MICROBEnrich™ Kit

混合サンプルから細菌のRNAを分離および単離します。Ambion™キットには、複雑な宿主と細菌のRNA混合物から500 µgの宿主細胞RNA（20回の反応×25µgのRNA）を除去するのに十分な試薬が含まれています。宿主と細菌の相互作用後に遺伝子発現解析を行うことで、細菌感染に対する宿主反応について、これまでにない理解がもたらされます。これまで多くの研究では、マイクロアレイ解析を利用して、細菌との相互作用に反応して発生する宿主細胞のトランスクリプトームの変化を追跡していました。しかし、細菌のRNAを宿主細胞のRNAから単離する方法が存在しなかったため、それに対応する細菌トランスクリプトームの分析は不可能でした。MICROBEnrich™キットは、宿主と細菌の相互作用後に、細菌RNAの全ゲノムマイクロアレイ発現解析を可能にします。

任意のトータルRNAサンプルから始める
マイクロアレイ解析などの高感度アプリケーションでは、MICROBEnrich™キットの手順を進める前に、トータルRNAから汚染されたゲノムDNAを除去するためにDNase処理を行うことをお勧めします。

複雑なトータルRNA混合物から90%を超える哺乳類RNAを除去
MICROBEnrich™ Kitはハイブリダイゼーション捕捉技術（特許出願中）を使用して、複雑な宿主と細菌のRNA集団から、ヒト、マウス、およびラットのRNA（mRNAとrRNAの両方）を除去し、濃縮された微生物のトータルRNAだけを残します。この手順の最初のステップでは、捕捉用のオリゴヌクレオチドの混合物を使用して、宿主と細菌のトータルRNAをインキュベートします。この混合物は、哺乳類の18Sおよび28S rRNAとポリアデニル化RNAを結合します。次に、rRNA／オリゴヌクレオチドハイブリッドとすべてのポリアデニル化mRNAを、オリゴヌクレオチド誘導体化磁気ビーズとの混合物から除去します。磁気分離後は、上清に残っている細菌のRNAをエタノールで沈殿させることができます。Agilent 2100バイオアナライザーの電気泳動図（図を参照）は、混合サンプルから宿主の18Sおよび28S rRNAがほぼ完全に（>95%）除去されたことを示しています。MICROBEnrich™キットで精製された細菌のmRNAは、下流アプリケーションのトータルRNAよりも優れたテンプレートであるため、アレイ解析などのアプリケーションで使用すると感度が大幅に向上します（図を参照）。

あらゆる細菌種で使用できるMICROBEnrich™キット
MICROBEnrich™キットは、ヒト、マウス、およびラットのRNAをバックグラウンドとした大腸菌のRNAを使用して最適化されています。ただし、このキットはどの細菌種のRNAでも良好に機能します。MICROBEnrich™キットには、多くの哺乳類宿主種が適合している可能性がありますが、捕捉用オリゴヌクレオチドの設計および最適化には、ヒト、マウス、およびラットのrRNA配列のみが使用されています。

関連製品：
このキットを使用するには、磁気スタンドが必要です。磁気スタンドは、シングルプレイス磁気スタンド（SKU #AM10026）、6チューブ磁気スタンド（SKU #AM10055）、96ウェル磁気スタンド（SKU #AM10027および#AM10050）など、複数のフォーマットで提供されています。宿主細胞と細菌細胞のトータルRNAの精製には、RiboPure™細菌キット（SKU #AM1925）が最適です。TURBO™ DNA-free™またはDNA-free™ DNase処理および除去試薬（SKU：AM1907およびAM1906）は、マイクロアレイ分析や、汚染されたゲノムDNAの除去が必要なその他のアプリケーションに推奨されます。MICROBEnrich™の手順が完了したら、MICROBExpress™細菌mRNA濃縮キット（SKU #AM1905）を使用して、トータルRNAから細菌のmRNAを精製できます。この技術により、原核生物の16Sおよび23S rRNAの95%超を除去できます。