Pierce™ TMT11plex Yeast Digest Standard
Pierce™ TMT11plex Yeast Digest Standard
Thermo Scientific™

Pierce™ TMT11plex Yeast Digest Standard

Thermo Scientific Pierce TMT11plex Yeast Digest Standardは、TMT11plex試薬で標識した、4つの共通遺伝子系統の凍結乾燥酵母ペプチド混合物で、タンデム質量タグ詳細を見る
製品番号(カタログ番号)数量
A4093820 μg
A409395 x 20 μg
製品番号(カタログ番号) A40938
価格(JPY)
73,200
Each
お問い合わせください ›
数量:
20 μg
Thermo Scientific Pierce TMT11plex Yeast Digest Standardは、TMT11plex試薬で標識した、4つの共通遺伝子系統の凍結乾燥酵母ペプチド混合物で、タンデム質量タグ(TMT)定量におけるLC-MS/MSシステムの性能をモニターするために使用します。

Pierce TMT11plex Yeast Digest Standardの特長:
便利—TMT11plex試薬で標識済みで、すぐに使用できる凍結乾燥フォーマット
検証済み—遺伝子型、TMT標識菌株の等モル混合、およびTMTを用いた全体的なタンパク質定量について検証済みの酵母株
診断用—LCおよびMS装置の状態の品質評価用の優れたQCアッセイツール
定量的—11の各チャンネルのTMTレポーターイオンの定量精度を測定する設計

TMT試薬を使用した定量的プロテオミクス戦略は、サンプルのマルチプレックスとタンパク質量の正確な測定を可能にします。ただし、このワークフローの適切な実行は、クロマトグラフィー、質量分析(MS)、およびデータ分析などの最適化が必要な可能性のある複数のステップを含みます。このワークフローを成功させるための重要なパラメーターは、マルチプレックスの11チャンネルでTMTフラグメントイオンを一貫して検出できることです。この標準物質は、TMT定量やMSメソッドの最適化と検証用にLC-MS/MSシステムの性能をモニターするツールとして特別に設計されています。

Pierce TMT11plex Yeast Digest Standardは、TMT11-plex標識試薬で3回(ノックアウト株)または2回(親株)標識された、出芽酵母の4つの共通遺伝子系統(親株BY4741と、非必須タンパク質Met6、His4、またはUra2を欠失した3種類の株)で構成されています(図を参照)。ノックアウト株を親株と組み合わせているため、欠失株と親株でペプチドとタンパク質の含量を比較し、定量におけるシステム性能をモニターできます。

この標準物質は、ルーチンの品質管理評価に加えて、さまざまなMSアプローチ(オフライン分画の最適化、クロマトグラフィー、MS取得、およびデータ分析設定など)の確度、精度、およびダイナミックレンジを測定するメソッド開発ツールとしても使用できます。

この標準物質の多機能アプリケーションは、日間および実験間でより再現性の高いTMT定量を可能にします。

参考文献:
1.Paulo JA, O'Connell JD, Gygi SP.A Triple Knockout (TKO) Proteomics Standard for Diagnosing Ion Interference in Isobaric Labeling Experiments.J Am Soc Mass Spectrom.2016 10:1620-5.
2.Yang F, Shen Y, Camp DG 2nd, Smith RD.High-pH reversed-phase chromatography with fraction concatenation for 2D proteomic analysis.Expert Rev Proteomics.2012 9(2):129-34.
3.Dayon L, Pasquarello C, Hoogland C, Sanchez JC, Scherl A. Combining low- and high-energy tandem mass spectra for optimized peptide quantification with isobaric tags.J Proteomics.2010 73(4):769-77.
4.Diedrich JK, Pinto AF, Yates JR 3rd.Energy dependence of HCD on peptide fragmentation: stepped collisional energy finds the sweet spot.J Am Soc Mass Spectrom.2013 24(11):1690-9.
5.Chiva C, Sabidó E. HCD-only fragmentation method balances peptide identification and quantitation of TMT-labeled samples in hybrid linear ion trap/orbitrap mass spectrometers.J Proteomics.2014 96:263-70.

