Click-iT™ Nascent RNA Capture Kit, for gene expression analysis

Citations & References (19)

Invitrogen™

Click-iT™ Nascent RNA Capture Kit, for gene expression analysis

Click-iT™新生RNAキャプチャキットは、当社独自のClick-iT™ケミストリーを使用して、新たに生まれたRNAを高効率かつ高感度に捕捉します。Click-iT™アプローチにより、RNA調節、RNA安定性、RNA合成、RNAの減衰と分解、転写調節、デルタ／デルタC詳細を見る

製品番号（カタログ番号）	数量
C10365	1 kit

製品番号（カタログ番号） C10365

価格（JPY）

105,000

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1 kit

Click-iT™新生RNAキャプチャキットは、当社独自のClick-iT™ケミストリーを使用して、新たに生まれたRNAを高効率かつ高感度に捕捉します。Click-iT™アプローチにより、RNA調節、RNA安定性、RNA合成、RNAの減衰と分解、転写調節、デルタ／デルタC（T)法、核ランオン／ランオフなどと併せて、遺伝子調節の高分解能分析に関する研究を実施できます。アルキン反応基を含むエチレンウリジン（EU）リボヌクレオチド相同体は、細胞または組織に取り込まれます。取り込まれると細胞は溶解され、RNAが単離されます。ビオチンアジドを「クリック」した後でストレプトアビジン磁気ビーズを使用して、新たに合成されたRNAプールを捕捉します。その後、捕捉したRNAを増幅し、結果として得られたcDNAを任意の数の捕捉後の手法で使用します。当社では、アレイ（高密度および低密度の両方）、SOLiD™でのシーケンシング、およびSYBR™またはTaqMan™に基づくqPCRベースのデルタCT分析につて検証しています。新たに誘発された転写物の分析に必要な細胞はわずか25,000個です。このキットでは、40種類の条件で標識を行って捕捉し、それを400の個別分析アッセイに分割できます。アッセイあたりの価格は約1ドルであり、学術研究や産業分野の研究者に最適です。

推奨濃度200 µMのEU試薬は、細胞で十分に耐性があります。32,000個を超える遺伝子のアレイスクリーニングでは、対照物質と比較して、12個の遺伝子でわずかな変化が検出されただけでした。さらに、初期の取り込み濃度として推奨値の5倍（200 µMに対して1.0 mm）を使用した場合でも、ハウスキーピング遺伝子のパネルや細胞の通常増殖能には影響がありませんでした。感度と信頼性は、アポトーシス遺伝子の低密度アレイ（TLDA™）で確認されています。捕捉された新生RNAのプールは、検出可能なシーケンス情報の変化なく、以前に特性評価したすべてのアポトーシス（スタウロスポリン誘導）転写産物を正確に検出しました。

*回復だけでなく発見でも有用です。*過去数十年間に行われたゲノム研究で、コード化されたヒトタンパク質はわずか2%にすぎず、ヒトゲノムの98%は未知のままです。この新しいアプローチによって、この膨大な未知の配列の宝庫の目的と発現パターンは発見は、ここ10年間のトランスクリプトミクスで大いな支援となります。

※RNA安定性の研究が可能。*その他の重要な特長としては、放射活性の必要なく、mRNAの安定性を特定できることが挙げられます。これまでは、従来の核ランオン／ランオフ実験での放射性ヌクレオチドによって転写産物の半減期を得ていました。煩雑で危険であることから、このアプローチの利用は急速に低下していますが、現在ではこのような重要な値を簡単、安全、確実に得ることができるようになりました。

*新しいアプローチ*Click-iTシリーズの代謝類似体を取り込むことで、新しい物質を標識します。放射活性がなく、ハプテンの使用に伴う困難もありません。DNA、RNA、タンパク質、糖類、PTMなどの最新情報をご覧ください。
*Click-iT™テクノロジー - 1回の反応が無限の可能性を生み出します*

研究用にのみ使用できます。診断用には使用いただけません。

濃度2倍（EUバッファーおよびRNA結合バッファー）

使用対象 (装置)7000システム、7200システム、7300システム、7500 Fastシステム、7500システム、7900HT Fastシステム、7900HTシステム、StepOne™、高速モード、StepOne™、標準モード、StepOnePlus™、高速モード、StepOnePlus™、標準モード、Veritiサーマルサイクラー、Agilent 2100バイオアナライザー、SOLiD™

グリーン機能危険性が低い

単離技術磁気ビーズ

製品ラインClick-iT

製品タイプNascent RNAキャプチャキット

数量1 kit

出荷条件湿氷

フォーマットキット

Unit SizeEach

組成および保存条件

コンポーネントA
1×5 mgの5-エチニルウリジン（EU）
コンポーネントB
1×1 mlのClick-iT™ EUバッファー2倍濃縮*
コンポーネントC
1×340 µgのビオチンアジド（PEG4カルボキサミド-6-アジドヘキサニルビオチン）
コンポーネントD
1×200 µlの銅（II）硫酸塩（CuSO4）25 mM水溶液*
コンポーネントE
1×400 mgのClick-iT™反応バッファー添加剤1
コンポーネントF
1×100 µlのClick-iT™反応バッファー添加剤2
コンポーネントG
2×1 mlのClick-iT™ RNA結合バッファー（2倍濃縮）*
コンポーネントH
1×500 µlのDynabeads™ MyOne™ストレプトアビジンT1
コンポーネントI
1×35 mlのClick-iT™反応洗浄バッファー2
コンポーネントJ
1×35 mlのClick-iT™反応洗浄バッファー2
4℃で保管してください

よくあるご質問（FAQ）

What are the main characteristics of a Click-iT reaction?

