Amiraソフトウエア:生物学的画像解析に不可欠

Thermo Scientific Amiraソフトウエアは、生物学的画像解析における卓越した機能により、世界中の科学者や研究者から高く評価されています。University of Glasgow、University of Washington、Max Planck Institute of Neurobiologyといった主要機関からのお客様の声は、ソフトウエアが多様な分野における研究の進展に果たしている役割を強調しています。
ユーザーは、直感的なデザイン、大規模なデータセットの処理能力、汎用性の高い光学コントロールを高く評価しており、これらが研究や発見のプロセスを大幅に強化しています。血管構造の分析、ミイラ化プロセスの理解、がん病理学の支援など、Amiraソフトウエアは現代の科学研究において不可欠なツールであることが証明されています。


AmiraソフトウエアはVanderbilt Universityでのミトコンドリア研究をサポート

Antentor Hinton Jr.博士はAmiraソフトウエアを使用

Antentor Hinton Jr.博士は、ミトコンドリア研究におけるラボ作業の一環として、Amiraソフトウエアを広範囲に活用しています。

「AmiraソフトウエアはSBF-SEM(シリアルブロックフェイスSEM)およびFIB-SEM画像の可視化に不可欠で、オルガネラの3D形態解析を実現できます。」


Antentor Hinton Jr.博士
Department of Molecular Physiology and Biophysics、Vanderbilt University


相関顕微鏡法: Amiraソフトウエアを使用したがんの広がりの理解

Matthia A. Karreman氏(MSc、PhD)はAmiraソフトウエアを使用

Matthia A. Karreman氏(EMBLおよびDKFZ、Heidelberg、ドイツ)はAmiraソフトウエアを使用しています。

「これは非常に強力なソフトウエアであり、電子顕微鏡と蛍光顕微鏡の両方に適しています。これは非常に特別なことです。通常、ソフトウエアはどちらかにしか焦点を当てていないからです。このソフトウエアを使って多くのことが可能です。Amiraソフトウエアを本当にお勧めします。」


Matthia A. Karreman氏(MSc、PhD)
EMBLおよびDKFZ、Heidelberg、ドイツ


3D可視化と解析を備えたAmiraソフトウエアが獣医学研究を加速

Stephan Handschuch氏(PhD)はAmiraソフトウエアを使用

「Amiraソフトウエアではネットワークを構築できるため、データオブジェクト間の複雑な相互作用を可能にします。生物学も複雑で、生物学的相互作用も複雑なネットワークです。複雑な問題に対処するためには複雑なツールが必要です。この点で、Amiraソフトウエアで使用されるような分析ネットワークは、複雑なデータ解析に関して他のほとんどのソフトウエアアプローチよりも優れています。

 

さらに、Amiraソフトウエアはディープラーニングネットワークやスクリプト(Tcl、Matlab、Pythonなど)の統合に関して非常にオープンであることも気に入っています。」

 

Stephan Handschuch氏(PhD)
VetCore、University of Veterinary Medicine、ウィーン


宿主細胞内のSARS-CoV-2の複製サイクルを特性評価するAmiraソフトウエア

Steffen Klein氏(Heidelburg)は、3D細胞イメージングおよび解析にAmiraソフトウエアを使用

「Amiraソフトウエアは、複雑なデータ処理ワークフローのセットアップを支援します。最初の目的は、ウイルス膜と細胞膜のコントラストを強化することでした。3D非局所平均フィルターと、Amiraソフトウエアに実装された膜強化フィルターを組み合わせて適用しました。Top-hatセグメンテーションツールを使用して、初期の自動セグメンテーションを実現しました。この初期のセグメンテーションを、Wacomグラフィックタブレットを使用して手動でさらに精緻化しました。精緻化された膜のセグメンテーションに基づき、制約なし平滑化を用いて3D表面を計算し、その表面を3Dモデルとして可視化しました。」


Steffen Klein氏

Chlanda lab、Department of Infectious Diseases、ウイルス学、Heidelberg University、Heidelberg、ドイツ


Amiraソフトウエアを活用した哺乳類の嗅覚進化の解明

Amiraソフトウエアを活用した哺乳類の嗅覚進化の解明

「水陸両生哺乳類における嗅覚の進化を理解するために、博物館標本の頭蓋骨や頭部をスキャンしており、時には100年以上前に収集されたものもあります。この方法により、博物館の標本を損傷することなく、嗅覚器官などの内部構造を観察することができます。嗅覚器官の可視化、セグメント化、定量化を行うために、Amiraソフトウエアを使用しています。」



