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FFPEがんサンプルにおけるシーケンシングの一貫性
DNAおよびRNAを同等の針生検および穿刺吸引生検から、MagMAX FFPE DNA/RNA Ultra Kit（カタログ番号A31881）を使用して、KingFisher Duo Primeで抽出しました。 ライブラリを調製し、サンプルをテンプレート化してシーケンスしました。 シーケンシングの測定値、たとえば（A）平均の読み取り長や、（B）DNAマッピングおよび均一性などは一貫しており、異なる試料タイプから核酸を機能的に回収できることを実証しています。
リキッドバイオプシーサンプルのmiRNAおよびタンパク質の解析
前立腺がんのmiRNAバイオマーカースクリーニング
トータルRNAを、10名の前立腺がん患者および10名の健常者の血清から、MagMAX mirVana Total RNA Isolation Kit（カタログ番号A27828）を使用して、KingFisher Flexで分離しました。 19種類のmiRNAの発現レベルを、TaqMan Advanced miRNA cDNA Synthesis Kit（カタログ番号A28007）およびTaqMan Advanced miRNA Assays（カタログ番号A25576）を使用して、qRT-PCRにより測定しました。 y軸は、参照mRNAに対して標準化された各miRNAのΔCt値を示しています。 健常男性サンプル（青）と前立腺がんサンプル（緑）間の大きな差は、潜在的ながんバイオマーカーを特定しています。
エキソソームプルダウン
SW480結腸がん細胞のCD9+エキソソームを、CD9を標的にしてKingFisher Flexで分離し、その後フローサイトメトリーで染色および解析しました。 Jurkat細胞からのCD9–エキソソームをコントロールとして含めました。 ヒストグラムにおいて、SW480細胞（B）では、Jurkatコントロール（C）と比較してはっきりとしたCD9+集団（赤色）が示されています。 散乱プロットとゲーティングプロファイルも（A）に示します。
血液学的サンプルからのDNAおよびRNAの分離
全血からのDNAの回収と純度
KingFisher Duo PrimeとMagMAX Multi-Sample Ultra 2.0 Kit（カタログ番号A36570）を使用して、2名のドナーの全血からDNAを分離しました。 400 µL超のサンプルは大容量プロトコルを使用して24ウェルプレートで処理し、50～400 µLのサンプルは小容量プロトコルを使用して96ウェルプレートで処理しました。 （50 µLと400 µLのサンプルを同じプレートで同時に実行した場合でも、サンプル量の標準化は不要でした。） ラン時間は45分でした。 （上）回収量は、少量および多量のインプットにわたり直線的でした。 （下）A260/A280およびA260/A230比は、全サンプル量範囲で高純度であることを示しました。
全血および骨髄からのDNAおよびRNAの連続分離
骨髄および血液サンプルタイプを使用したDNAの連続分離の性能データ
さまざまなサンプルインプット量における複数のサンプルで平均したDNA。 Invitrogen Qubit 1X dsDNA Broad Range Assayを使用して、Invitrogen Qubit Flex蛍光光度計で測定したDNA。 DNAの収量はドナー間、およびサンプルの品質、年齢、インプット量によって変動することにご注意ください。
さまざまなサンプルインプット量における複数のサンプルで平均したRNA。 Invitrogen Qubit RNA High Sensitivity (HS) Assayを使用して、Invitrogen Qubit Flex蛍光光度計で測定したRNA。 RNAの収量はドナー間、およびサンプルの品質、年齢、インプット量によって変動することにご注意ください。
細菌およびウイルス検出のための核酸分離
微生物の同定
2名のドナーから採取した便、尿、および唾液サンプルの全核酸を、MagMAX Microbiome Ultra Nucleic Acid Isolation Kit（カタログ番号A42357およびA42358）を使用してKingFisher Flexで分離し、ショットガンメタゲノムシーケンシングにかけ、既知の微生物プロファイルと比較しました。 図は、選択した微生物の存在量ヒートマップをすべてのサンプルについて示しています。 結果から、それぞれの体内生息環境は異なる優勢的な特徴的分類群を持ち、主に尿と唾液間で少数の共有種あることが確認されました。 各環境内では、ドナー間で非常に多くの種が重複していましたが、個人間の違いも示されました。
獣医学病原体の検出
カリフォルニア大学デービス校獣医学部の研究で、イヌ、ネコ、およびウマから全血、糞便、および鼻汁を採取しました。 全核酸を、KingFisher Flexおよび真空ベースの自動化システムで抽出し、qPCRで増幅しました。 定量サイクル（Cq）値は2つのメソッド間で同等で、検出された病原体の総数も類似していました。 しかし、KingFisher Flexによる抽出時間は1/3で終わりました。
SARS-CoV-2検査
鼻咽頭スワブ試料に250コピー／mL（左）または750コピー／mL（右）のSARS-CoV-2ウイルスRNA（それぞれ検出限界の1倍または3倍）を添加し、添加サンプル200 µLまたは400 µLからRNAをMagMAX Viral/Pathogen Kit（カタログ番号A42352）を使用して、3回目の洗浄あり（+）またはなし（–）で、3重複で抽出しました。 サンプルを50 µL溶出した後、4つのRNAターゲット（色付き記号）について、qRT-PCRにより3回ずつアッセイしました。 各ターゲットのCt値は一貫性が非常に高く（記号が密接に集合）、サンプル量と洗浄条件の間でほぼ同一でした。これは、合理化された低容量プロとロコルの有効性を実証しています。 すべての陰性サンプルのCtは「未検出」でした（データ省略）。
タンパク質分析のための自動調製
免疫沈降
CD81を発現しているJurkat細胞を溶解し、抗CD81抗体でコーティングしたDynabeads Protein G（カタログ番号10004D）とともに培養しました。 細胞ライセートからCD81を、最適化された自動IPプロトコルを使用してKingFisher Duo PrimeおよびFlexで3重複で分離し、手動プロトコルと比較しました。 電気泳動およびウェスタンブロッティングにより、2つの装置の性能は手動プロトコルで得られた結果と同等に良好であることが示されました。
ペプチドマッピング
インフリキシマブ製剤を、SMART Digestトリプシンを使用してKingFisher Duo Primeで消化しました。 LC-MSによるUVペプチドマップの分析により、抗体の軽鎖と重鎖の両方で100%の完全な配列カバレッジが確認されました。 他のデータでは、自動化プロトコルは、タンパク質消化の経験がない人が実施した場合でも再現性があり、使いやすいことが分かりました。
研究用にのみ使用できます。 診断用には使用いただけません。