Oncomine™ Tumor Mutation Load Assay, Chef-ready library preparation
Oncomine™ Tumor Mutation Load Assay, Chef-ready library preparation
Ion Torrent™

Oncomine™ Tumor Mutation Load Assay, Chef-ready library preparation

Oncomine Tumor Mutation Load Assay は、シンプルなワークフローでミューテーションバーデンを解析できる、ターゲット次世代シーケンシング(NGS)アッセイです詳細を見る
製品番号(カタログ番号)数量
A3791032 Samples
製品番号(カタログ番号) A37910
価格(JPY)
1,721,000
Each
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数量:
32 Samples
Oncomine Tumor Mutation Load Assay は、シンプルなワークフローでミューテーションバーデンを解析できる、ターゲット次世代シーケンシング(NGS)アッセイです。このアッセイは、2 つのマルチプレックス PCR プライマープールからライブラリを調製するための試薬が含まれ、プライマープールあたり 10 ng の DNA を使用して、ホルマリン固定パラフィン包埋(FFPE)サンプルから、正常サンプルによるマッチングなしにアンプリコンライブラリを調製できます。本アッセイは、がん免疫療法研究用にデザインされた製品です。

特長:
• ミューテーションバーデンを評価するため、体細胞変異の正確な定量を実現
•正常サンプルとのマッチングの必要性を低減
• AmpliSeq 技術により、難しいサンプルからの効率の良い増幅が可能
•豊富なビジュアル化による最新の解析
• Ion S5 システムの Ion S540 チップにより、最大 8 サンプルまで同時解析

Oncomine Tumor Mutation Load アッセイ、Chef-Ready Library Preparation は、32 サンプル分の自動ライブラリ調製および標準化に必要なプライマーパネルと試薬類を含んでいます。このアッセイバージョンは、Ion Chef システムにおける自動ライブラリ調製で使用します。マニュアルでのライブラリ調製は、Cat. No. A37909を参照してください。

サンプルから答えまで
Oncomine Tumor Mutation Load Assay は、sample-to-answer ソリューションを提供する最適なインフォマティクスおよびビジュアル化ソフトウェアで解析できます。ランメトリクスは、Torrent Suite を使用して評価できます。Ion Reporter 解析ワークフローは、がん研究サンプルの体細胞変異を正確に解析するための、カスタム変異解析および生殖細胞変異フィルタリングアルゴリズムを使用します。紫外線や煙草によるダメージ、脱アミノ化、そして特異的置換による変異のパーセンテージを含む、標準化変異荷重(変異/MB)および体細胞変異体の変異サインなどの詳細なレポートが提供されます。

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仕様
使用対象 (装置)Ion GeneStudio S5 System, Ion S5™ XL System
ライブラリTargeted Sequencing Library
製品タイプTumor Mutation Load Assay
数量32 Samples
シーケンスタイプGenome & DNA Sequencing
出荷条件Approved for shipment at Room Temperature or on Wet or Dry Ice
スループット32 Samples
ワークフローステップLibrary Generation
製品ラインOncomine
原料DNA
Unit SizeEach
組成および保存条件
• 1 Oncomine Tumor Mutation Load Panel, 32 reactions, store at -5 to -30°C.
• 4 cartridges Ion AmpliSeq Chef Reagents DL8, store at -5 to -30°C.
• 4 cartridges Ion AmpliSeq Chef Solutions DL8, store at 2–8°C.
• 4 boxes Ion AmpliSeq Supplies, store at room temperature.
• 1 IonCode in PCR Plates, store at room temperature.

よくあるご質問(FAQ)

With the Oncomine Tumor Mutation Load Assay, do I need to adjust the PCR cycles based on sample type?

No, the Oncomine Tumor Mutation Load Assay is optimized for use with FFPE tissue. The in-house development of the assay specifically focused on three tissue types: melanoma, lung, and colon.

In the Oncomine Tumor Mutation Load Assay, can I get the total variant calls (i.e., not just somatic)?

Yes, total variant calls are quantified and reported by the Oncomine Tumor Mutation Load Assay workflow and a .vcf file of all called variants is available to download in the user interface.

In the Oncomine Tumor Mutation Load Assay, does the germline filter cover across different ancestry types?

Yes, germline filters cover across different ancestry types. They are not ethnicity-based, but are global population-based.

Can the Oncomine Tumor Mutation Load Assay (TML) workflow 2.0 be edited to run on other panels (such as Oncomine Comprehensive Assay v3)?

Yes, by following the instructions in the appendix of the User guide (https://assets.thermofisher.com/TFS-Assets/LSG/manuals/MAN0015885_OncomineComprehensiveAssay_v3_UG.pdf).

Can I run the Oncomine Comprehensive Assay BAM file through the Ion Reporter workflow for the Oncomine Tumor Mutation Load (TML) Assay?

Yes, Oncomine Comprehensive Assay BAM files can be used with the Oncomine TML workflow. Targets that are not in Oncomine TML workflow will just be discarded during the analysis.