformen mit unbekannten PTMs oder Abschneidungen. Die ProSightPC-Software unterstützt proteomische Daten, die durch Fragmentierungstechniken in Thermo Scientific Massenspektrometern erzeugt wurden. ProSightPC ist die einzige Proteomik-Software, mit der Anwender ihre MS/MS-Daten mit den Daten aus Proteom-Bibliotheken vergleichen können, die die biologische Komplexität enthalten, die in UniProt zu finden ist.

Breite Funktionalität

Schnelle und flexible Proteomik-Suchmaschine für die zielgerichtete und hochdurchsatzstarke Proteinidentifizierung, die speziell für die Top-Down-Proteomik und die Middle-Down-Proteomik-Daten entwickelt wurde.

Enthält fünf verschiedene Datenbanksuchmodi – Sequenz-Tag, einzelnes Protein und genspezifische Suche – für eine außergewöhnliche Charakterisierung intakter Proteine.–
Führt Berechnungen zur Fehlerkennungsrate auf der Ebene von Protein, Isoform, Proteoform und Proteoform-Treffern durch.
Verarbeitet viele verschiedene Arten von Fragmentierungsdaten, einschließlich Daten, die mit ETD, HCD, EThcD, UVPD, ECD, IRMPD oder CID generiert wurden.
Ermöglicht das Zusammenführen von grafischen Fragmentkarten, selbst von Karten mit unterschiedlichen Ionentypen.
Umfasst das proprietäre ProSight mit allen bekannten posttranslationalen Modifikationen (PTMs), alternativen Spleißereignissen und Einzelnukleotid-Polymorphismen (SNPs)
Bietet eine robustere Analyse der Vorläufermasse mit FAIMS- und PTR-Daten, die jetzt mit der Software ProSightPD leicht analysierbar sind. Sowohl hoch- als auch niederauflösende Daten können mit den in der Software ProSightPD eingebetteten Xtract- und Respekt-Algorithmen verarbeitet werden, die die Analyse von Massen aus einem breiten Massenbereich (∼1 kDa bis >150 kDa) ermöglichen.
Importiert FASTA-Datenbanken und aktualisiert diese mit allen möglichen Modifikationen
Ermöglicht Anwendern eine unvergleichliche, vielseitige Visualisierung für die Überprüfung von Suchergebnissen und die Anpassung von Modifikationen, um bessere Ergebnisse zu finden.

Specifications

Zur Verwendung mit (Geräte)Massenspektrometer

EnthältProSightPD 2.0 Software

Software2

TypSoftware

Unit SizeEach

Häufig gestellte Fragen (FAQ)

What is E-Value referring to in ProSightPC/PD software?

The E-value is a Bonferroni corrected P Score. Bonferroni correction is a very conservative probability correction factor used to correct for multiple comparisons.

Find additional tips, troubleshooting help, and resources within our Mass Spectrometry Support Center.

What is the P-Score used in ProSightPC/PD software?

The P Score is a statistical model of MS/MS matching based on the Poisson Distribution. Learn more and view equations here.

Find additional tips, troubleshooting help, and resources within our Mass Spectrometry Support Center.

For a protein of interest, I see multiple proteoforms in my data. Why does ProSightPC/PD software only identify some of them?

Some modifications may not be included in the PTM annotation in the database and may need to be added manually. Additionally, it is common to find a few abundant proteoforms and several low abundance proteoforms. Low abundance proteoforms often do not yield sufficient fragment ion signal to make a confident PrSM. In this case, it may be beneficial to use additional scan averages when fragmenting weak or low abundant proteoforms to improve the fragment ion signal to noise ratio.

Find additional tips, troubleshooting help, and resources within our Mass Spectrometry Support Center.

Why did I identify so few proteoforms overall while using ProSightPC/PD software?

There are several possible reasons for this. One common issue is the user defined database. Database selection/creation is a critical step in Top-Down data analysis. Foremost, the database must include the organisms in the sample or closely related ones. Equally important is the inclusion of PTMs in the database. A protein database made from a FASTA file will not include any PTMs and the result of a search will only return the unmodified protein. In order to screen for modified proteoforms, it is recommended that the database be constructed from Uniprot .xml or Uniprot .txt file files, or download from the database warehouse mentioned above (use complex for most comprehensive searches.)

Alternatively, users can reduce the confidence required to return a result. In the event that the MS2 data quality is poor it is likely that any PrSMs achieved are lower scoring and may be filtered out by default.
Lastly, ensure that all parameters in the ProSight software match the data collection parameters (e.g., activation method, resolving power, etc.)

Find additional tips, troubleshooting help, and resources within our Mass Spectrometry Support Center.

How do I search my infusion data in ProSightPC Software?

Click the Add Experiment icon, or choose Tools > Experiment Adder to open the Experiment Adder dialog box

In the Fragmentation Methods area, select the fragmentation method.

In the Precursor Ion Data/Type box, select the precursor mass type, either Manual or Upload. If you select Manual in the Precursor Ion Data/Type list, select the mass type of the precursor ion in the Mass Type box (either Monoisotopic or Average) and enter the precursor mass. If you select Upload in the Precursor Ion Data/Type list, enter the path and name of the ASCII text file or files containing the precursor ion data in the Text File box, or click Browse to browse for them.

(Optional) Select a predefined search in the box near the bottom of the dialog box.

Find additional tips, troubleshooting help, and resources within our Mass Spectrometry Support Center.

View all ProSightPD-Software FAQs