CytoScan™ HD Kit Plus
Applied Biosystems™

CytoScan™ HD Kit Plus

CytoScan™ HD Kit Plus 24 enthält genügend CytoScan HD Arrays und Reagenzien für 24 Reaktionen und das CytoScan Amplification KitWeitere Informationen
Have Questions?
Ansicht ändernbuttonViewtableView
KatalognummerAnzahl Arrays
90582424 Arrays
90589696 Arrays
Katalognummer 905824
Preis (EUR)
-
Anzahl Arrays:
24 Arrays
CytoScan™ HD Kit Plus 24 enthält genügend CytoScan HD Arrays und Reagenzien für 24 Reaktionen und das CytoScan Amplification Kit für 96 Reaktionen.

CytoScan HD Suite ist der konkurrenzlose Standard in der Zytogenetik-Forschung und bietet:

Außergewöhnliche Leistungsabdeckung ohne Kompromisse
CytoScan HD Suite bietet die breiteste Abdeckung und höchste Leistung für die Erkennung chromosomaler Aberrationen. CytoScan HD Suite weist eine Empfindlichkeit von über 99 % auf und kann mithilfe des allelischen Einzelnukleotid-Polymorphismus (SNP) zuverlässig und mit hoher Spezifität Änderungen der Kopienzahl von 25 bis 50 kb im gesamten Genom erkennen. Mit mehr als 2,6 Millionen Markierungen für die Anzahl der Kopien deckt die CytoScan HD Suite alle OMIM™ und RefSeq-Gene ab. Unsere firmeneigene Fertigungstechnologie produziert Arrays, die zwischen jeder Charge hochreproduzierbar sind, ohne dass das Risiko eines Ausfalls der Sonde durch Beads entstehen kann. Das gesamte Genomarray übertrifft die Grenzen der aktuellen Datenbankkurationen und sorgt dafür, dass neue Erkenntnisse für zukünftige Entdeckungen und Anmerkungen katalogisiert werden können, die von gezielten Entwürfen häufig übersehen werden.

High-Density-SNPs mit einer Genauigkeit von > 99 % des Genotyps
Ermöglicht die Visualisierung des Mosaizismus auf niedriger Ebene, das Fehlen einer Heterozygosität (AOH) und der erfassten UPD-Erkennung (aUPD), die Bestätigung der Änderung der Kopienanzahl, die Triploidie-Erkennung, die Visualisierung des allelischen Ungleichgewichtsmusters, die Identifizierung der genomischen Kontamination, die Überprüfung der Triokonsistenz und die Analyse des Ursprungs.

Das breiteste Spektrum an unterstützten Probentypen - einschließlich POC FFPE
CytoScan HD Suite unterstützt verschiedene Probentypen für die Analyse von Krebs und konstitutioneller zytogenetischer Forschung, einschließlich Blut, Knochenmark, Bukcal, Speichel, frische und gefrorene Gewebe, DBS-Karten, direkte/kultivierte Zellen, Amniozyten und Produkte der Empfängnis (POC), frische und formalinfixierte, paraffineingebettete, nicht archivierte Proben.

Robuste manuelle oder automatisierte Assay-Arbeitsablauf-DNA für weniger als drei Tage, einschließlich des neu erhältlichen CytoScan Amplification Kit
CytoScan HD Solution wurde optimiert, um Laborzeit, Geld und Ressourcen zu sparen. Das vereinfachte und optimierte Assay-Protokoll ist an die Anforderungen des Laborarbeitsablaufs angepasst, sodass Konsistenz, hochwertige Ergebnisse und weniger Bedienerfehler leichter erzielt werden können. Das Reagenzienkit enthält Reagenzien und magnetische Beads, die für den CytoScan Assay erforderlich sind (außer Ethanol). Jede Komponente durchläuft eine strenge Qualitätskontrolle, um mit CytoScan HD Arrays höchste Reproduzierbarkeit und Leistung zu gewährleisten. Das CytoScan™ Protokoll kann innerhalb von 2,5 Tagen mit nur 7 Stunden Praxiszeit durchgeführt werden.

CytoScan Amplification Kit ist jetzt erhältlich!
CytoScan Amplification Kit (Kat. Nr. 902975) wurde für die PCR-Amplifikation des CytoScan Assays entwickelt und wird von Takara Bio USA, Inc (Clontech) hergestellt. Das CytoScan Amplification Kit entspricht dem Clontech Titanium™ DNA Amplification Kit (Kat. Nr. 639240, 300 Reaktionen oder Kat. Nr. 639243, 400 Reaktionen). Die Amplifikationsreagenzien im CytoScan Amplification Kit erzeugen PCR-Produkte, die zur Vorbereitung der Ziel-DNA verwendet werden, die mit CytoScan 750K und HD Arrays hybridisiert werden soll. Das Kit enthält genügend Reagenzien für die Vorbereitung von 400 PCR-Reaktionen, was 96 bis 100 Proben entspricht, die mit dem CytoScan Assay verarbeitet werden.

Affymetrix NIMBUS Target Preparation Instrument - automatisieren Sie Ihren Arbeitsablauf
Das Affymetrix NIMBUS Target Preparation Instrument bietet Ihrem Labor die führende Instrumentierung zur kompakten Handhabung von Flüssigkeiten. Die elegante Affymetrix NIMBUS Workstation ist für die Automatisierung des Post-PCR-Teils des CytoScan Assays optimiert, einschließlich der DNA-Aufreinigung und Pooling-Phasen. CytoScan Automated Target Preparation Solution ist ideal für Labore, die mit Leichtigkeit 24 oder 48 Proben verarbeiten und den Probendurchsatz erhöhen möchten.

