MAGnify™ Chromatin Immunoprecipitation System
MAGnify™ Chromatin Immunoprecipitation System
Applied Biosystems™

MAGnify™ Chromatin Immunoprecipitation System

MAGnify™クロマチン免疫沈降システムは、磁気ビーズキャプチャ技術を使用したクロマチン/タンパク質複合体の濃縮およびDNA回収のための合理化され最適化されたアッセイを提供します。分離されたDNAは、PCRまたはqPCRベースのアッセイ、あるいは大規模な並列DNAシーケンシングなどの方法でダウンストリーム分析に使用できます。ChIPクロマチン免疫沈降(ChIP)は、特定のタンパク質とゲノムの特定領域との関連性を研究するための強力な技術です。これらの配列特異的DNA結合タンパク質は詳細を見る
製品番号(カタログ番号)数量
4920241キット
製品番号(カタログ番号) 492024
価格(JPY)
126,000
Each
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数量:
1キット
MAGnify™クロマチン免疫沈降システムは、磁気ビーズキャプチャ技術を使用したクロマチン/タンパク質複合体の濃縮およびDNA回収のための合理化され最適化されたアッセイを提供します。分離されたDNAは、PCRまたはqPCRベースのアッセイ、あるいは大規模な並列DNAシーケンシングなどの方法でダウンストリーム分析に使用できます。

ChIP
クロマチン免疫沈降(ChIP)は、特定のタンパク質とゲノムの特定領域との関連性を研究するための強力な技術です。これらの配列特異的DNA結合タンパク質は、DNA複製、組換え、修復、分離、染色体安定性、細胞周期の進行、エピジェネティックサイレンシングなどの細胞プロセスにおいて役割を果たしていると考えられています。標準的なChIPアッセイでは、細胞はホルムアルデヒド処理によって固定され、クロマチンは高特異的な抗体を介してせん断および免疫沈降されます。次に、研究者はDNAを分析して、クロマチン関連タンパク質が in vivoでクロマチンに結合するゲノム領域を特定します。このキットにより、研究者は従来のChIPワークフローよりも少量のサンプルから始めることができ、貴重なサンプルを保存できるため、従来のChIPアッセイでは2–3日かかっていたのに対し、このプロトコルでは1日で完了することができます。このキットは、当社のChIP検証済み抗体一式とともに使用でき、下流エピジェネティクス研究用のMethylCode™およびNCode™製品を補完します。

MAGnify™システムの使用
MAGnify™システムを使用すると、細胞または組織をホルムアルデヒドで処理し、クロマチン複合体内の分子間にタンパク質-タンパク質、およびタンパク質-DNAの架橋を生成できます。次に細胞を溶解し、クロマチンを核から放出して超音波処理によりせん断し、定量リアルタイムPCR(qPCR)による分析では平均DNA断片サイズを200–500 bp に、大規模な並列DNAシーケンシングによる分析では100–300 bpに抑えます。次に、Dynabeads™ タンパク質A/Gに結合した特異的なチップ修飾抗体を使用して、目的の架橋タンパク質を免疫沈降および分離します。ホルムアルデヒドの架橋は熱処理によって逆になり、そのタンパク質に関連するDNAが精製されます。DNAは、エンドポイントPCRや定量PCR(qPCR)、プロモータータイリングアレイを用いたゲノムワイド解析、次世代シーケンシングなどのダウンストリーム解析に使用できるようになりました。PCR/qPCR解析では、プライマーは目的のDNA配列をカバーするように設計されており、データは目的の特定のタンパク質がin vivoでそのDNA領域に関連しているかどうかを示します。
研究用途にのみご使用ください。診断目的には使用できません。
仕様
使用対象(アプリケーション)クロマチン免疫沈降
高スループット適合性ハイスループットに対応
数量1キット
サンプルタイプ細胞培養、DNA(ゲノム)、生細胞
対応可能対象24反応
製品ラインMAGnify
タイプ免疫沈降システム
Unit SizeEach
組成および保存条件
モジュール1(氷詰めで発送、4℃で保管):
• 2 × 1 mlグリシン(1.25 M)
• 250 µl Dynabeads™ タンパク質A/G(非凍結)
• 1.4 ml逆架橋バッファー
• 500 µl DNA精製用磁気ビーズ(非凍結)
• 1.4 ml DNA精製用磁気バッファー
• 200 µl プロテイナーゼK(20 mg/ml)

モジュール2(氷詰めで発送、4℃で保存):
• 10 ml IPバッファー 1
• 7.5 ml IPバッファー2
• 8 ml DNA洗浄バッファー
• 7.2 ml DNA溶出バッファー

モジュール3(ドライアイスで出荷、-20℃で保存):
• 100 µlプロテアーゼ阻害剤(200X)
• 15 µlマウス IgG(1 µg/lµ)
• 15 µlウサギ IgG(1 µg/lµ)

モジュール(ドライアイスで出荷、-20℃で保存):
• 8 ml希釈バッファー
• 3.6 ml溶解バッファー

よくあるご質問(FAQ)

What is the recommended amount of starting material when working with the MAGnify Chromatin Immunoprecipitation System kit?

For each ChIP reaction, we recommend using 10,000-300,000 cells or 0.167-5 mg of tissue. To ensure consistency and decrease experimental variability, we recommend preparing a common chromatin batch suitable for multiple ChIP experiments. Note that following lysis, samples are at a concentration of 1 million cells/50 µL.

I am getting equivalent PCR signal from positive and negative control IP samples. Why is this?

There might be excess chromatin or antibody added to the IP, or insufficient amount of DNA template added into the PCR reaction. Also your PCR conditions might need optimizing. Try decreasing the number of amplification cycles in PCR. Finally, it is ideal to have duplicate or triplicate runs for each IP to identify any issues, like human or product errors.

I am not getting PCR signal in the experimental IP samples, while the results from positive and negative control IPs are as expected. What happened?

The most possible cause is the antibody does not function in IP. Not all antibodies used for western blotting will work well in ChIP. You need to verify the antibody is qualified for ChIP or IP applications. And try adding more antibody to the IP reaction and more DNA template to the PCR.

I am not getting any PCR signal with the positive control IP samples. Do you have some tips?

This is likely to be caused by insufficient chromatin amount in the IP reaction or insufficient antibody incubation time. We also recommend optimizing the crosslinking condition, and monitoring sonication of nuclei by microscope to ensure complete lysis.

I am doing chromatin analysis and am not getting PCR signal in the total input control samples. What should I do?

First make sure that the PCR condition is fully optimized and check the primer design. Then try increasing the amount of template DNA added to the PCR reaction. Finally, evaluate sonication of nuclei by microscope to ensure complete lysis.