CytoScan™ HD Kit Plus
CytoScan™ HD Kit Plus
Applied Biosystems™

CytoScan™ HD Kit Plus

Le kit CytoScan™ HD Plus 24 comprend les réactifs et les matrices CytoScan HD pour 24 réactions ainsi que leAfficher plus
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RéférenceNombre de matrices
90582424 matrices
90589696 matrices
Référence 905824
Prix (EUR)
-
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Nombre de matrices:
24 matrices
Le kit CytoScan™ HD Plus 24 comprend les réactifs et les matrices CytoScan HD pour 24 réactions ainsi que le kit d’amplification CytoScan pour 96 réactions.

La suite CytoScan HD est la référence inégalée en matière de recherche cytogénétique et offre :

une couverture des performances exceptionnelle sans compromis
La suite CytoScan HD offre la couverture la plus large et les meilleures performances pour détecter les aberrations chromosomiques. La suite CytoScan HD a une sensibilité supérieure à 99 % et peut détecter de manière fiable des changements de nombre de copies de 25 à 50 kb sur l’ensemble du génome à une spécificité élevée grâce à la corroboration allélique des polymorphismes à simple nucléotide (SNP). Avec plus de 2,6 millions de marqueurs de nombre de copies, la suite CytoScan HD couvre tous les gènes OMIM™ et RefSeq. Notre technologie de fabrication exclusive produit des matrices hautement reproductibles entre chaque lot sans risque de chute de sonde inhérente aux techniques de fabrication de microbilles. En dépassant les limites des curations actuelles de la base de données, la matrice de l’ensemble du génome garantit la possibilité pour les nouvelles découvertes d’être cataloguées pour les découvertes et annotations futures, qui sont souvent écartées par des conceptions ciblées.

SNP haute densité avec une précision de génotype supérieure à 99 %
Permet la visualisation du mosaïcisme de faible niveau, l’absence d’hétérozygotie (AOH) et la détection d’une DUP acquise (DUPa), la confirmation d’un changement du nombre de copies, la détection de triploïdie, la visualisation du déséquilibre allélique, l’identification de la contamination génomique, la vérification de la cohérence trio et l’analyse des parents biologiques.

La plus grande gamme de types d’échantillons pris en charge – y compris POC FFPE
La suite CytoScan HD prend en charge plusieurs types d’échantillons différents pour l’analyse du cancer et de la recherche cytogénétique constitutionnelle, notamment le sang, la moelle osseuse, la bouche, la salive, les tissus frais et congelés, les cartes DBS, les cellules directes / en culture, les amniocytes et produits de conception (POC), les échantillons non archivés frais et fixés à la formaline, enrobés de paraffine, entre autres.

Des flux de travail manuels ou automatisés de dosage de l’ADN pour des résultats obtenus en moins de trois jours, avec notamment le tout nouveau kit d’amplification CytoScan
La solution CytoScan HD a été optimisée dans le but d’économiser le temps, l’argent et les ressources du laboratoire. Le protocole de dosage simplifié et rationalisé est aligné sur les exigences du flux de travail du laboratoire, ce qui facilite l’obtention de résultats cohérents et de haute qualité et réduit les erreurs de l’opérateur. Le kit de réactifs comprend des réactifs et des microbilles magnétiques nécessaires pour le dosage CytoScan (à l’exception de l’éthanol). Chaque composant est soumis à une inspection de contrôle de qualité stricte afin de garantir une reproductibilité et des performances optimales avec les matrices CytoScan HD. Le protocole CytoScan™ peut être réalisé en 2,5 jours avec seulement 7 heures de temps de manipulation.

Le kit d’amplification CytoScan est disponible dès à présent !
Le kit d’amplification CytoScan (réf n°902975) a été conçu pour être utilisé lors de l’étape d’amplification par PCR du dosage CytoScan et est fabriqué par Takara Bio USA, Inc (Clontech). Le kit d’amplification CytoScan est équivalent au kit d’amplification d’ADN Clontech Titanium™ (réf n°639240, 300 réactions, ou réf n°639243, 400 réactions). Les réactifs d’amplification du kit d’amplification CytoScan génèrent des produits PCR à utiliser pour la préparation de l’ADN cible à hybrider aux matrices CytoScan 750K et HD. Le kit contient suffisamment de réactifs pour préparer 400 réactions PCR, équivalentes à 96 à 100 échantillons traités avec le dosage CytoScan.

Instrument de préparation des cibles Affymetrix NIMBUS – automatisez votre flux de travail
L’instrument de préparation des cibles Affymetrix NIMBUS offre à votre laboratoire le premier instrument de manipulation de liquide compact. La station de travail épurée Affymetrix NIMBUS est optimisée pour automatiser la partie post-PCR du dosage CytoScan, y compris les étapes de purification de l’ADN et de mise en commun. La solution de préparation automatisée des cibles CytoScan est idéale pour les laboratoires qui cherchent à traiter 24 ou 48 échantillons en toute simplicité et à augmenter la vitesse d’échantillonnage.

