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オミクロン株も24時間以内に同定可能 Ion AmpliSeq SARS-CoV-2 Insight Research Assay

Written by | Published: 12.14.2021

急激な進化を遂げるSARS-CoV-2は、さらに新たな変異株を生み出しており、世界から注目が集まっています。そこで今回は、話題のオミクロン株を世界で初めて報告した例について、ご紹介します。

▼こんな方におすすめです！
・新型コロナウイルス研究に興味のある方
・感染症研究者
・ワクチン研究者

新たな懸念される変異（VOC）－オミクロン株

SARS-CoV-2ウイルスの新しいVOCであるオミクロン株は2021年11月24日に世界保健機構（WHO）に報告されました。報告したのは南アフリカのAllison Glass博士と彼女の研究チームです。Glass博士は、PCR検査の結果が潜在的な進化を示していたと言います。「11月初旬に、サーモフィッシャーサイエンティフィックのTaqPath 新型コロナウイルス(SARS-CoV-2) リアルタイムPCR 検出キットを用いてSARS-CoV-2を検出したところ、S遺伝子のドロップアウトに気づき、新しい変異株である可能性が示唆されました。」とGlass博士は述べています。「その後、これらのサンプルをIon Torrent™ Genexus™ Integratedシーケンサにより自施設でシーケンスし、24時間以内にウイルスの変異を検出、同定することで、南アフリカの国家サーベイランスプログラムに確認と迅速な対応が必要であることを警告できました。このテストやシーケンスのスピードは、公衆衛生上の決定を早め、この新しい変異株から人々を安全に保つために重要です。」

それ以来、オミクロン株は、米国、香港、オーストラリア、イスラエル、および複数のヨーロッパ諸国を含む20か国以上で検出されています。デルタ株は依然として流行している主要な変異株ですが、オミクロン株は突然変異の数が多い（オミクロン株のスパイクタンパク質では30以上だが、デルタ株では13）可能性が高いことが懸念されており、つぎつぎに新たなロックダウンや渡航制限を実施する国や地域が増えています。今後数週間でオミクロン株の突然変異やそれらが免疫系による検出を逃れるウイルスの能力にどのように影響するか研究が進むとともに、新しい突然変異を特定し、この新たな変異株の感染拡大を防ぐために、迅速なゲノムサーベイランスが重要になります。

Genexusシステムで高度に自動化された次世代シーケンス（NGS）を使えば、SARS-CoV-2のサンプルをわずか1日で全ゲノムシーケンスが可能であり、地域、地域、さらには世界中のSARS-CoV-2サーベイランスをサポートする、公衆衛生に重要な詳細情報を迅速に提供します。Ion Torrent™ NGSシステムで利用可能なIon AmpliSeq™ SARS-CoV-2 Insight Research Assayは、AmpliSeqテクノロジーを基盤とした最適なパネル設計で、低コピーのSARS-CoV-2ウイルスを含むサンプルなど、さまざまなサンプルに対して未知の変異を高感度に検出できます。

Liberec地域病院の遺伝学および分子診断部門の責任者であるIva Dolinová博士は、チェコ共和国でオミクロン変異株の最初の症例を検出するために、GenexusシステムでIon AmpliSeq SARS-CoV-2 Insight Research Assayを使用した経験について説明しています。「非常に感度の高いIon AmpliSeq SARS-CoV-2 Insight Research Assayを使用して、24時間以内に女性患者から新しいオミクロン株を検出することができました。これは、高速で自動化されたIon Torrent Genexus Integratedシーケンサ、私たちの献身的なチーム、そしてサーモフィッシャーサイエンティフィックとのコラボレーションが無ければ、到底不可能でした。」

サンプルからデータ解析までを迅速に提供するIon Torrent NGSシステムによるSARS-CoV-2サーベイランスは、デルタ株やオミクロン株のみならず、それ以降の新しいSARS-CoV-2変異株も自信をもって検出できます。

まとめ

・公衆衛生の観点から、ウイルスのゲノム情報をできるだけ早く入手し、新しい変異株から人々を守るための施策を検討する必要があります。
・オミクロン株をはじめ、新しいSARS-CoV-2変異株の同定・検出には、迅速でほとんどマニュアル操作がないGenexusシステムが最適です。

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