Quentin Martinez博士
State Museum of Natural History in Stuttgart (SMNS)、ドイツ


広州医科大学の研究者がFIB-SEMイメージングを使用して、精巣上体上皮における細胞間オルガネラリザーバーを発見

FIB-SEMイメージングを用いた、精巣上体上皮における細胞間オルガネラリザーバー

「Amiraソフトウエアは3D再構成に適したツールで、使いやすいです。」Amiraソフトウエアを使用して作成された印象的な3Dモデルは、Nature Communicationsジャーナルに掲載された論文で紹介されました。



Hao Chen 教授
Guangzhou Medical University、Guangdong、中国


UZ LeuvenではAmiraソフトウエアを活用して顎矯正術患者の術後評価を実施

Amiraソフトウエアを使用してUZ Leuvenで作成された3D顎矯正術の可視化

「顎矯正術患者の術後の評価に焦点を当て、外科的転帰を3Dバーチャル術前計画と比較することにより、両顎手術の精度を定量化します。」


Max Planck Institute of Neurobiologyは、頭から足先までの軸索トレーシングにAmiraソフトウエアを使用

Max Planck Institute of NeurobiologyにおいてAmiraソフトウエアを用いて実施された軸索トレーシング

「Amiraソフトウエアの長期ユーザーとして、Ertürk氏は、フィラメントトレーシングと可視化機能を備えたこのシステムを最適なツールとして信頼しています。Amiraソフトウエアの骨格化モジュールとフィラメント編集ツールを使用して、脊髄損傷部位から後根神経節までの軸索を追跡することに成功し、それにより末梢軸索が切断されたニューロンに由来するものであることを実証しました。軸索の先端までのトレーシングは、3Dイメージングの大きな可能性を示しており、従来の組織学手法の解像度で、再生軸索と損傷していない軸索を明確に区別できます。」


University of Washingtonの研究者は、膵臓がんの病理診断を支援するためにAmiraソフトウエアを使用

Amiraソフトウエアによる膵臓がん解析ワークフロー

「Amiraソフトウエアでは、当社オリジナルの光学データセットをフル解像度でソフトウエアパッケージに読み込むことが可能で、初期の組織解析研究において対象物の操作を簡単かつ迅速に行うことができます。さらに、このソフトウエアは生検標本の全体像をレンダリングし、当社のチームは、組織全体の染色を含む特定の研究のために、再構成データのしきい値を設定できます。」


University of GlasgowはAmiraソフトウエアを使用して血管構造を解析

Amiraソフトウエアを用いた3D血管構造解析(University of Glasgow)

「Amiraソフトウエアでは、当社オリジナルの光学データセットをフル解像度でソフトウエアパッケージに読み込むことが可能で、初期の組織解析研究において対象物の操作を簡単かつ迅速に行うことができます。さらに、このソフトウエアは生検標本の全体像をレンダリングし、当社のチームは、組織全体の染色を含む特定の研究のために、再構成データのしきい値を設定できます。」


AMSC Research, LLCではAmiraソフトウエアを使用してエジプトのミイラ化の過程と儀式を研究

AMSC ResearchでAmiraソフトウエアを使用して可視化したエジプトのミイラの3Dスキャン

「EliasはAmiraソフトウエアを使用してスキャンデータを解析しています。ミイラは生物学的存在であるため、通常の法医学的側面(皮膚と骨に関係する特徴)のほかに、その年代および社会的意義に関する文化的要素も持っています。[...]Eliasは、直感的に使えるため、Amira[ソフトウエア]システムを支持しています。大規模なデータセットにも容易に対応でき、汎用性の高い高感度な幅広い光学コントロール機能を備えています。これらの機能は、発見プロセスを大幅に迅速化します。研究をより多彩で興味深いものにし、強力な教育メディアとなります。」


Oriental Institute of the University of ChicagoはAmiraソフトウエアを使用して、エジプトのミイラ化した鳥を可視化および分析

Oriental Institute of the University of ChicagoにてAmiraソフトウエアで作成した、ミイラ化した鳥の3Dスキャン

「この試料では、Amiraソフトウエアによる慎重なセグメンテーションが、ミイラの内部の可視化と鳥の同定に不可欠な鍵でした。ここでは、低石灰化がセグメンテーション処理で課題となりました。セグメンテーションが完了すると、Amiraソフトウエアの鮮明なサーフェスレンダリングにより、さらなる解析と同定が可能になりました。」


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