ノニルアクリジンオレンジはミトコンドリアによく保持されているため、単離中および細胞融合後にミトコンドリアをフォローするのに有用なプローブです。ミトコンドリアの取り込みは、他の多くのミトコンドリアプローブとは異なり、膜電位に依存しないと報告されています。高濃度では毒性があり、そのエネルギー状態にかかわらず、すべてのミトコンドリアでカルジオリピンに見かけ上結合します。この誘導体は、フローサイトメトリーによるミトコンドリアの分析、多剤耐性の特性評価、アポトーシス中のミトコンドリア質量の変化の測定に使用されています。