Pierce™ Magnetic RNA-Protein Pull-Down Kit
Pierce™ Magnetic RNA-Protein Pull-Down Kit
Citations & References (5)
Thermo Scientific™

Pierce™ Magnetic RNA-Protein Pull-Down Kit

Thermo Scientific Pierce磁気RNAタンパク質プルダウンキットは、エンドラベル化されたRNAをベイトとして使用して、タンパク質とRNAの相互作用を濃縮するための合理化された堅牢な方法を提供します。磁気RNAタンパク質プルダウンキットの特長：•直接 – リボ核タンパク質複合体をエンドラベル化したRNAで直接補足し、プルダウンのための抗体を使用しない、または必要としません•詳細を見る
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製品番号（カタログ番号）数量
201641キット
製品番号（カタログ番号） 20164
価格（JPY）
178,700
Each
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数量:
1キット
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Thermo Scientific Pierce磁気RNAタンパク質プルダウンキットは、エンドラベル化されたRNAをベイトとして使用して、タンパク質とRNAの相互作用を濃縮するための合理化された堅牢な方法を提供します。

磁気RNAタンパク質プルダウンキットの特長：

•直接 – リボ核タンパク質複合体をエンドラベル化したRNAで直接補足し、プルダウンのための抗体を使用しない、または必要としません
• 使いやすい – RBPの濃縮にスピンカップや遠心分離は不要、RNAラベリング反応後のハンズオン時間を最小限（3時間未満）に抑えた合理化された手順
• 柔軟 – さまざまな長さと複雑さのラベリングのために、in vitro転写RNAまたは合成RNAを使用し、内因性、過剰発現、およびin vitro翻訳された解物を使用してタンパク質を濃縮しました
• 特異的 – 低ビーズバックグラウンドで、無関連RNAまたは変異RNAは特定のRBPを有意に濃縮しません
• 経済的 – 市販の合成末端標識化RNA、磁気ビーズおよび試薬を別途購入するより費用がかかりません
• 一式 – アッセイに必要なバッファーを含むラベリングモジュールと濃縮モジュールの両方が含まれており、陽性対照RNA、陰性対照RNA、およびRBP抗体が含まれています

磁気RNAタンパク質プルダウンキットは、デスチオビオチンとストレプトアビジン磁気ビーズで末端標識したRNAを用いて、効率的にRNA結合タンパク質（RBP）を濃縮するための試薬を提供します。このキット一式には、RNA標識反応20回分とタンパク質-RNAプルダウンアッセイ20回分に十分な試薬が含まれています。タンパク質-RNA相互作用の直接濃縮は、核酸に組み込まれたタンパク質-RNA複合体または構成成分の抗体を捕捉する代替手段になります。このキットに追加されたメリットは、標識およびプルダウンアッセイ用の検証済みコントロールが付属していることです。このキットは、ウェスタンブロッティングや質量分析（MS）を含むいくつかの下流のアプリケーションに適応しています。

内容：
このキット一式には、Pierce RNA 3'-End Desthiobiotinylation Kit、陽性対照および陰性対照RNA、核酸互換性のあるストレプトアビジン磁気ビーズ、RBP濃縮および溶出用のバッファーが含まれています

必要なもの：
ユーザー提供のRNAと溶解物（実験試料）

アプリケーション：
• 変異解析
• 構造機能解析
• RNAの同定：タンパク質相互作用
• 未知のRNAのMS解析：タンパク質結合対または複合体

RNA 結合タンパク質を濃縮するためのベイトとして標識化 RNA を利用すると、相互作用を直接捕捉するという点で抗体による濃縮よりメリットがあります。このキットに含まれているのは、Pierce RNA 3'-End Desthiobiotinylationキットで、これは、一本鎖RNAの3'末端に単一のシチジン二リン酸ヌクレオチドを添付するためにT4 RNAリガーゼを使用します。デスチオビオチンは、検出や溶出可能なアフィニティーハンドルとして使用できます。ヌクレオチドとデスチオビオチン間のスペーサーの長さは、RNAからタンパク質へのアクセシビリティを損なうことなく、ビーズに効率的に付加するよう最適化されています。

RNA結合タンパク質の濃縮のための手順は、使いやすさのために最適化されています。標識化RNAはまずビーズに捕捉され、タンパク質を結合するためにRNAに適応させられます。RNAに結合されたビーズは、タンパク質ライセートが追加される前に、タンパク質RNA結合バッファーで平衡化されます。洗浄後、非変性ビオチン溶出バッファーまたはSDS-PAGEローディングバッファーを使用して、サンプルを溶出できます。溶出サンプルは、ウェスタンブロッティングや質量分析など、さまざまなダウンストリームアプリケーションに対応します。

プルダウンアッセイ用のコントロールシステムは、3'-非翻訳領域アンドロゲン受容体（AR）RNA、poly(A)25 RNA、および哺乳類細胞溶解物を利用します。アンドロゲン受容体RNAの近位3'-非翻訳領域（UTR）は、HuRおよびポリ（C）結合タンパク質（CP1および2）のためのUCに富んだ領域を含んでいます。これらのRNA結合タンパク質によって、mRNAの安定性（HuR）とmRNAのターンオーバーおよび翻訳が調整されます（CP1および2）。ネガティブコントロールRNAであるpoly(A)25 RNAには、HuRまたはpoly(C) BP結合部位は含まれていません。

