Custom TaqMan™ SNP Genotyping Assay, human
Custom TaqMan™ SNP Genotyping Assay, human
Applied Biosystems™

Custom TaqMan™ SNP Genotyping Assay, human

Green features
Applied Biosystems TaqMan SNP Genotyping Assays use TaqMan 5´-nuclease chemistry to amplify and detect specific polymorphisms in purified genomic DNA詳細を見る
製品番号(カタログ番号)数量
4331349S (300 reactions), made to order
4332072M (1000 reactions), made to order
4332073L (2400 reactions), made to order
製品番号(カタログ番号) 4331349
価格(JPY)
81,700
Each
注文する
数量:
S (300 reactions), made to order
Applied Biosystems TaqMan SNP Genotyping Assays use TaqMan 5´-nuclease chemistry to amplify and detect specific polymorphisms in purified genomic DNA samples. Each assay enables genotyping of individuals for a single nucleotide polymorphism (SNP) and consists of two sequence-specific primers and two TaqMan minor groove binder (MGB) probes with non-fluorescent quenchers (NFQ). One probe is labeled with VIC dye to detect the Allele 1 sequence; the second probe is labeled with FAM dye to detect the Allele 2 sequence.

Custom TaqMan SNP Genotyping Assays can be easily designed at no extra charge by submitting target sequences confidentially to our secure Custom Assay Design Tool.

Benefits:
Proven—gold-standard TaqMan chemistry and robust assay designs deliver accurate, reproducible, and reliable results
Easy—convenient single-tube format and simple workflow provide an easy path to trusted results; no optimization required
Flexible—obtain assay designs for any SNP in the human genome using our secure Custom Assay Design Tool, at no extra charge
Tested—all custom human assays are subjected to a functional test on 20 unique DNA samples

Approximate ship time
4–6 days in North America and 6–10 days in Europe

The free Custom Assay Design Tool can generate assays for the detection of SNPs, MNPs, and indels of up to six bases. These custom assays are designed, synthesized, formulated, optimized, and quality control tested.

TaqMan SNP Genotyping Assays require only three reaction components for PCR: purified genomic DNA (1–20 ng), the assay solution, and TaqMan Genotyping Master Mix (or another compatible master mix) (sold separately).

All assay designs are the product of our industry-leading bioinformatics pipeline, optimized over the course of more than a decade by leveraging manufacturing and assay performance data. TaqMan Assays have been cited in over 40,000 publications and are backed by more than 350 patents.

Recommended master mix (sold separately): TaqMan Genotyping Master Mix
研究用途にのみご使用ください。診断目的には使用できません。
仕様
濃度40X
使用対象 (装置)7500 System, 7500 Fast System, 7900HT System, StepOne™, StepOnePlus™, ViiA™ 7 System, QuantStudio™ Absolute Q Digital PCR System, QuantStudio™ 3, QuantStudio™ 5, QuantStudio™ 6 Flex, QuantStudio™ 7 Flex, QuantStudio 6 Pro, QuantStudio 7 Pro, QuantStudio™ 12k Flex ProFlex PCR System*, VeritiPro*, SimpliAmp*, MiniAmp*, Automated Thermal Cycler** If a thermal cycler is used for PCR amplification, the optional pre-read and the post-read must be performed separately on a real-time PCR system in order to detect and record fluorescent signals.
グリーン機能Sustainable packaging
反応数1500 (384-well); 300 (96-well)
製品ラインTaqMan
製品タイプCustom TaqMan Genotyping
数量S (300 reactions), made to order
出荷条件Room Temperature
サンプルタイプHuman
Unit SizeEach
組成および保存条件
1 tube containing a 40X (S and M sizes) or 80X (L size) mix of pre-formulated assay (2 probes and 2 primers).

Store at -15 to -25°C.

