Oncomine™ Childhood Cancer Research Assay, Chef-Ready
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Ion Torrent™

Oncomine™ Childhood Cancer Research Assay, Chef-Ready

Ion Torrent Oncomine Childhood Cancer Research Assay は、Ion AmpliSeq詳細を見る
製品番号(カタログ番号)数量
A3648632 Reactions
製品番号(カタログ番号) A36486
価格(JPY)
3,008,000
Each
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数量:
32 Reactions
Ion Torrent Oncomine Childhood Cancer Research Assay は、Ion AmpliSeq 用のオリゴヌクレオチドプライマー(4 プール)と関連試薬を含み、Ion GeneStudio S5による次世代シーケンス(NGS)用のライブラリ調製が行えます。このアッセイは、一回の NGS 解析で、小児および青年期のがんに関わる DNA 変異や融合転写産物を感度よく、しかも網羅的に増幅できるようにデザインされています。アッセイパネルは、203 種類の異なる遺伝子をターゲットに構成されています: 130 種類の鍵となる DNA 遺伝子 28 種類のコピーナンバー変異、複数のパートナーに対する 90 種類のドライバー遺伝子を含む包括的な融合遺伝子パネル、9 種類の発現遺伝子とコントロール これらは大多数の小児、青年期のがん研究サンプル中で見られる、最も関連が深いターゲットを含んでいます。

この製品は、Ion Chef System による自動ライブラリ調製用です。マニュアルでのライブラリ調製用製品はこちらをご覧ください。Cat.No. A36485

主な特長は次のとおりです。
•1 回の NGS 解析で、2 プールの DNA と 2 プールの RNA により、変異と融合遺伝子の両方を解析するシンプルで優れたワークフロー
•ターゲット遺伝子に対する卓越したカバレッジ
•1 枚の Ion 540 Chip で 8 サンプルまでの複数解析が可能
•プールあたり、血液、骨髄、FFPE 由来のわずか 10 ng の DNA、もしくは RNA で解析可能
•アレル頻度 5%以上の体細胞変異を検出可能
•シンプルで迅速なワークフローにより、多くの場合約3.5 時間でライブラリを調製
•マニュアルによるライブラリ調製にも、自動化のライブラリ調製にも対応

Oncomine Childhood Cancer Research Assay は、小児および青年期のがんの理解をアシストするためにデザインされた網羅的なターゲット NGS アッセイです。このアッセイはプールあたり、血液、骨髄、FFPE 由来のわずか 10 ng の DNA、もしくは RNA を用いて複数のターゲット遺伝子の増幅を滞りなく行なうための完璧な製品です。

Ion AmpliSeq テクノロジーを利用することにより、この高度なマルチプレックス NGS アッセイは 1 回のランで複数サンプルの解析を可能にします。Ion GeneStudio S5シリーズを使えば、週単位でなく数日のうちに結果が得られます。このアッセイは、Torrent Suite と Ion Reporter 解析ソフトウェアによるバイオインフォマティクスワークフローで解析できます。Ion Reporter は、SNV、InDel、コピーナンバー変異、融合転写産物のために最適化されたバリンアトコールパラメータを利用します。サンプルは迅速簡便に処理でき、変異は高い信頼性で検出、同定されます。

研究用途にのみご使用ください。診断目的には使用できません。
仕様
使用対象(アプリケーション)配列
ライブラリTargeted Sequencing Library
反応数32
製品ラインOncomine
製品タイプChildhood Cancer Research Assay
数量32 Reactions
サンプルタイプDNA
出荷条件Dry Ice
ワークフローステップDNA Extraction
Sequencing TypeゲノムおよびDNAシーケンシング
Unit SizeEach
組成および保存条件
Store in freezer (-5 to -30°C).

よくあるご質問(FAQ)

What is the starting material for the Oncomine Childhood Cancer Research Assay, Chef-Ready panel (Cat. No. A36486)?

This panel is compatible with as little as 10 ng per pool input DNA or RNA, per library, from blood, bone marrow, fresh/frozen tissue or FFPE samples. Chef-ready RNA library preparation requires 10 ng of DNase-treated total RNA (≥0.8 ng/µL) for each sample. Chef-ready DNA library preparation requires 10 ng (≥0.67 ng/µL) of gDNA in total.

How many primer pools are in the Oncomine Childhood Cancer Research Assay panel?

There are 4 primer pools in total, two DNA and two RNA pools across 202 genes. This assay allows concurrent analysis of DNA and RNA to simultaneously detect multiple types of variants, including hotspots, single nucleotide variants (SNVs), indels, copy number variants (CNVs), and gene fusions, in a single workflow.

What is included in the Oncomine Childhood Cancer Research Assay panel?

The panel comprises 203 unique genes: 130 key DNA genes, 28 copy number variant targets, an expansive fusion panel of 90 driver genes with multiple partners, and 9 expression genes and controls. The panel also includes the Ion AmpliSeq Sample ID Panel primers to prevent research sample misidentification and provide gender assignment of the research sample. Please see this flyer: https://assets.thermofisher.com/TFS-Assets/CSD/Flyers/oncomine-childhood-cancer-assay-flyer.pdf

What controls can I run with the Oncomine Childhood Cancer Research Assay (Cat. Nos. A36485, A36486)?

The recommended controls are:
-Acrometrix Oncology Hotspot Control, Cat. No. 969056 (https://www.thermofisher.com/order/catalog/product/969056)
-Seraseq FFPE Tumor Fusion RNA Reference Material v2, Cat. No. 0710-0129 (https://www.seracare.com/Seraseq-FFPE-Tumor-Fusion-RNA-Reference-Material-v2-0710-0129/)

With the Oncomine Childhood Cancer Research Assay, how many samples can be multiplexed on an Ion 540 chip?

We have validated 8 samples on an Ion 540 chip: 7 DNA samples plus one negative control PLUS 7 RNA samples plus one negative control per chip; RNA and DNA from the same sample; 16 barcodes on each chip (8 barcodes for DNA and 8 barcodes for RNA).