Click reactions have several general characteristics: the reaction is efficient, no extreme temperatures or solvents are required, the reaction is complete within 30 minutes, the components of the reaction are bio-inert, and perhaps most importantly, no side reactions occur-the label and detection tags react selectively and specifically with one another. This final point is a key advantage of this powerful detection technique; it is possible to apply click chemistry-labeled molecules to complex biological samples and detect them with unprecedented sensitivity due to the extremely low background of the reaction.

Find additional tips, troubleshooting help, and resources within our Cell Analysis Support Center.

Can the Click-iT Nascent RNA Capture Kit, for gene expression analysis (Cat. No. C10365) be used in downstream next-generation sequencing (NGS) applications?

Yes, cDNA produced at the end of the Click-iT Nascent RNA Capture Kit, for gene expression analysis (Cat. No. C10365) workflow (step 6.8 on page 11 of the Manual) can be used for next-generation sequencing (NGS) application.

Below are some references of the downstream NGS application using this kit:

Palozola, K. C., Donahue, G., & Zaret, K. S. (2021). EU-RNA-seq for in vivo labeling and high throughput sequencing of nascent transcripts. STAR protocols, 2(3), 100651.

Lu, X. M., Batugedara, G., Lee, M., Prudhomme, J., Bunnik, E. M., & Le Roch, K. G. (2017). Nascent RNA sequencing reveals mechanisms of gene regulation in the human malaria parasite Plasmodium falciparum. Nucleic acids research, 45(13), 7825-7840.

Find additional tips, troubleshooting help, and resources within our Next-Generation Sequencing Support Center.

引用および参考文献 (19)

引用および参考文献

Abstract

EU-RNA-seq for in vivo labeling and high throughput sequencing of nascent transcripts.

Authors:Palozola KC,Donahue G,Zaret KS

Journal:STAR protocols

PubMed ID:34485932

The protocol allows for labeling nascent RNA without isolating nuclei. The cell-permeable uridine analog, 5-ethynyluridine (EU), is added to media to allow in vivo labeling of nascent transcripts. Cells are lysed, total RNA is collected, and biotin is conjugated to EU-labeled RNAs. Custom biotin RNAs are added and biotinylated RNAs ... More

METTL14 is a chromatin regulator independent of its RNA N6-methyladenosine methyltransferase activity.

Authors:Dou X,Huang L,Xiao Y,Liu C,Li Y,Zhang X,Yu L,Zhao R,Yang L,Chen C,Yu X,Gao B,Qi M,Gao Y,Shen B,Sun S,He C,Liu J

Journal:Protein & cell

PubMed ID:37030005

METTL3 and METTL14 are two components that form the core heterodimer of the main RNA m6A methyltransferase complex (MTC) that installs m6A. Surprisingly, depletion of METTL3 or METTL14 displayed distinct effects on stemness maintenance of mouse embryonic stem cell (mESC). While comparable global hypo-methylation in RNA m6A was observed in ... More

Tudor domain containing 7 (Tdrd7) is essential for dynamic ribonucleoprotein (RNP) remodeling of chromatoid bodies during spermatogenesis.

Authors:Tanaka T, Hosokawa M, Vagin VV, Reuter M, Hayashi E, Mochizuki AL, Kitamura K, Yamanaka H, Kondoh G, Okawa K, Kuramochi-Miyagawa S, Nakano T, Sachidanandam R, Hannon GJ, Pillai RS, Nakatsuji N, Chuma S,

Journal:Proc Natl Acad Sci U S A

PubMed ID:21670278

'In the male germline in mammals, chromatoid bodies, a specialized assembly of cytoplasmic ribonucleoprotein (RNP), are structurally evident during meiosis and haploidgenesis, but their developmental origin and regulation remain elusive. The tudor domain containing proteins constitute a conserved class of chromatoid body components. We show that tudor domain containing 7 ... More

The repression domain of the E1B 55-kilodalton protein participates in countering interferon-induced inhibition of adenovirus replication.

Authors:Chahal JS, Gallagher C, DeHart CJ, Flint SJ,

Journal:J Virol

PubMed ID:23388716

'To begin to investigate the mechanism by which the human adenovirus type 5 E1B 55-kDa protein protects against the antiviral effects of type 1 interferon (IFN) (J. S. Chahal, J. Qi, and S. J. Flint, PLoS Pathog. 8:e1002853, 2012 [doi:10.1371/journal.ppat.1002853]), we examined the effects of precise amino acid substitution in ... More

NEAT1 long noncoding RNA regulates transcription via protein sequestration within subnuclear bodies.

Authors:Hirose T, Virnicchi G, Tanigawa A, Naganuma T, Li R, Kimura H, Yokoi T, Nakagawa S, Bénard M, Fox AH, Pierron G,

Journal:

PubMed ID:24173718

Paraspeckles are subnuclear structures formed around nuclear paraspeckle assembly transcript 1 (NEAT1)/MENe/ß long noncoding RNA (lncRNA). Here we show that paraspeckles become dramatically enlarged after proteasome inhibition. This enlargement is mainly caused by NEAT1 transcriptional up-regulation rather than accumulation of undegraded paraspeckle proteins. Of interest, however, using immuno-electron microscopy, we ... More

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