Suite d’analyse chromosomique (ChAs) conçue pour les applications cytogénétiques
Inclus dans la suite CytoScan HD, le célèbre logiciel ChAs est disponible gratuitement. Le ChAs est conçu pour l’analyse et la production de rapports de recherche cytogénétique avec :

• Flux de travail d’analyse et de production de rapports rationalisé
• Possibilité d’appliquer des filtres personnalisés pour analyser le génome à différents niveaux de résolution
• Options pour créer, modifier, et télécharger des fichiers d’annotation et des régions identifiées pour une analyse ciblée
• Une base de données pour le stockage, la demande et la visualisation d’échantillons
• Accès direct aux bases de données externes telles que NCBI, UCSC Genome Browser, Ensembl et OMIM
•Vérification de la cohérence trio pour les études parentales
•Outils d’analyse adaptés aux cancers

Formation et support client de première classe
La formation client est requise pour le dosage CytoScan HD pour les nouveaux clients et ceux déjà existants. Différents produits sont disponibles en fonction de votre niveau d’expérience ; veuillez nous contacter ici pour plus de détails.

Liens connexes

Lot composé du kit de matrice et du kit de réactifs CytoScan™ HD 901835

Kit de matrice CytoScan™ HD Plus 96 905896
For Research Use Only. Not for use in diagnostic procedures.
Spécifications
Nombre de marqueurs2.6 million markers
Quantité24 arrays
TypeHD Kit Plus 24
ArrayCytogenetics, Copy Number
FormatMatrice de sonde GeneChip
Nombre de matrices24 matrices
EspècesHuman
Unit SizeEach
Contenu et stockage
CytoScan HD Kit Plus 24 includes CytoScan HD arrays and reagents sufficient for 24 reactions and the CytoScan Amplification Kit sufficient for 96 reactions.

Foire aux questions (FAQ)

Which thermocycler can I use for the CytoScan HD assay?

Here is the link to the CytoScan assay user guide: https://assets.thermofisher.com/TFS-Assets/LSG/manuals/703038_cytoscan_assay_UG.pdf
In Appendix D (starting on page 67), the manual outlines specifications for compatible thermocyclers. Any thermocycler that fits those specifications will work.

Note: Use the silver or gold-plated block only, do not use an aluminum block. In order to determine which block you have, look at the serial number on the block. An "A" in the serial number indicates that the block is aluminum; an "S" indicates that it is silver. Also, an aluminum block has a honeycomb appearance between the wells, whereas a silver block is smooth.

What are the recommended genomic DNA extraction methods for CytoScan HD assay?

Methods that include boiling or strong denaturants are not acceptable, because the DNA would be rendered single-stranded. For genomic DNA extraction, we recommend using either the Qiagen Gentra Puregene Kit or the 5 Prime PerfectPure DNA Blood Kit.

Our CytoScan HD Assay requires genomic DNA concentration ≥50 ng/µL. Therefore, the elution volumes for each of the kits will need to be adjusted accordingly to achieve the desired concentration.

The presence of RNA and free nucleotides can interfere with some quantitation methods using a spectrophotometer or a NanoDrop instrument. To eliminate RNA contamination, perform RNase treatment during extraction as follows:
- For QIAGEN Gentra Puregene Kit: Perform RNase treatment as recommended in the extraction kit manual prior to elution of genomic DNA.
- For 5 PRIME PerfectPure DNA Blood Kit: Use only RNase-treated purification columns for extraction of genomic DNA.

The purified genomic DNA extracted using the two methods above should meet the DNA quality specifications per the manufacturer’s kit extraction manual.
Note: Both blood and cell line sample sources have been tested for the CytoScan HD assay.

What are the specifications for the CytoScan HD Array?

The CytoScan HD Array includes 750,000 "genotype-able" SNPs and 1.9 million non-polymorphic probes. The CytoScan HD Array covers both constitutional and cancer genes with: - ISCA constitutional coverage at 1 marker /384 bases
- Complete cancer gene coverage at 1 marker / 553 bases
- 12,000 OMIM genes at 1 marker / 659 bases
- >36,000 RefSeq genes with 1 marker / 880 bases
- Backbone (non-gene) coverage of 1 marker / 1,737 bases across genome for breakpoints

Array format: 49
Feature size: 5 µM
Time to scan per array: ~32 mins
Hyb temperature: 50 degrees C

The CytoScan HD Array uses the following QC metrics:
- SNPQC ≥15
- MAPD ≤0.25
- Waviness SD ≤0.12

I accidentally froze the wash buffers in my CytoScan HD Kit. Can I still use them for purification?

The Purification Wash Buffer and Elution Buffer are not affected by being frozen at -20 degrees C and are safe to use for purification.

How is gender determined by the Cytoscan HD array?

A subset of Y probes is used and run through a Hidden Markov Model to determine gender. Copy number of 0 or 1. 0 indicates female and 1 indicates male.

Find additional tips, troubleshooting help, and resources within our Microarray Analysis Support Center.