GeneChip™ Human Transcriptome Array 2.0
GeneChip™ Human Transcriptome Array 2.0
Applied Biosystems™

GeneChip™ Human Transcriptome Array 2.0

GeneChip™ Human Transcriptome Array 2.0 は次世代の発現プロファイリング研究を志向してデザインされており、遺伝子により産生される全ての既知の転写アイソフォームを正確に検出するのに必要な汎用性と正確性を擁し、遺伝子レベルの発現プロファイリングを超える能力を発揮します。HTA 2.0詳細を見る
製品番号(カタログ番号)アレイの数
9022332 arrays
90216210 arrays
製品番号(カタログ番号) 902233
価格(JPY)
101,000
Each
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アレイの数:
2 arrays
GeneChip™ Human Transcriptome Array 2.0 は次世代の発現プロファイリング研究を志向してデザインされており、遺伝子により産生される全ての既知の転写アイソフォームを正確に検出するのに必要な汎用性と正確性を擁し、遺伝子レベルの発現プロファイリングを超える能力を発揮します。

HTA 2.0 コンテントと網羅範囲の詳細を示すデータシートを見る。

トランスクリプトームの包括的研究
研究により何万ものヒトゲノムが何十万ものエクソンを含有しており、それにより何十万もの転写アイソフォームに繋がっていることが示されています。これらの転写アイソフォームは、遺伝子から転写され最終的なプロセシングを受けたメッセンジャー RNA 中に、エクソンが含まれるか、あるいは排除されることで生じます。これまで、これらの転写アイソフォームの測定や解析は技術的限界、必要なサンプル量の問題、また解析法・解析ツールがないためほぼ不可能でした。

包括的なトランスクリプトーム解析を行うには多数のデータソースから多様な転写体を統合する必要があります
ほとんどの遺伝子は多数の転写アイソフォームを生成し、それぞれのアイソフォームの相対量の変化を測定することで、疾患や生命プロセスに関する新しい洞察を得ることができます。HTA 2.0 は多くのデータソースを統合し、可能な限り多くの転写アイソフォームを独立して解析することができます。

アッセイの設計と注釈に使うデータソース
RefSeq                                    Vertebrate Genome Annotation (Vega) database
Ensembl                                   MGC Mammalian Gene Collection (v10)
UCSC Known Genes               www.noncode.org
UCSC lincRNA transcripts        lncRNA db
Broad Institute, Human Body Map lincRNAs, and TUCP (transcripts of uncertain coding potential) catalog

2 レーン全体を使用したシーケンシングで得られるデータよりも良質なデータ
追加情報については、以下のドキュメントセクションにある HTA 2.0 フライヤーをご覧ください。HTA 2.0 により非常に正確かつ精密にトランスクリプトームを包括的に俯瞰することができます。

バイオインフォマティクスを駆使してアレイがデザインされており、組み立てる必要がありません
HTA 2.0 は保存配列がアレイに合成されるのを最小化して、固有の価値ある情報を可能な限り最大化します。 この高解像度のアレイデザインはコーディング転写物とノンコーディング転写物を含む、今までにない >600 万ものプローブを含有しています。このアレイの 70% のプローブはコーディング転写物のエクソンを含んでおり、アレイの残りの 30% のプローブはエクソン-エクソン間のスプライシングジャンクションとノンコーディング転写物を含んでいます。このこれまでになく幅広いアレイによりすべてのコーディング転写物とノンコーディング転写物に関する知見を得ることができます。

簡単迅速な無料の分析ソリューション
HTA 2.0 は Expression Console™ Software および TAC Software と初めて統合され、データから次の指針を数分で得ることができる完璧なソリューションを提供します。当社の発現アレイを使っている研究者はこの完全な分析ソリューションを無償で使用できます。さらに、HTA 2.0 データ分析は同様の分析ソリューションと他の発現アレイデータに使われているサービスプロバイダーによりサポートされています。

関連リンク
GeneChip™ Hybridization, Wash, and Stain Kit
For Research Use Only. Not for use in diagnostic procedures.
仕様
製品ラインGeneChip
数量2 arrays
アレイTranscriptome Profiling
フォーマットArray Cartridge
アレイの数2 arrays
Human
Unit SizeEach

よくあるご質問(FAQ)

What reagent kit should I use with my array?

Please refer to the Microarray Reagent Guide for Arrays and Expression Kits to match the correct reagents your array.

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Does the GeneChip Human Transcriptome Array 2.0 (Cat. No. 902233, 902162) detect gene fusion?

The GeneChip Human Transcriptome Array 2.0 does not detect gene fusion.

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How long does it take for the GeneChip Human Transcriptome Array 2.0 (Cat. No. 902162) to scan?

The GeneChip Human Transcriptome Assay 2.0 takes approximately 35 min to scan.

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Why are multiple gene symbols associated with the same Transcript Cluster IDs in GeneChip Human Transcriptome Array 2.0?

Sometimes, there are transcript clusters in the GeneChip Human Transcriptome Array (HTA) 2.0 with multiple associated gene symbols, and it appears that the probes in the cluster span multiple adjacent/overlapping genes.

For example: The transcript TC04000948.hg.1 is associated with the gene symbols ABCA11P//ZNF721 in the GeneChip HTA 2.0 annotation file. This is one of those infrequent cases where multiple genes will co-exist in the same location. In this particular case, one of them is a zinc-finger protein, and the other one is a pseudogene. Pseudogenes are often defined as "not having any known function" or "not expressed". However, as the knowledge of biology progresses, the definition of "function" changes and it may be found that these do have function, just that it is not known. Pseudogenes occasionally are transcribed, and sometimes, they are just artifacts of ancient or recent duplication events.

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What is the difference between GeneChip Human Transcriptome Array v1(HTAv1) and GeneChip Human Transcriptome Array 2.0 (HTA 2.0)?

HTAv1, also known as Glue Grant Human Transcriptome Array (GG-H), is a custom array made in collaboration with Stanford Genome Technology, Wing Wong's lab at Stanford, and the Inflammation and Host Response to Injury program (“Glue Grant”). The array was designed to interrogate gene expression, alternative splicing, detection of coding SNPs and non-coding transcription. Permissions from the group are required to use this array. HTA 2.0 is one of our catalog arrays. This array follows a similar design as the HTAv1 but focus on the whole transcript gene expression and alternative splicing of coding and non-coding transcripts. We provide assay and software for the processing and analysis of this array.

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