Zero Blunt™ PCR Cloning Kitは、プルーフリーディング、耐熱性DNAポリメラーゼで増幅された平滑末端PCR産物の高効率(>80%)クローニングの簡単な方法を提供します。Zero Blunt™ PCRクローニングキットは、多目的クローニングベクターpCR™-BluntおよびExpressLink™ T4 DNA Ligaseを使用して、5分間の室温ライゲーションステップでライゲーション産物を生成します。
The pCR™-Bluntベクターは次のものを提供します: •インサートを切り出すための、PCR産物の挿入部位に隣接するEcoR I部位 • in vitro RNA転写およびシーケンシング用のT7プロモーター/プライマー領域 • シーケンシングまたはPCRスクリーニング用のM13フォワードおよびリバースプライマー領域
Zero Blunt™ PCRクローニングの仕組み Zero Blunt™PCRクローニングキットは、非組み換え体のバックグラウンドが低い平滑PCRフラグメント(または平滑DNAフラグメント)をクローニングするように設計されています。pCR™-Bluntベクターには、LacZαのC末端に融合した致死的な大腸菌ccdB遺伝子が含まれています(Bernard他、1994)。平滑なPCR断片のライゲーションは、形質転換時に陽性組み換え体のみを増殖させるlacZα-ccdB遺伝子融合の発現を阻害します。非組換えベクターを含む細胞は、形質転換混合物をプレーティングする際に死滅します。
キットの構成 Zero Blunt™ PCRクローニングキットにはさまざま構成があります:One Shotあり™ TOPO10化学的コンピテント大腸菌(K2700-20およびK2700-40)、コンピテント細胞なし(K2750-20およびK2750-40)、20反応と40反応のキットサイズがあります。
研究用にのみ使用できます。診断用には使用いただけません。
仕様
菌株または酵母株含まれない
クローニング法Blunt PCR
製品ラインTOPO、Zero Blunt
製品タイプPCRクローニングキット
プロモーターT7
数量20反応
ベクターBlunt DNA クローニングベクター
フォーマットキット
Unit SizeEach
組成および保存条件
Zero Blunt™ PCRクローニングキットには、線形化 pCR™-Bluntベクター、ExpressLink™ T4 DNAリガーゼ、5X ExpressLink™ T4 DNA リガーゼバッファー、コントロールテンプレート、dNTP、滅菌水、およびM13フォワードおよびリバースプライマーが含まれています。
What is the best molar ratio of PCR product:vector to use for TOPO TA cloning? Is there an equation to calculate the quantity to use?
We suggest starting with a molar ratio of 1:1 (insert:vector), with a range of 0.5:1 to 2:1. The quantity used in a TOPO cloning reaction is typically 5-10 ng of a 2 kb PCR product.
Equation:
length of insert (bp)/length of vector (bp) x ng of vector = ng of insert needed for 1:1 (insert:vector ratio)
What is the best ratio of insert:vector to use for cloning? Is there an equation to calculate this?
The optimal ratio is 1:1 insert to vector. Optimization can be done using a ratio of 0.5-2 molecules of insert for every molecule of the vector.
Equation:
length of insert (bp)/length of vector (bp) x ng of vector = ng of insert needed for 1:1 insert:vector ratio
I'm seeing a lot of vector-only colonies when I try to perform a negative control reaction using vector only (no insert) for a TOPO reaction. Is my TOPO vector re-ligating?
Using the vector only for transformation is not a recommended negative control. The process of TOPO-adaptation is not a 100% process, therefore, there will be vector only present in your mix, and colonies will be obtained.
I'm trying to clone in my phosphorylated PCR product into a TOPO vector, and I'm getting no colonies. However, when I clone the same product into a TA vector, everything works perfectly. Why is this?
Phosphorylated products can be TA cloned but not TOPO cloned. This is because the necessary phosphate group is contained within the topoisomerase-DNA intermediate complex of the vector. TOPO vectors have a 3' phosphate to which topoisomerase is covalently bound and a 5' phosphate. Non-TOPO linear vectors (TA and Blunt) have a 3' OH and a 5' phosphate. Phosphorylated products should be phosphatased (CIP) before TOPO cloning.
I'm able to get a lot of colonies, however, none contain my insert of interest. What should I do?
You may be cloning in an artifact. TA and TOPO Cloning are very efficient for small fragments (< 100 bp) present in certain PCR reactions. Gel-purify your PCR product using either a silica-based DNA purification system or electroelution. Be sure that all solutions are free of nucleases (avoid communal ethidium bromide baths, for example.)