Pierce™ TMT11plex Yeast Digest Standard

Der Thermo Scientific Pierce TMT11plex Yeast Digest Standard ist ein gefriergetrocknetes Hefe-Peptid-Gemisch aus vier kongenen Stämmen, die mit TMT11plex Reagenzien markiert sind, um die LC-MS/MS-Systemleistung für die Tandem Mass Tag(TMT)-Quantifizierung zu überwachen.

Merkmale des Pierce TMT11plex Hefeverdaustandards:
• Praktisch — Vormarkiert mit TMT11plex Reagenzien in einem gebrauchsfertigen, gefriergetrockneten Format
• Umfangreich validiert — Hefestämme, die auf Genotyp, eine äquimolare Mischung der TMT-markierten Stämme und die Gesamtproteinquantifizierung mit TMT überprüft wurden
• Diagnostik — Ausgezeichnetes QC-Assay-Hifsmittel zur Qualitätsbewertung des LC- und MS-Gerätestatus
• Quantitativ — Ausgelegt auf die Messung der quantitativen Präzision der TMT-Reporterionen für jeden der 11 Kanäle

Quantitative proteomische Strategien mit TMT-Reagenzien ermöglichen das Proben-Multiplexing und die präzise Messung der Proteinmenge. Die erfolgreiche Ausführung dieses Arbeitsablaufs umfasst jedoch mehrere Schritte, die möglicherweise optimiert werden müssen, einschließlich Chromatographie, Massenspektrometrie (MS) und Datenanalyse. Ein entscheidender Parameter für den Erfolg dieses Arbeitsablaufs ist die Fähigkeit, die TMT-Fragmentionen über die 11 Multiplexkanäle hinweg konsistent zu erkennen. Dieser Standard wurde speziell als Tool zur Überwachung der LC-MS/MS-Systemleistung bei der TMT-Quantifizierung und Optimierung bzw. Validierung von MS-Methoden entwickelt.

Der Pierce TMT11plex Hefeverdaustandard besteht aus vier kongenen Stämmen von Saccharomyces cerevisiae (eine elterliche Linie, BY4741, und drei Linien ohne die nicht essentiellen Proteine Met6, His4 und Ura2), die dreifach (Knockout-Stämme) oder doppelt (elterlicher Stamm) mit TMT11plex Markierungsreagenzien markiert sind (siehe Abbildung). Die Knockout-Stämme werden in Kombination mit dem elterlichen Stamm zum Vergleich der Peptid- und Proteinmengen in den Knockout- und elterlichen Stämmen verwendet, um die Quantifizierungsleistung des Systems zu überwachen.

Neben der routinemäßigen Qualitätskontrolle kann der Standard auch als Werkzeug bei der Methodenentwicklung zur Messung der Genauigkeit, Präzision und des dynamischen Bereichs verschiedener MS-Ansätze verwendet werden, einschließlich der Optimierung von Offline-Fraktionierungen, Chromatographie, MS-Erfassung oder Datenanalyseeinstellungen.

Die multifunktionalen Anwendungen für diesen Standard ermöglichen von Tag zu Tag und von Experiment zu Experiment eine besser reproduzierbare TMT-Quantifizierung.

Referenzen:
1. Paulo JA, O'Connell JD, Gygi SP. A Triple Knockout (TKO) Proteomics Standard for Diagnosing Ion Interference in Isobaric Labeling Experiments. J Am Soc Mass Spectrom. 2016 10:1620–5.
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3. Dayon L, Pasquarello C, Hoogland C, Sanchez JC, Scherl A. Combining low- and high-energy tandem mass spectra for optimized peptide quantification with isobaric tags. J Proteomics. 2010 73(4):769–77.
4. Diedrich JK, Pinto AF, Yates JR 3rd. Energy dependence of HCD on peptide fragmentation: stepped collisional energy finds the sweet spot. J Am Soc Mass Spectrom. 2013 24(11):1690–9.
5. Chiva C, Sabidó E. HCD-only fragmentation method balances peptide identification and quantitation of TMT-labeled samples in hybrid linear ion trap/orbitrap mass spectrometers. J Proteomics. 2014 96:263–70.

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