関連製品:
Pierce HeLa Protein Digest Standard
Pierce Peptide Retention Time Calibration Mixture
TMT10plex isobaric label reagent set plus TMT11-131C label reagent

研究用途にのみご使用ください。診断目的には使用できません。
仕様
最終産物タイプMS Standard
使用対象 (装置)質量分析計
数量20 μg
出荷条件湿氷
ワークフローステップMS System Performance
検出法Mass Spectrometry
形状Lyophilized Powder
製品ラインPierce
製品タイプ酵母消化物標準液
原料Peptides
Unit SizeEach

よくあるご質問(FAQ)

After running the Pierce TMT11plex Yeast Digest Standard, I observe low signal to noise ratio and poor quantitation accuracy for the Tandem Mass Tag (TMT) reporter ions. What do you recommend?

Here are some recommendations:

- Clean and recalibrate the mass spectrometry instrument using one of our Pierce Calibration Solutions (https://www.thermofisher.com/search/browse/category/us/en/600654).
- Verify settings for liquid chromatography (LC) acquisition methods.
- Fractionate TMT-labeled samples using the Pierce High pH Reversed-Phase Peptide Fractionation Kit (Cat. No. 84868) to reduce sample complexity.

Find additional tips, troubleshooting help, and resources within our Mass Spectrometry Support Center.

How do I use the Pierce TMT11plex Yeast Digest Standard to optimize my LC-MS acquisition parameters?

The Pierce TMT11plex Yeast Digest Standard (i.e., TKO standard) is a lyophilized yeast peptide mixture of four congenic strains labeled with TMT11plex reagents. It can be used to rapidly and accurately assess ion interference (co-isolation of multiple analytes of similar mass-to-charge) for TMT-based quantitative mass spectrometry proteomic analysis.

Find additional tips, troubleshooting help, and resources within our Mass Spectrometry Support Center.

Which standard do you recommend using for Tandem Mass Tag (TMT) workflows?

We recommend using our Pierce TMT11plex Yeast Digest Standard (Cat. Nos. A40938, A40939) for LC-MS method optimization and for assessing system suitability for TMT-labeled samples.

Find additional tips, troubleshooting help, and resources within our Mass Spectrometry Support Center.

Which standards and calibrants do you recommend using for assessing LC-MS system suitability?

Here are our recommendations:

- Pierce Peptide Retention Time Calibration Mixture (Cat. No. 88321) for LC system and gradient optimization
- Pierce BSA Protein Digest, MS grade (Cat. No. 88341), Pierce 6 Protein Digest, equimolar, LC-MS grade (Cat. No. 88342), and Pierce HeLa Protein Digest Standard (Cat. Nos. 88328, 88329) for "bottom up" LC-MS method optimization and LC-MS suitability assessment
- Pierce LC-MS/MS System Suitability Standard (7 x 5 Mix) (Cat. No. A40010) for assessing the gradient, sensitivity, and dynamic range of the LC-MS system for discovery and targeted peptide quantitative workflows
- Pierce TMT11plex Yeast Digest Standard (Cat. Nos. A40938, A40939) for assessing system performance for TMT-based quantitative workflows
- Pierce Intact Protein Standard Mix (Cat. Nos. A33526, A33527) for "top down" LC-MS method optimization and LC-MS suitability assessment

Find additional tips, troubleshooting help, and resources within our Mass Spectrometry Support Center.

What type of mass spectrometer can I use for Tandem Mass Tag (TMT) analysis?

We recommend using high-resolution Orbitrap Tribrid (e.g., Fusion, Lumos, Eclipse), Orbitrap Exploris (e.g., 240, 480), or Q Exactive (e.g,. Plus, HF, HFX) series of instruments.

Find additional tips, troubleshooting help, and resources within our Mass Spectrometry Support Center.