CytoScan™ HD Training Kit
Applied Biosystems™

CytoScan™ HD Training Kit

Ce kit de formation CytoScan™ HD contient des matrices et des réactifs pour 24 réactions, ainsi que des supports deAfficher plus
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RéférenceQuantité
9018341 kit
Référence 901834
Prix (EUR)
-
Quantité:
1 kit
Ce kit de formation CytoScan™ HD contient des matrices et des réactifs pour 24 réactions, ainsi que des supports de formation pour la solution cytogénétique complète CytoScan HD.

Une formation client est requise pour la solution cytogénétique CytoScan HD. Plusieurs programmes de formation sont disponibles en fonction de votre niveau d’expérience. Veuillez contacter votre distributeur local pour plus de détails.

Solution cytogénétique CytoScan HD
La solution cytogénétique CytoScan HD complète comprend la matrice CytoScan HD, le kit de réactifs CytoScan, le logiciel Chromosome Analysis Suite (Chas) facile à utiliser et le système d’instruments GeneChip éprouvé.

La plus grande couverture génomique : pertinente aujourd’hui et dans le futur
La solution CytoScan HD offre la couverture la plus large et les meilleures performances pour détecter les aberrations chromosomiques humaines. La matrice CytoScan HD a une sensibilité supérieure à 99 % et peut détecter de manière fiable les changements de nombre de copies de 25 à 50 kb sur l’ensemble du génome à une spécificité élevée grâce à la corroboration d’appels SNP (allélique). Avec plus de 2,6 millions de marqueurs de nombre de copies, la matrice CytoScan a été reconnue pour sa couverture de pointe de tous les gènes OMIM™ et RefSeq. Sur une seule plateforme, la solution CytoScan HD offre une résolution haute densité de l’ensemble du génome, qui s’étend sur l’ensemble des régions du promoteur et des micro-ARN, pour la détection et le signalement pertinents d’aberrations. Dépassant les limites des curations de la base de données actuelle, la matrice du génome entier garantit que les nouvelles découvertes peuvent être cataloguées pour les découvertes et annotations futures qui sont souvent manquées par des conceptions ciblées.

SNP haute densité : détermination de l’hétérozygotie au niveau génétique
La matrice CytoScan HD comprend 750 000 SNP avec une précision de plus de 99 % pour détecter une estimation précise du point d’arrêt, une perte de détermination de l’hétérozygotie (LOH), des régions identiques par descendance, une contamination maternelle et un mosaïcisme de faible niveau. L’information allélique fournit une visualisation puissante de la confiance accrue derrière les appels CNV ainsi que des informations sur l’hétérogénéité des échantillons, la diversité clonale et la disomie uniparentale (UPD).

Prend en charge de la gamme la plus large de types d’échantillons – y compris FFPE !
La matrice CytoScan HD prend en charge plusieurs types d’échantillons différents pour l’analyse des cancers et de la recherche cytogénétique constitutionnelle, notamment le sang, la moelle osseuse, le buccal, la salive, les tissus frais et congelés, les cellules de culture/directes, les amniocytes et les échantillons de FFPE.

Kit de réactifs optimisé – flux de travail rationalisé
La solution CytoScan HD a été optimisée pour gagner du temps, de l’argent et des ressources en laboratoire. Le protocole de dosage simplifié et rationalisé est aligné sur les exigences du flux de travail de laboratoire, ce qui facilite l’obtention de résultats cohérents et de haute qualité et réduit les erreurs de l’opérateur. Le kit de réactifs comprend tous les réactifs requis pour la matrice, y compris les microbilles magnétiques, à l’exception de l’éthanol et d’un kit d’amplification d’ADN (veuillez contacter le support technique pour obtenir des recommandations sur nos kits d’amplification d’ADN). Chaque composant est soumis à un contrôle qualité strict que nous réalisations afin de garantir la reproductibilité et des performances optimales avec les matrices CytoScan HD. Le protocole CytoScan peut être réalisé en 2,5 jours avec seulement 7 heures de temps de manipulation.