よくあるご質問(FAQ)

TaqMan Drug Metabolism Genotyping Assay付属CD中のAIFファイルにあるcontext sequenceは何を意味しているのですか?

context sequenceはprobeがデザインされている領域を含んだターゲットSNP周辺部の配列です。 角カッコ [ ]に囲まれた塩基がSNPを示しており、[allele 1_VIC標識 /allele 2_FAM標識]となるようにアッセイがデザインされています。 具体的に例を挙げて説明しますと、以下のような配列がcontext sequenceとして表示されている場合: CTCCTCTGACACTGTCGCTTCTCCA[T/C]GGCATTAGATTTTCAGTCCTGCTCA 角カッコ [ ]に囲まれたSNPポジションに対して、上流および下流の25塩基の配列が表記されています。さらにSNPポジションの [T/C] については、T = allele 1でVIC標識、C = allele 2でFAM標識されていることを示しています。なおalleleの順番はランダムになっており、塩基の順番でmajor、minorのalleleを意味しているものではありません。

TaqMan Drug Metabolism Genotyping Assayで解析を行ったところ、サンプルの中で no template controlにアサインされたものがあります。これは何を意味しているのでしょうか?

no template control とアサインされたサンプルについてですが、反応wellにDNAまたはアッセイを添加し忘れた可能性が考えられます。この場合は再度やり直して確認してください。 ただし、どちらのalleleも有していないサンプルについても、no templete controlにアサインされる場合がありますので注意してください。 再度繰り返しても同様に同じサンプルがno templete controlにアサインされた場合、gene dosage assayで確認することができます。このときSNP assayでまったく増幅が認められないサンプルについては、ターゲット領域を欠失している(コピー数が0)である可能性があります。

TaqMan Drug Metabolism Genotyping Assayで解析を行ったところ、3つに分かれたクラスターのいずれにも属さない外れ値(outlier)が存在し、マルチクラスターになっています。これは何を意味しているのでしょうか?

クラスターが3つ以上形成された場合、TaqMan probe上に別のSNPが存在しているか、もしくはターゲット配列のコピー数に多様性がある可能性があります。 確認のために再度アッセイを行ってください。このとき、以前と同じサンプルが外れ値にプロットされ、余分なクラスターを形成した場合、外れ値を示したサンプルのシーケンス解析を行い、ターゲットSNPに隣接する領域に別のSNPが存在しないかを確認することも可能です。 この予期しない余分なクラスターの形成は、コピー数の多様性によって生じる場合もあります。 ホモ接合型のサンプルの場合、コピー数多様性が存在しても、ホモ接合型のクラスターにプロットされます。問題はヘテロ接合型のサンプルで生じます。ヘテロ接合型でコピー数多様性が存在する場合、ヘテロクラスターと片方側のホモクラスターの間に4種類のクラスターを形成する可能性があります。当然、ホモ接合型のサンプルにも、気がつかないだけでコピー数多様性をもつサンプルが存在する可能性があります。このような場合、gene dosage assayを行い、各サンプルで、ターゲットとする遺伝子にコピー数の多様性があるか否かを確認することをお薦めします。

TaqMan Drug Metabolism Genotyping Assayで解析を行ったところ、クラスターが1つだけでした。これは何を意味しているのですか?

マイナーアレル頻度(minor allele frequency)が非常に低い場合(例:5%以下のrare allele)、単一のクラスターしか確認できないケースがあるかもしれません。 マイナーアレル頻度をwebsiteのリストから確認してください。 もし、解析に関連したAllele Nomenclatureが存在する場合、マイナーアレルを検出のために必要な個体群の数を決定するための参考論文を確認できると思います。

TaqMan Drug Metabolism Genotyping Assayで解析を行う場合、どのようなcontrolを設定するべきですか?

no template control の他に, SNP genotype が既知のpositive controlを設定してください。 positive controlを設定することで、assayのパフォーマンスを評価することができます。ただ残念ながら弊社ではpositive controlの販売を行っておりません。