関連製品
Pierce™ Magnetic RNA-Protein Pull-Down Kit
研究用途にのみご使用ください。診断目的には使用できません。
仕様
フォーマットKit
キット内容50 pmol of RNA per Reaction
数量1キット
対応可能対象20反応、1反応あたり50 pmolのRNA
容量（メートル法）1 mL
製品ラインPierce
タイプRNA-Protein Pull Down Kit
Unit SizeEach
組成および保存条件
対応範囲：20 RNAタンパク質複合体プルダウン反応
• Pierce核酸血症適合ストレプトアビジン磁気ビーズ、1 mL（4℃で保存）
• RNA補足バッファー（1X）、10 mL（4℃で保存）
• トリス（20 mM、pH 7.5）、5 mL（4℃で保存）
• タンパク質RNA結合バッファー（10X）、1 mL（4℃で保存）
• 洗浄バッファー（1X）、10 mL（4℃で保存）
• ビオチン溶出バッファー、1.5 mL（4℃で保存）
• HuR単クローン性抗体（マウス）、50 µL（4℃で保存）
• 陽性RNA対照（AR RNA）、250 pmol（-20℃で保存）
• 陰性RNA対照（polyA25 RNA）、250 pmol（-20℃で保存）
•Pierce RNA 3' End Desthiobiotinylationキット（製品番号20163、-20℃で保存）

よくあるご質問（FAQ）

Can I use Coomassie or silver staining to detect proteins isolated with the Pierce Magnetic RNA-Protein Pull-Down Kit (Cat. No. 20164)?

Proteins isolated with the Magnetic RNA-Protein Pull-Down Kit cannot be detected by Coomassie or silver staining. Gels can be used for detection depending on the amount of total protein used in the experiment. If the protein of interest has an antibody available, it can usually be detected via western blotting. Finally, if the protein isolated is unknown, it can be analyzed by mass spectrometry.

After using the Magnetic RNA-Protein Pull-Down Kit, I would like to analyze my elution fraction by mass spectrometry (MS). How can I do this?

The elution fraction is compatible with preparation of peptides. Samples may be processed using the Mass Spec Sample Prep Kit for Cultured Cells (Cat. No. 89840). Alternatively, the elution fraction may be separated by denaturing PAGE. Bands of interest can be excised, and digested using the In-Gel Tryptic Digestion Kit (Cat. No. 89871).

I am using the Magnetic RNA-Protein Pull-Down Kit and am getting a low signal on my western blot. What is the problem?

Here are the possible causes and solutions:

- Insufficient signal: Increase amount of secondary antibody; Use a more sensitive chemiluminescent detection (e.g., SuperSignal Dura or SuperSignal Femto Chemiluminescent Substrate).
- Poor antibody quality: Pre-screen antibody with cell lysate; Include cell lysate as a control on western blot.
- Protein was insufficient in lysate: Increase amount of sample; Identify alternate source of protein; Use a more concentrated lysate.

With the Magnetic RNA-Protein Pull-Down Kit, I am getting high non-specific binding of the RNA-binding protein. Why is this?

Here are possible causes and solutions:

- Binding reaction was not optimized: Optimize incubation time, temperature, salt and detergent for binding reactions.
- Insufficient washing stringency: Increase stringency of wash buffer; add salt and/or detergent.
- Ratio of labeled RNA to lysate was not optimized: Titrate labeled RNA with protein lysate; Reduce the concentration of lysate to ~2mg/mL.

I got no recovery of the RNA-binding protein when I used the Magnetic RNA-Protein Pull-down Kit. What should I do?

Here are possible causes and solutions:

- Insufficient amount of target protein in the sample: Increase amount of sample.
- Sample was not compatible with the binding reaction: Buffer exchange sample using Zeba Desalting Columns.
- Binding reaction was not optimized: Optimize incubation time, temperature, salt and detergent for binding reactions; Titrate amount of labeled RNA to protein lysate; Use a more concentrated lysate.
- RNA binding protein had low affinity for labeled RNA: Add crosslinking reagent (e.g., UV, etc.) after protein has bound RNA.

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引用および参考文献 (5)

引用および参考文献
Abstract
An R-loop-initiated CSB-RAD52-POLD3 pathway suppresses ROS-induced telomeric DNA breaks
Authors:
Journal:Nucleic Acids Res
PubMed ID:
Circular RNA circHECTD1 prevents Diosbulbin-B-sensitivity via miR-137/PBX3 axis in gastric cancer
Authors:
Journal:Cancer Cell Int
PubMed ID:
OIP5-AS1 contributes to the development in endometrial carcinoma cells by targeting miR-152-3p to up-regulate SLC7A5
Authors:
Journal:Cancer Cell Int
PubMed ID:
A novel IncRNA ARST represses glioma progression by inhibiting ALDOA-mediated actin cytoskeleton integrity
Authors:
Journal:
PubMed ID:
The circACTN4 interacts with FUBP1 to promote tumorigenesis and progression of breast cancer by regulating the expression of proto-oncogene MYC
Authors:
Journal:Molecular Cancer
PubMed ID: