何为转录组测序?

转录组测序又称 RNA 测序 (RNA-Seq),可提供了解基因组组织和调控方式的基础视角——能够为我们提供有关细胞内在状态,以及变异基因的表达变化对复杂疾病研究的影响的宝贵信息。转录组测序依赖新一代测序 (NGS) 方法和技术。

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我们提供了两种主要的转录组分析选项:

RNA-Seq 相对于微阵列技术的的优势

  • 更高的特异性和灵敏度—可检测更多种类的 RNA,包括融合转录本和密切相关的亚型
  • 宽动态范围—具有足够大的读长,可通过 NGS 方法检测到全宽幅的生物学相关表达变化,不像微阵列平台那样,通常要压缩信号
  • 数字输出— NGS 读数计数形式采用绝对表达形式,可以识别和鉴定低丰度转录本 
  • 同时检测已知和未知转录本和变异—NGS 测序覆盖度无偏倚性,可真正实现完全不依赖之前的基因组知识的真正全转录组生物标记物发现

全转录组测序工作流程综述

我们为基因表达研究提供了完整的 RNA 测序解决方案。从样本制备到分析,我们可让您在执行 RNA 测序时发现更多成果。此外,我们还可支持您采用我们的 qPCR 系统和试剂验证您的发现。

我们的全转录组 RNA 测序工作流程的特点如下:

  • 快速获得结果
  • 在所有台式测序仪中,单样本成本最低
  • 通量灵活 
  • 精简的数据分析
1 Enrich RNA
 
Enrich RNA Library

The Invitrogen RiboMinus Eukaryote Kit v2 provides more than 90% rRNA depletion, which helps increase the sequencing power of the Ion Proton System
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2 Construct
library
Construct library for RNA-Seq

The Ion Total RNA-Seq Kit v2 provides a fast, simple workflow with as little as 100 ng of total RNA input, while maintaining strand orientation and minimizing bias and error.
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3 Prepare
template
Prepare template for RNA-Seq

Use the Ion Chef System for walk-away template preparation and chip loading. Suitable for users of all experience levels.
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4 Run
sequence
Run sequence for RNA sequencing

The Ion S5 System is ideal for sequencing of gene panels all the way to transcriptomes. The sequencing run time is as little as 2.5 hours, with only 15 minutes of setup time.
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5 Analyze data & validate
Analyze data for RNA sequencing

Torrent Suite Software automatically provides the sequence reads in exportable FASTQ or BAM formats, which can be uploaded to third-party software, such as Partek Flow software packages
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转录组分析信息学解决方案

Ion Torrent 半导体测序将简单的综合湿实验室工作流程与Torrent Suite 软件和第三方软件结合在一起,可以快速识别、鉴定和报告最具生物学意义的转录本。

Torrent Suite 软件提供了从原始序列数据获得信息学结果的工具,涵盖了优化的信号处理、碱基识别、转录组分析、序列比对和变异分析等功能。在运行后,直接右键单击,即可下载测序数据。测序运行报告含有扩展分析图和直观的图表,其中汇集了有助于确认测序运行是否为高质量的关键结果,可轻松阅读。

此外,我们还提供Partek™ Flow™ 等第三方软件内的转录组专用工作流程,以便您进行读段比对、转录本丰度测定以及多样本差异化基因表达分析。此外,我们还提供了质量控制表及交互式数据可视化功能。

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