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『簡単でいいですね』マイクロアレイの解析ソフトウエアについて

Written by | Published: 05.31.2022

本エントリーでは弊社のApplied Biosystems™ TACソフトウエアをご利用いただいた「お客さまの声」をご紹介いたします。

▼こんな方におすすめです！
・ 網羅的な遺伝子発現解析をお手軽に実施されたい方
・ マイクロアレイのデータを扱いたい、解析されたい方
・ 網羅的発現解析のグラフを作成されたい方
・ マイクロアレイのデータから遺伝子の絞り込みをされたい方

▼Key Word
無償
簡単
わかりやすい
直観的に使える
早い
充実
Bioinformatics

はじめに

弊社のWebサイトから無料で入手できる解析ソフトウエアTranscriptome Analysis Console (TAC)ソフトウエアは2013年にver.1がリリースされた後、多くの皆さまにご利用いただき、バージョンアップを重ねながら、おかげさまで最新版はver.4.0.2となっています。

弊社開催のマイクロアレイによる遺伝子発現解析セミナーや、ハンズオントレーニングにご参加いただいた方、メールや電話でお問い合わせいただいた方から、ご好評をいただいております。ここではそのうちの幾つかをご紹介させていただきたいと思います。

思っていたより簡単でした

『講習を受ける前に試しに自分で使ってみたら驚くほど簡単に解析が出来てしまった。』
（講習とは弊社のマイクロアレイのセミナーを指します。）

『自分で解析が出来るか不安だったが、非常に使いやすそうで自信が持てた。』

網羅的な遺伝子発現解析となりますと、数万～十数万の遺伝子データを一気に扱うため「難しそう」というイメージがあるかもしれません。

ですが、TACソフトウエアはそのような心配はご無用です。「難しそう」という先入観が最大の難関かもしれません。

図１．TACソフトウエアは、トランスクリプトーム発現アレイ解析のため、効率化されたワークフローを提供します。

グラフ作成が使える！

『グラフが非常にわかりやすい。このグラフを使うためにマイクロアレイを利用したいと思った。』(NGSのRNA-seq と比較してのコメントです。)

『Volcano Plot（ボルケーノープロット）が数秒でできるのに驚いた、かなり使えそう』

『（TACで作成されるグラフは）論文でも見たことがある図ばかりで実用的だ。』

解析を無事に終えられても、論文発表や口演のためには、分かりやすいように解析結果の図示化も必要です。TACソフトウエアでは簡単にグラフが表示されますし、エクスポートした図は、論文にもそのまま掲載されている例が多くあります。こういった機能まで備えているので、グラフ作成のために別のソフトウエアを必要とせず、便利です。

microarray-voc-10

図２．スキャッタープロット、ボルケーノープロット、階層化クラスタリング（ヒートマップ）

表(Gene Table)が見やすい、機能的

『左側の表のところのフィルター機能がExcelみたいでよい。』

『受託会社から解析結果をExcelで貰っていたが、これを見るよりも、自分でCELファイル（生データ）から解析した方がわかりやすかった。』

TACソフトウエアの発現解析結果のウィンドウは、デフォルトで左側にGene Table、右側にグラフが表示されます。このGene Tableで、各遺伝子の名前や発現シグナル強度などが確認できますが、Excel™ のフィルター機能のような機能が備わっています。
これを用いて、条件に合う数値や文字列で絞りこむ、昇順・降順に並び替えるなどが行えます。

また、Gene Table とグラフは連動しており、直感的に理解しやすいデザインです。Gene Tableで選択した遺伝子は、グラフでもハイライトされ、逆にグラフの方でプロットを選択すると、Gene Table で該当する遺伝子がハイライトされます。

Gene Table とグラフとを相互に見比べることができ、解析結果を理解するのに役立ちます。

microarray-voc5

図3．TACソフトウエアのGene Table。Excelのようにフィルター機能が備わっているので、遺伝子発現データの整理や絞り込みを簡単に行うことができます。

まとめ

以上、実際にTACをご使用いただいた、ユーザー様のご感想を紹介させていただきました。

マイクロアレイのデータ解析が大変そうだ、とお悩みの方は、TACソフトウエアのご利用を是非ご検討ください。特に条件なく、ダウンロード、インストールできますので、まずはデモデータやGEOに登録されているデータで、使い勝手をお試しいただくこともできます。

また、TACソフトウエアのダウンロードの方法からデータ解析について、無償のセミナーを開催しております。こちらのご参加もどうぞご検討ください。

Excel is a trademark of Microsoft Corporation .

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研究用にのみ使用できます。診断目的およびその手続き上での使用はできません。

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