Clariom™ D Assay, rat
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Applied Biosystems™

Clariom™ D Assay, rat

ラットの Clariom™ D アッセイは以前は GeneChip™ Rat Transcriptome Array 1.0 (RTA詳細を見る
製品番号(カタログ番号)アレイの数
90263310 arrays
90263430 arrays
製品番号(カタログ番号) 902633
価格(JPY)
580,200
Each
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アレイの数:
10 arrays
ラットの Clariom™ D アッセイは以前は GeneChip™ Rat Transcriptome Array 1.0 (RTA 1.0) として知られています。
次世代のトランスクリプトームレベルの発現プロファイリングツールである Clariom D Assays を用いて、トランスクリプトーム奥深くにあるバイオマーカーの発見を加速しましょう。Clariom D assay は、トランスクリプトームを非常に詳細に表示することが可能で、最小限の時間で有用な結果を取得できます。ヒト、マウス、ラットの解析が可能な Clariom D アッセイを使うと、トランスレーショナル領域の科学者は高忠実度のバイオマーカーシグネチャを迅速かつ容易に生成できます。新規の Clariom D アッセイデザインは、最も複雑なトランスクリプトーム全体の遺伝子およびエクソンレベルの発現プロファイルを提供できるよう設計されています。これには、3 日間にわたる1度の実験で、コーディングおよび長鎖ノンコーディング (lnc) RNA の選択的スプライシングイベントを検出する機能も含まれています。

新しい有益なバイオマーカーを発見する一助となります。
ここ数年で既知の転写遺伝子の数は大きく伸びており、転写変異体や lncRNA のような用途の広いバイオマーカーが増え、臨床現場での応用や疾患メカニズムの理解に使用されています。このようなバイオマーカーは複雑で時間もコストもかかる配列決定法やターゲットを絞った発現によるアプローチでは見逃されることもあり、再現不可能なシグネチャの生成や時間とコストの浪費につながります。

全てのコーディングおよびノンコーディングスプライシングバリアントを含む転写ゲノムがすべてカバーされているだけでなく、臨床サンプルにも対応し、使いやすいデータ解析ソフトウェアも擁する Clariom D アッセイは、複雑な発現バイオマーカーの開発、堅牢で臨床応用可能な即用性のある結果を迅速に得る必要のある転写系の研究者の最高のツールです。

必要なすべてのデータが得られます。
•ラットのトランスクリプトームで最も広範にカバーしている、最大の共用データベース由来の 214,000 を超える転写物を利用して複雑な病因のシグネチャを迅速に同定します。
•コーディング RNA や IncRNA のアイソフォームを増やす原因となる遺伝子、エクソン、選択的スプライシングイベントを確実に検出します。
•標準的なシーケンシング法では検出不可能な稀な低発現転写物を検出します。
•直観的かつ視覚的な無償のソフトウェアでデータをすぐに解釈できます。

貴重なサンプルに対して、初めてでも適切に処理できます。
•全 RNA 量わずか 100 pg – わずか 10 細胞からでも信頼性のある発現プロファイルが得られます。
•血液、細胞、新鮮 / 新鮮凍結サンプルあるいは FFPE 組織を含むさまざまなサンプルタイプ由来の RNA を使用できます。
•グロブリンや rRNA の除去を必要としないアッセイにおいてサンプル鮮度を保ち、データのばらつきを抑えることができます。

Clariom D ソリューションは GeneChip 3000 システム使用時における単一サンプルフォーマット (カートリッジアレイ) で使用可能で、試薬類のほか、遺伝子、エクソン、パスウェイ、選択的スプライシングイベントなどを解析および可視化できる迅速かつ簡便なトランスクリプトーム解析コンソール (TAC) ソフトウェアも付属しています。
For Research Use Only. Not for use in diagnostic procedures.
仕様
製品ラインApplied Biosystems
数量10 reactions
出荷条件Approved for shipment at Room Temperature or on Wet or Dry Ice
タイプD Assay
アレイTranscriptome Profiling
フォーマットArray Cartridge
アレイの数10 arrays
Rat
Unit SizeEach
組成および保存条件
• Poly-A RNA Control, store at -20°C
• Hybridization Control Kit, store at -20°C
• WT Terminal Labeling Kit, store at -20°C
• WT Amplification Kit, Module 1, store at -20°C
• WT Amplification Kit, Module 2, store at 4°C
• Clariom D 10 Arrays, rat, store at 4°C

よくあるご質問(FAQ)

What reagent kit should I use with my array?

Please refer to the Microarray Reagent Guide for Arrays and Expression Kits to match the correct reagents your array.

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Why is it important to use Tough-Spots® labels when using GeneChip cartridge arrays?

Tough-Spots® labels are small adhesive stickers used to temporarily seal the backs of cartridge arrays during the overnight hybridization step. They are required to prevent loss of volume due to evaporation through the septa. We recommend using Tough-Spots® labels on Rolls from USA Scientific (Item No. 9185-0000)

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What are the respective hybridization volumes based on array format for Affymetrix gene expression arrays?

Proper hybridization volume is critical to obtaining an even signal across a given array. Too little volume can lead to black circles in the middle of the array. Too much volume can leak out of the back of the array. The correct hybridization volume leaves enough room for a small air bubble to circulate around the array surface during the overnight hybridization. Here are the recommended hybridization and fill volumes based on the array format:
Array Format; Hybridization Volume; Fill Volume
- 49 Format (Standard); 200 µL; 250 µL
- 64 Format; 200 µL; 250 µL
- 100 Format (Midi); 130 µL; 160 µL
- 169 Format (Mini); 80 µL; 100 µL
- 400 Format (Micro); 80 µL; 100µL

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Why is strand-specificity important when performing Clariom D and Clariom S assays?

Clariom D arrays have probes that cover all known regions of transcription including probes in overlapping regions from both strands. To obtain strand-specific information from the Clariom D arrays, the WT Pico and WT Plus reagents (which are strand-specific) must be used. This is important because without strand-specific reagent, it would not be possible to decipher the source strand of DNA, which makes it challenging to untangle true gene- and exon- level expression and alternative splicing events.

Strand-specificity is significantly less important for customers interested in gene-level only information (i.e., those using Clariom S) as compared to customers who want to understand the complexities of the whole transcriptome including identifying antisense transcripts and ncRNA (i.e., those using Clariom D). While strand-specificity is less important for gene-level expression only, probes within regions of overlapping transcription from both strands are avoided in the Clariom S array design (unlike Clariom D). This is important because if Clariom S did not preserve strand-specificity, there could be an overestimation of gene-level expression causing false positive or negative results. With Clariom S having a "stranded" design, it does not necessarily need a strand-specific reagent kit.

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What is an Event Score in TAC 4.0 Software?

TAC 4.0 includes two algorithms for identifying alternative splicing events: the TAC 2.0 algorithm and the new EventPointer. Algorithmic determination of alternate splicing remains a challenging problem. TAC 4.0 supports two different approaches that have different sets of strengths and weaknesses. After considerable testing, the new TAC 4.0 “'Event Score” leverages both previous TAC 2.0 event estimation score and Event Pointer p-value and sorts the most likely alternative splicing events to the top. Of course, the TAC 2.0 event score and EventPointer p-values remain individually available.

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