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Stealth RNAi®は25塩基のブラントエンドのsiRNAで、独自の化学修飾を持っております。 独自の化学修飾により非特異に起こるPKR/インターフェロンストレス応答を抑制することができます。このインターフェロンストレス応答は、時に増殖抑制や、毒性を引き起こすことがあります。Stealth RNAi®は、ストレス応答を引き起こすdsRNAとして認識されることを防ぎ、そのうえで効果的なKnockdownを可能にします。
ターゲット遺伝子のKnockdownをもっとも正確に測るには、逆転写反応とRealtime PCRを組み合わせて、細胞内のmRNA発現をはかる方法です。Northern BlotでもmRNAの減少を大まかには判断できます。また、ターゲット遺伝子の種類によっては、細胞ベースの転写アッセイでも測定できることがあります。 KnockdownのレベルはWesternBlottingのタンパクレベルで測定する方法や、β-galactosidaseのようなレポーターシステムにてはかる方法もあります。 しかしながら、mRNAが非常に効率よく翻訳され、転写量が減少していても高い量のProteinが産生で規定しまう遺伝子もあります。その場合、タンパクレベルでの測定によるではRNAiの効果を正確に測定することができません。
大きく分けて3つあります。 1. Silencer® Select や Stealth RNAi®のようなsiRNAを分子を細胞にTransfectionする方法 2. miRNAやshRNAをクローニングしたコンストラクトを細胞内で発現させる方法 3. In-Vitro TranscriptionとDicing反応にて、PoolのsiRNAを作成し、細胞にTransfectionする方法
RNAi実験におけるKnockdown効率は、siRNAのデザインと細胞にsiRNAを届けられるかどうかによって決まってきます。BLOCK-iT Fluorescent OligosやGAPDHの抑制効果確認済みのsiRNAを使用することにより、各実験のTransfection効率を確認することができます。そして、それぞれの実験において、Knockdown効果の正確な評価が可能となります。
siRNAは短い二本鎖のRNA分子(dsRNA)で細胞にTransfectionされ、細胞内に導入されることで遺伝子のSilencingを引き起こします。siRNAのデザインはターゲットmRNAと高いホモロジーをもつStrandでデザインされ、mRNAの転写産物に強く結合すると分解を引き起こし、リボソームの翻訳を阻害します。 この現象はRNA干渉(RNA interference)、RNAiと呼ばれています。 弊社では、デザイン済みまたは、抑制効果確認済みのRNA分子を販売しています。 下記よりご参考ください。 http://www.thermofisher.com/jp/ja/home/life-science/rnai/synthetic-rnai-analysis.html