BigDye XTerminator™ Purification Kit
BigDye XTerminator™ Purification Kit
Applied Biosystems™

BigDye XTerminator™ Purification Kit

The BigDye XTerminator™ Purification Kit は、DNA シーケンシング反応のための迅速かつシンプルな精製法で、取り込まれなかった BigDye™詳細を見る
製品番号(カタログ番号)数量
43764871000プレップ
4376486100プレップ
43764842500プレップ
43764852 ボトル
製品番号(カタログ番号) 4376487
価格(JPY)
319,900
Each
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数量:
1000プレップ
The BigDye XTerminator™ Purification Kit は、DNA シーケンシング反応のための迅速かつシンプルな精製法で、取り込まれなかった BigDye™ ターミネーターと塩を除去します。 未反応の色素が残ることはありません。クリーンナップは 40 分以内に完了し、必要な作業時間は10分未満です。

• 単一のプレートを使用するため – サンプルの移しかえが不要
• 未反応の色素を完全に除去
• 解析前にサンプルを安定化
• シーケンシングワークフローを向上
• 手動または自動プロトコルを実施
• 短時間で信頼性と再現性の高い結果

シンプルな精製プロセス
エタノール沈殿法などの従来の精製法では、デカントや遠心分離のステップに加え複数の試薬が必要でした。BigDye XTerminator™ Purification Kit は、たった二つの試薬しか必要なく、これらの試薬を順次または予め添加することが可能です:

• XTerminator™ Solution – シーケンシング反応後に取り込まれなかったダイターミネーターと塩を除去します。
• SAM™ Solution – XTerminator™ Solution の性能を向上させ、精製後の反応物を安定化します。

プロトコルは非常にシンプルです(図 1 参照):
1. BigDye™ ターミネーターでサイクルシーケンシングを行います。
2. サイクルシーケンシングの後、反応プレートを短時間遠心分離してから、適切な量の SAM™ Solution を各プレートウェルに分注します。
3.次の手順に従って、適切な量の XTerminator™ Solution を各ウェルに分注します。
4. XTerminator™ Solution のバルクコンテナを短時間ボルテックスにかけます。
5.広口径のピペットチップ(推奨されている広口径チップ)を使用して、適切な量の溶液を各プレートウェルに分注します。
6. ヒートシールまたは Clear Adhesive Film(P⁄N 4306311)を使用してプレートを密閉します。30 分間ボルテックスにかけてから (推奨されている 96 ウェルまたは 384 ウェルマイクロプレートボルテックスミキサーを使用)、反応プレートを短時間遠心分離します。
7.反応プレートを Applied Biosystems DNA アナライザにセットします。ランモジュールを選択してプレートを分析します。

優れた長いフラグメントの回収
BigDye XTerminator™ Purification Kit を使用すると、配列長を犠牲にしません。図 2 に、NRC-PBI(カナダのサスカトゥーンにある植物バイオテクノロジー研究所)の DNA テクノロジー部門から提供されたデータを示します。Q20 ベースリード = 1044 bp。

短いフラグメントの回収の向上
BigDye XTerminator™ Purification Kit を使用すると、より高品質のデータが得られます。図 3 に、NRC-PBI(カナダのサスカトゥーンにある植物バイオテクノロジー研究所)の DNA テクノロジー部門で実施された BigDye XTerminator™ Purification Kit とエタノール沈殿精製法との結果の比較を示します。BigDye XTerminator™ Purification Kit は、短いフラグメントの回収に優れていることがわかります。エタノール精製によるシーケンスデータは、未反応の色素により一部損なわれています。

安定性の向上
密封された反応プレートは室温で48時間、または 4 ℃ で 10 日間安定します。停電、コンピュータの故障などの場合、実験を繰り返すことなく、同じサンプルを再実行できます。これにより、反応プレートを CE 装置にセットするときの柔軟性が向上します。

利用可能なランモジュール
Applied Biosystems は、各 Data Collection ソフトウェアのバージョンに対応する BigDye XTerminator™ Purification Kit 用に最適化されたダウンロード可能なランモジュールを提供しています。これらのモジュールは、3100, 3100–Avant(Data Collection v2.0 以上を搭載)、3130⁄3130xl、および 3730⁄3730xl アナライザ用にデザインされています。BigDye XTerminator™ Purification Kit ト用のランモジュールソフトウェアはいずれも Windows™ 2000 および Windows™ XP オペレーティングシステムと互換性があります。下記のソフトウェアダウンロードページから入手できます:

遺伝子解析のためのアプライドバイオシステムズ統合システム ›

研究目的でのみ使用してください。診断手順では使用しません。
研究用途にのみご使用ください。診断目的には使用できません。
仕様
最終産物タイプDNA
使用対象(アプリケーション)配列
内容2 Bottles
製品ラインBigDye XTerminator、 BigDye
数量1000プレップ
サンプルタイプシーケンシング反応
出荷条件湿氷
出発物質量10 μL
ターゲットシーケンシング反応
検査時間40 分
フォーマットキット
Unit SizeEach
組成および保存条件
20 mL XTerminator™ Solution(4 °Cで保存, )90 mL SAM™ Solution(室温または 4 °Cで保存)

よくあるご質問(FAQ)

Can I store samples in BigDye Xterminator solution? If so, what is the optimal temperature, and for how long can I store it?

Yes, after cleaning the sequencing product using the BigDye XTerminator Purification Kit, the end product can be stored up to 10 days at either 4°C or –20°C.

Find additional tips, troubleshooting help, and resources within our Capillary Electrophoresis Applications Support Center.

What is a dye blob?

After the cycle sequencing reaction is complete, unincorporated ddNTPs can form complexes that migrate more slowly than individual ddNTPs would. These complexes can interfere with electrokinetic injection, electrophoretic separation, and data analysis. In the electropherogram these can be observed as a region containing multicolored peaks of varying sizes or blobs, depending on the efficiency of the cleanup. In BigDyeTerminator v3.1 reactions, these blobs may appear around 70–80 bp and, in severe cases, 110–120 bp. For BigDye Terminator v1.1, the blobs will either migrate ahead of the data collection time (so they will not be visible) or they may be visible at the very beginning of the run.

Find additional tips, troubleshooting help, and resources within our Capillary Electrophoresis Applications Support Center.

What are the different ways to clean up my sequencing reactions?

While there are many kits and methods available to clean up the extension products from a sequencing reaction, the ones that Thermo Fisher Scientific has formally tested and recommends are:

•BigDye XTerminator Purification Kit
•Ethanol precipitation
•Spin column/plate purification (e.g. Centri-Sep columns, DTR Kits from Edge Biosystems)

A list of alternative methods for purification is available in the DNA Sequencing by Capillary Electrophoresis: Applied Biosystems Chemistry Guide: Second Edition (Cat. No. 4305080, Rev. C, page 119). The guide can be found by searching the Thermo Fisher Scientific website with the Cat. No. 4305080.

Find additional tips, troubleshooting help, and resources within our Capillary Electrophoresis Applications Support Center.

Does the BigDye XTerminator (including SAM Solution) contain any aerosols?

The BigDye Xterminator Solution and SAM Solution do not contain aerosols.

Find additional tips, troubleshooting help, and resources within our Nucleic Acid Purification and Analysis Support Center.

What kit do you recommend for cleanup of the cycle sequencing reaction?

For the purification of the sequencing reaction, we recommend the BigDye Xterminator Purification Kit. For reference, the following is the link to the BigDye Xterminator Purification Kit User Guide.

Additionally, our Sanger Sequencing Guide has additional recommendations starting on page 68 for purifying the sequencing reaction.