Chromosom Analysis Suite (ChAS) - entwickelt für zytogenetische Anwendungen
Die beliebte ChAS Software ist kostenlos als Teil der CytoScan HD Suite erhältlich. ChAS ist auf die zytogenetische Forschungsanalyse und -berichterstattung zugeschnitten mit:

• Optimierter Analyse- und Berichts-Arbeitsablauf
• Möglichkeit zur Anwendung benutzerdefinierter Filter zur Analyse des Genoms auf verschiedenen Ebenen der Auflösung
• Optionen zum Erstellen, Ändern und Hochladen von Anmerkungsdateien und Markierungsbereiche für fokussierte Analysen
• Eine Datenbank für die Speicherung, Abfrage und Visualisierung von Proben
• Direkter Zugriff auf externe Datenbanken wie NCBI, UCSC Genome Browser, Ensembl und OMIM
•Trio-Konsistenzprüfung für elterliche Studien
•Krebsspezifische Analyse-Tools

Erstklassige Kundenschulungen und Support
Für den CytoScan HD Assay sind erstklassige Kundenschulungen sowohl für Neu- als auch für Bestandskunden erforderlich. Je nach Erfahrungsstufe sind verschiedene Produkte erhältlich. Bitte kontaktieren Sie uns hier, um weitere Informationen zu erhalten.

Verwandte Links

901835 CytoScan™ HD Array Kit und Reagent Kit Bundle

905896 CytoScan™ HD Array Kit Plus 96
For Research Use Only. Not for use in diagnostic procedures.
Specifications
Anzahl Marker2.6 million markers
Menge24 arrays
TypHD Kit Plus 24
ArrayCytogenetics, Copy Number
FormatGeneChip Sondenarray
Anzahl Arrays24 Arrays
SpeziesHuman
Unit SizeEach
Inhalt und Lagerung
CytoScan HD Kit Plus 24 includes CytoScan HD arrays and reagents sufficient for 24 reactions and the CytoScan Amplification Kit sufficient for 96 reactions.

Häufig gestellte Fragen (FAQ)

Which thermocycler can I use for the CytoScan HD assay?

Here is the link to the CytoScan assay user guide: https://assets.thermofisher.com/TFS-Assets/LSG/manuals/703038_cytoscan_assay_UG.pdf
In Appendix D (starting on page 67), the manual outlines specifications for compatible thermocyclers. Any thermocycler that fits those specifications will work.

Note: Use the silver or gold-plated block only, do not use an aluminum block. In order to determine which block you have, look at the serial number on the block. An "A" in the serial number indicates that the block is aluminum; an "S" indicates that it is silver. Also, an aluminum block has a honeycomb appearance between the wells, whereas a silver block is smooth.

What are the recommended genomic DNA extraction methods for CytoScan HD assay?

Methods that include boiling or strong denaturants are not acceptable, because the DNA would be rendered single-stranded. For genomic DNA extraction, we recommend using either the Qiagen Gentra Puregene Kit or the 5 Prime PerfectPure DNA Blood Kit.

Our CytoScan HD Assay requires genomic DNA concentration ≥50 ng/µL. Therefore, the elution volumes for each of the kits will need to be adjusted accordingly to achieve the desired concentration.

The presence of RNA and free nucleotides can interfere with some quantitation methods using a spectrophotometer or a NanoDrop instrument. To eliminate RNA contamination, perform RNase treatment during extraction as follows:
- For QIAGEN Gentra Puregene Kit: Perform RNase treatment as recommended in the extraction kit manual prior to elution of genomic DNA.
- For 5 PRIME PerfectPure DNA Blood Kit: Use only RNase-treated purification columns for extraction of genomic DNA.

The purified genomic DNA extracted using the two methods above should meet the DNA quality specifications per the manufacturer’s kit extraction manual.
Note: Both blood and cell line sample sources have been tested for the CytoScan HD assay.

What are the specifications for the CytoScan HD Array?

The CytoScan HD Array includes 750,000 "genotype-able" SNPs and 1.9 million non-polymorphic probes. The CytoScan HD Array covers both constitutional and cancer genes with: - ISCA constitutional coverage at 1 marker /384 bases
- Complete cancer gene coverage at 1 marker / 553 bases
- 12,000 OMIM genes at 1 marker / 659 bases
- >36,000 RefSeq genes with 1 marker / 880 bases
- Backbone (non-gene) coverage of 1 marker / 1,737 bases across genome for breakpoints

Array format: 49
Feature size: 5 µM
Time to scan per array: ~32 mins
Hyb temperature: 50 degrees C

The CytoScan HD Array uses the following QC metrics:
- SNPQC ≥15
- MAPD ≤0.25
- Waviness SD ≤0.12

I accidentally froze the wash buffers in my CytoScan HD Kit. Can I still use them for purification?

The Purification Wash Buffer and Elution Buffer are not affected by being frozen at -20 degrees C and are safe to use for purification.

How is gender determined by the Cytoscan HD array?

A subset of Y probes is used and run through a Hidden Markov Model to determine gender. Copy number of 0 or 1. 0 indicates female and 1 indicates male.

Find additional tips, troubleshooting help, and resources within our Microarray Analysis Support Center.