Instrument de préparation des cibles Affymetrix NIMBUS – automatise votre flux de travail
L’instrument de préparation des cibles NIMBUS propose à votre laboratoire le premier instrument de manipulation de liquides compact. La station de travail au design profilé NIMBUS est optimisée pour automatiser la partie post-PCR du dosage CytoScan, y compris les étapes de mise en commun et de purification de l’ADN. La solution de préparation automatisée des cibles CytoScan est idéale pour les laboratoires souhaitant traiter 24 ou 48 échantillons en toute simplicité et augmenter le rendement des échantillons.

Logiciel Chromosome Analysis Suite (ChAS) : conçu par des cytogénéticiens pour les cytogénéticiens
Le populaire logiciel ChAS est adapté aux rapports et à l’analyse de recherche cytogénétiques. Le logiciel est disponible gratuitement dans le cadre de la solution complète CytoScan HD.

Liens connexes
Kit de matrice CytoScan™ HD et kit de réactifs.

Usage exclusivement réservé à la recherche. Ne pas utiliser pour des procédures de diagnostic.

Spécifications
Nombre de marqueurs2.4 million markers
Quantité1 kit
TypeHD Training Kit
ArrayCytogenetics, Copy Number
FormatMatrice de sonde GeneChip
Nombre de matrices24 matrices
Unit SizeEach

Foire aux questions (FAQ)

Which thermocycler can I use for the CytoScan HD assay?

Here is the link to the CytoScan assay user guide: https://assets.thermofisher.com/TFS-Assets/LSG/manuals/703038_cytoscan_assay_UG.pdf
In Appendix D (starting on page 67), the manual outlines specifications for compatible thermocyclers. Any thermocycler that fits those specifications will work.

Note: Use the silver or gold-plated block only, do not use an aluminum block. In order to determine which block you have, look at the serial number on the block. An "A" in the serial number indicates that the block is aluminum; an "S" indicates that it is silver. Also, an aluminum block has a honeycomb appearance between the wells, whereas a silver block is smooth.

What are the recommended genomic DNA extraction methods for CytoScan HD assay?

Methods that include boiling or strong denaturants are not acceptable, because the DNA would be rendered single-stranded. For genomic DNA extraction, we recommend using either the Qiagen Gentra Puregene Kit or the 5 Prime PerfectPure DNA Blood Kit.

Our CytoScan HD Assay requires genomic DNA concentration ≥50 ng/µL. Therefore, the elution volumes for each of the kits will need to be adjusted accordingly to achieve the desired concentration.

The presence of RNA and free nucleotides can interfere with some quantitation methods using a spectrophotometer or a NanoDrop instrument. To eliminate RNA contamination, perform RNase treatment during extraction as follows:
- For QIAGEN Gentra Puregene Kit: Perform RNase treatment as recommended in the extraction kit manual prior to elution of genomic DNA.
- For 5 PRIME PerfectPure DNA Blood Kit: Use only RNase-treated purification columns for extraction of genomic DNA.

The purified genomic DNA extracted using the two methods above should meet the DNA quality specifications per the manufacturer’s kit extraction manual.
Note: Both blood and cell line sample sources have been tested for the CytoScan HD assay.

What are the specifications for the CytoScan HD Array?

The CytoScan HD Array includes 750,000 "genotype-able" SNPs and 1.9 million non-polymorphic probes. The CytoScan HD Array covers both constitutional and cancer genes with: - ISCA constitutional coverage at 1 marker /384 bases
- Complete cancer gene coverage at 1 marker / 553 bases
- 12,000 OMIM genes at 1 marker / 659 bases
- >36,000 RefSeq genes with 1 marker / 880 bases
- Backbone (non-gene) coverage of 1 marker / 1,737 bases across genome for breakpoints

Array format: 49
Feature size: 5 µM
Time to scan per array: ~32 mins
Hyb temperature: 50 degrees C

The CytoScan HD Array uses the following QC metrics:
- SNPQC ≥15
- MAPD ≤0.25
- Waviness SD ≤0.12

I accidentally froze the wash buffers in my CytoScan HD Kit. Can I still use them for purification?

The Purification Wash Buffer and Elution Buffer are not affected by being frozen at -20 degrees C and are safe to use for purification.

How is gender determined by the Cytoscan HD array?

A subset of Y probes is used and run through a Hidden Markov Model to determine gender. Copy number of 0 or 1. 0 indicates female and 1 indicates male.

Find additional tips, troubleshooting help, and resources within our Microarray Analysis Support Center.