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分子生物学試薬およびキット
核酸標識および検出
Oncomine™ Pan-Cancer Cell-Free Assay
Ion Torrent™
Oncomine™ Pan-Cancer Cell-Free Assay
製品番号(カタログ番号):
A37664
関連アプリケーション:
Ion Torrent™ Next-Generation Sequencing
テクニカルサポート
オーダーサポート
Ion Torrent™
Oncomine™ Pan-Cancer Cell-Free Assay
製品番号(カタログ番号):
A37664
関連アプリケーション:
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製品番号(カタログ番号)
A37664
ユニットサイズ
8 reactions
価格(JPY)
価格
463,700
お問い合わせください ›
リストに保存
製品番号(カタログ番号)
ユニットサイズ
価格(JPY)
A37664
8 reactions
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Oncomine Pan-Cancer Cell-Free Assay は、全血から得られる血漿中のがん由来 DNA や RNA に含まれる多数のターゲットを検出するためのトータルソリューションの一部です。このアッセイキットには、試薬と 1 プールのマルチプレックス PCR 用のプライマーセットが含まれており、10-mL チューブ 1 本の全血から得られる血漿成分中のセルフリー核酸(cfTNA)からアンプリコンライブラリを調製できます。調製後のライブラリは、高度なマルチプレックスターゲット次世代シーケンシング(NGS)で解析します。
Oncomine Cell-Free Assay の利点
• 1 本のチューブの血液から、DNA と RNA 両方のアンプリコンライブラリを作製でき、SNV の検出限界はわずか0.1%
• 回収率を高めるため、アンプリコンサイズは短いセルフリー DNA に最適化
• タグシーケンス技術で、ランダムエラーの取り込みを抑え、偽陽性率を最小化
• 高度なマルチプレックス NGS 用にアッセイデザインを最適化し、サンプル当たりのシーケンス費用を低減
• 10-mL チューブの血液サンプルから結果報告まで、わずか 2 日のワークフロー;目的のライブラリ調製にかかる総時間は 4 時間のみ
•わずか5 ng からのセルフリー核酸からがんの遺伝子解析が可能
• FFPE サンプルにも対応し、コンコーダンステストも可能
• 遺伝子パネルの内容
• ホットスポット(SNVs)と短い indel:AKT1、ALK、AR、ARAF、BRAF、CHEK2、CTNNB1、DDR2、EGFR、ERBB2、ERBB3、ESR1、FGFR1、FGFR2、FGFR3、FGFR4、FLT3、GNA11、GNAQ、GNAS、HRAS、IDH1、IDH2、KIT、KRAS、MAP2K1、MAP2K2、MET、MTOR、NRAS、NTRK1、NTRK3、PDGFRA、PIK3CA、RAF1、RET, ROS1、SF3B1、SMAD4、SMO
• 融合遺伝子:ALK、BRAF, ERG、ETV1、FGFR1、FGFR2、FGFR3、MET, NTRK1、NTRK3, RET、ROS1
• MET エキソン14 スキッピング
• コピーナンバー変異(CNV)遺伝子:CCND1、CCND2、CCND3、CDK4、CDK6、EGFR, ERBB2、FGFR1、FGFR2、FGFR3、MET、MYC
• がん抑制遺伝子:APC、FBXW7、PTEN、TP53
検出限界:
• SNV および短い indel:アレル頻度(AF)最少 0.1%の検出限界(LOD)を、感度 >80%、特異性 >98%で達成*
• TP53 の全ターゲット SNV および indel:0.5%AF(アンプリコン中の全塩基に対して)
• 融合遺伝子と MET エキソンスキッピング最少 1%の LOD を達成
• CNV ターゲット:長さ 1.4 倍の変化を検出
全血から得た血漿成分中の DNA や RNA の単離には、MagMAX Cell-Free Total Nucleic Acid Isolation Kit(A36716)の使用を推奨します。
低頻度の変異検出には、Tag Sequencing Barcode Set 1-24 もしくは 25-48(Cat.Nos. A31830もしくは A31847 ) を使って、Ion S5 chip 上でシーケンスが可能。
SNV と短い indel の解析は、Torrent Suite Software 5.2 以降のバージョンをお使いください。SNV、短い indel、融合遺伝子、および CNV の解析には、Ion Reporter Software5.6(クラウドもしくはサーバーベース)が必要です。
テクノロジー
全血から得られる血漿成分中の cfDNA や cfRNA は、とても微量です。限られた量しか得られないサンプルに対して、タグシーケンシングテクノロジーは有効です。この技術は、遺伝子特有のプライマーに異なる分子タグを付加する技術です。増幅後、タグ分子はタグごとにグループ分けします。80%以上が同じ変異を持つグループを陽性と判定します。このタグテクノロジーを使うことで、ライブラリやシーケンシングプロセスでランダムエラーを起こしたグループを排除できます。
LOD が 1-5%程度の他の技術とは異なり、Oncomine Pan-Cancer Cell-Free Assay は最少 0.1%の SNV、つまりバックグラウンドの野生型 1,000 コピーから1 コピーの変異型を検出します。0.1% LOD 達成には、20 ng の cfTNA のインプットが必要です。より少ない量でも解析可能ですが、LOD 値(%)はインプット量に依存して高くなります。
リキッドバイプシーは、従来の固形腫瘍生検を超えるメリットを有しています:
• リキッドバイオプシーは非侵襲的なので、がんの進行をモニターするために複数回採取可能
• 従来の組織生検採取よりも低価格
• サンプルから結果までのトータル時間を短縮
• がんの不均一性をより反映
*各変異体の感度と特異性は、標準陽性コントロールサンプルと健常人から得た cfTNA を使って決定しました。
For Research Use Only. Not for use in diagnostic procedures.
仕様
サンプルタイプ
DNA/RNA
使用対象 (装置)
Ion GeneStudio S5 System
反応数
8
製品ライン
Oncomine™
製品タイプ
Assay
シーケンスタイプ
Amplicon Based Targeted Sequencing
出荷条件
Dry Ice
組成および保存条件
• 1 x 16 µL Pan-Cancer cfTNA Panel
• 1 x 320 µL cfDNA Library PCR Master Mix
• 1 x 832 µL Low TE Buffer
• 1 x 8 µL cfDNA Library Primer P1
• 1 x 8 µL cfDNA Library Primer A/BC1
• 1 x 22 µL SuperScript VILO MasterMix
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