ERCC ExFold RNA Spike-In Mixes

ERCC ExFold RNAスパイクインミックスは、遺伝子発現実験に使用されるさまざまな技術プラットフォームの性能評価を可能にする一連の外部RNAコントロールを提供します。各RNAサンプルにスパイクインミックスを1つ加え、プラットフォーム上でスパイクインミックスを実行します。次に、スパイクインミックスデータを既知のスパイクインミックス濃度および比率と比較して、プラットフォームのダイナミックレンジ、検出下限、および位相変化応答を評価します。次世代シーケンシング（NGS）、マイクロアレイ、PCRベースのアッセイなど、ERCC ExFold RNAスパイクインミックスを使用することで、多くの遺伝子発現技術でメリットを得られます。マイクロアレイには、ERCC ExFold RNAスパイクインミックスを活用してERCC転写物を調べるよう設計されたプローブが含まれている必要があります。詳細については、アレイのメーカーにお問い合わせください。製品の主要な特長：

•遺伝子発現実験間のデータ比較の標準測定
• 感度（検出下限）および実験のダイナミックレンジを測定できます
• 遺伝子発現差異を定量化します

外部RNAコントロールが必要な理由
RNA発現データのばらつきは、出発物質の品質、細胞性およびRNA収量のレベル、使用するプラットフォーム、実験を行う人など、さまざまな要因に起因します。これらの変動源を制御するために、アメリカ国立標準技術研究所（NIST）が主催する学術機関、民間組織、および公共組織の特別なグループである外部RNA標準コンソーシアム（ERCC）によって、一般的な外部RNAコントロールが開発されています。コントロールは、定義されたパフォーマンス基準に対して測定するために、サンプル単離後にRNA解析実験に追加するようデザインされた非標識ポリアデニル化転写物で構成されています。このような一般的に認められているコントロールが設計されるまで、基本的な分析性能指標を徹底的に調査することは困難でした。ERCC ExFoldスパイクインミックスは、信頼されている高品質RNA試薬ブランドから市販されており、NIST認証済みのDNAプラスミドから得られ、追跡可能な92の転写物の混合物があらかじめ配合されています。転写物は長さ250～2,000 ntで、天然真核生物のmRNAを模倣しています。

RNA解析の潜在性を引き出します
遺伝子発現プロファイリングや全トランスクリプトーム調査などのRNA解析の可能性を明らかにすることで、疾患状態の発現パターンをより深く理解し、細胞の運命、発達、疾患の進行を調節する生物学的経路や分子メカニズムについてより多くの知見を得ることができます。qRT-PCRやマイクロアレイなどの従来のRNA解析方法は確立されていますが、高スループットのデジタルな代替方法である次世代シーケンシングに取って代わりつつあります。各メソッドに複数のプラットフォームがあり、世界中のプラットフォーム間でさまざまなサンプルを比較する必要があるため、データ比較の標準的な測定が必要です。RNA解析能力が拡大するにつれ、データの標準化されたビューを作成する必要性がさらに重要になります。

確認済みの精度で結果を達成および比較
ERCC ExFold RNAスパイクインミックスは、実験内、およびさまざまなサンプルやプラットフォームを用いて実施された複数の実験において、RNAの標準的なベースライン測定を作成するために使用されます。2種類のスパイクインミックス配合（図を参照）があり、感度やダイナミックレンジなどのさまざまな測定値を検査して、実験または実験間で異なるパラメータを評価できます（図を参照）。さらに、ExFold RNAスパイクイン1とExFold RNAスパイクイン2の間の高い相関関係から、2つのサンプル間の発現倍率の変化を高い信頼性で計算できます（図を参照）。測定値は、スパイクインミックス内の各転写物の既知のモル濃度と、92の転写物の4つの異なるサブグループ全体の比率の組み合わせを使用した2つの混合物の関連により測定されます。これらのコントロールは、SOLiD™システムなどの次世代シーケンシング実験や、Illumina™ Sentrix™ BeadChipなどのサポートされているマイクロアレイプラットフォームに最適です。

柔軟なオプションの中から選択してERCCキットを構成可能
ダイナミックレンジと遺伝子発現倍率の変化のどちらを測定する場合でも、ERCCスパイクインコントロールミックスは実験ニーズを満たす2種類のキット構成で利用できます。ERCCスパイクインミックスを使用してプラットフォーム上の検出のダイナミックレンジと下限を決定し、ERCC ExFoldスパイクインミックスを使用して、遺伝子発現の差測定の精度を評価します。

	ERCC RNAスパイクインミックス1*	ExFoldスパイクインミックス1※	ExFoldスパイクインミックス2※	ヌクレアーゼフリーの水
ERCC RNAスパイクインミックス（カタログ番号4456740）	10 µL	—	—	1.75 mL
ERCC ExFold RNAスパイクインミックス（カタログ番号4456739）	—	10 µL	10 µL	1.75 mL

※ERCC RNAスパイクインミックス1およびExFoldスパイクインミックス1にはERCC転写物と同じ組成が含まれていますが、倍率変化評価で、EXFoldスパイクインミックス1の代わりにERCC RNAスパイクインミックス1は使用しないでください。同じ製造ロット番号のExFoldスパイクインミックス1およびミックス2のみを使用してください。