Ion AmpliSeq™人转录组基因表达试剂盒

采用10 ng RNA起始材料,轻松、快速地进行基因水平的表达分析

采用Ion AmpliSeq™人转录组基因表达试剂盒和Ion Proton™系统,可通过低至10 ng 的RNA 样本,并且兼容福尔马林固定石蜡包埋的FFPE样本,以一种快速的工作流程,靶向富集超过20000种RefSeq转录本。

  • 可采用经验证的Ion AmpliSeq™技术,以低至10 ng的RNA样本为起始来检测珍贵的FFPE样品
  • 通过大约1小时的手动操作即可完成基因水平表达调查所需的文库制备,不到2天即可从RNA获得基因表达水平结果
  • 无需花费数周积攒并处理大量样品,即可高效低成本完成转录组测序
  • 利用现有的下游微阵列芯片或二代测序(NGS)分析工具,即可进行简单的自动化基因水平差异化表达分析

浏览采用Ion AmpliSeq™人转录组基因表达试剂盒进行的转录组分析的应用笔记,了解此技术与微阵列芯片和qPCR数据的基因表达结果比较 ›

定量和差异化基因表达分析是很多生物学研究应用的基础,包括基因调控分析、基因表达和表型信息的关联以及细胞通路分析。传统的基因表达分析方法包括杂交式(微阵列芯片)和扩增式(qRT-PCR)技术。遗憾的是,这些方法目前在进行精确的转录本绝对定量时都存在一定的难度,同时也难以分析降解的样品,如提取自FFPE组织的RNA。采用NGS和Ion AmpliSeq™ Transcriptome Human Gene Expression Panel进行的靶向测序则不仅可以显示绝对表达结果,更可轻松、快速地识别和定量新鲜完整或已降解样品中的低丰度转录本。

 

采用Ion AmpliSeq™ Transcriptome Human Gene Expression Panel和Ion Proton™ 系统,可以实现更高的基因水平转录本检测。图中的维恩图展示了通过MicroArray Quality Control (MAQC)项目的微阵列芯片数据和Ion AmpliSeq™ Transcriptome Human Gene Expression Panel确定的基因的一致性。

查看使用Ion AmpliSeq™ Transcriptome Human Gene Expression Panel测序FFPE样本所得RNA的基因表达数据

 

Ion Torrent™ NGS转录组分析解决方案相比于微阵列芯片分析有何优劣?

在分析降解的样品时,微阵列芯片分析敏感度有限且工作流程复杂,而转录组测序则可使工作流程具有较广的定量线性动态范围,同时可以改善对极限检测的定量范围。Ion AmpliSeq™ 人转录组基因表达试剂盒非常适于对RefSeq数据库中已知的转录本进行传统的基因表达分析,而全转录组测序则可拓展您的应用能力,使您可以发现包括剪接异构体、基因融合和基因标志物在内的新型转录本。

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Ion AmpliSeq™ 转录组工作流程

1 构建文库
Ion Torrent™ library kits

• 进行反转录,并通过单次反应扩增>20,000个靶标
• 消化引物序列,连接Ion Torrent™特异性接头序列

手动操作时间:约1小时

产品:
• Ion AmplisSeq™ 人转录组基因表达试剂盒

2 制备模板
Ion Chef™ System

• 将制备好的文库、预包装的试剂和2片Ion PI™芯片装入Ion Chef™仪器
• 启动运行,进行自动化模板制备和芯片上样

手动操作时间:约1小时

产品:
• Ion PI™ IC 200 Kit
• Ion PI™ Chip Kit v2 BC

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3 进行测序
Proton System

•启动Ion Proton™仪器
•安装从Ion Chef™系统获得的可直接进行测序的芯片, 开始测序

手动操作时间:约35分钟

产品:
• Ion PI™ IC 200 Kit
• Ion PI™ Chip Kit v2 BC

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4 分析数据
Ion Reporter™ Software

• 运行ampliSeqRNA插件以便生成简单、易用的读段计数数据文件
• 进行简单的统计学分析或将文件导入到现有的微阵列芯片分析流程

产品:Torrent Suite™软件

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直接、快速的数据分析

全转录组测序是进行发现研究的良好手段,但在进行传统的基因表达分析时未必是最佳的选择。采用Ion AmpliSeq™ Transcriptome Human Gene Expression Panel,您可以利用NGS的高速、高敏感度优势,同时又能保持样品制备和数据分析的简便性。您可利用ampliSeqRNA插件生成易用的读段技术数据文件,进行简单的统计分析,或将文件输入到现有的微阵列芯片或NGS分析流程。

经检测可处理ampliseqRNA插件输出的数据分析软件包

  • Bioconductor
    • DeSeq
    • Limma
  • Partek® Software
    • Partek® Flow® (starting with aligned BAM files generated in Torrent Suite™ Software)
    • Partek® Genomics Suite™

基因表达分析

定量和差异化基因表达分析是很多生物学研究应用的基础,包括基因调控分析、基因表达和表型信息的关联以及细胞通路分析。传统的基因表达分析方法包括杂交式(微阵列)和扩增式(qRT-PCR)技术。遗憾的是,这些方法目前在进行精确的转录本绝对定量时都存在一定的难度,同时也难以分析降解的样品,如提取自FFPE组织的RNA。采用NGS和Ion AmpliSeq™ Transcriptome Human Gene Expression Panel进行的靶向测序则不仅可以显示绝对表达结果,更可轻松、快速地识别和定量新鲜完整或已降解样品中的低丰度转录本。

文献

Ion AmpliSeq™人转录组基因表达试剂盒宣传册
采用Ion AmpliSeq™人转录组基因表达试剂盒进行的转录组分析的应用笔记

仅限研究用途,不可用于诊断操作。