ERCC ExFold RNA Spike-In Mixes

RNA 발현 데이터의 차이는 시작 물질의 품질, 세포성 수준, RNA 수율, 사용한 플랫폼, 실험 수행자 등 다양한 인자로 인해 발생할 수 있습니다. 이런 변동 원인을 제어하기 위해 NIST(National Institute of Standards and Technology)에서 주관하여 학계, 민간, 공공 조직(NIST)에서 모인 임시 그룹인 External RNA Controls Consortium (ERCC)에서 공동 외부 RNA 대조를 개발하였습니다. 이 대조는 샘플 분리 후 RNA 분석 실험에 추가하여 정의된 성능 기준에 대해 측정하도록 고안된 미표지 polyadenylated transcript 세트로 이루어집니다 이런 보편적으로 인정되는 대조를 고안하기 전까지 기본 분석 성능 메트릭스를 면밀히 조사하기 어려웠습니다.

현재 믿을 수 있는 우수한 품질의 RNA 시약 제조사에서 만든 Ambion™ ERCC Spike-In Control Mix가 시판되고 있습니다. 이는 NIST에서 인증한 DNA 플라스미드에서 추출하고 추적가능한 92개 transcript가 사전 제형되어 있습니다. 이 transcript는 250 ∼2,000 nt 범위에서 천연 진핵세포 mRNA를 모방합니다.

핵심 제품 특징:

• 유전자 발현 실험 전반에서 데이터 비교를 수행할 수 있는 표준 척도 구현
• 실험 민감도(검출하한) 및 역동 범위 측정
• 분화 유전자 발현 정량

RNA 분석 잠재력
유전자 발현 프로필, 전체 transcriptome 조사 등 RNA 분석으로 질병 상태의 발현 패턴에 대한 이해를 높이고 세포 운명, 발생, 질병 진행을 조절하는 생물 경로와 분자 기전에 대한 식견을 넓힐 수 있습니다. qRT-PCR 및 microarray 등의 기존 RNA 분석 방법이 잘 수립되어 있지만 이제 high-throughput 디지털을 이용한 차세대 시퀀싱으로 대체되고 있습니다. 각 방법에 여러 플랫폼이 수반되고 전세계적으로 플랫폼 전반의 다양한 샘플을 비교해야 하기 때문에 데이터 비교의 표준 척도가 필수적입니다. RNA 분석 역량이 확장되며 데이터 판독 표준화가 그 어느 때보다 필요합니다.

정확한 결과 달성 및 비교
Ambion™ ERCC RNA Spike-In Control는 여러 샘플과 플랫폼을 사용하는 한 실험 내에서 그리고 여러 실험 전반에서 RNA의 표준 기본 측정을 하는데 이용됩니다. spike-in mix 제형 2개(그림 1)로 민감도 및 역동 범위 등 다양한 척도를 조사하여 실험 내 또는 실험 간 다른 파라미터를 평가할 수 있습니다(그림 2). 또한 ExFold RNA Spike-In 1과 ExFold RNA Spike-In 2 간의 일치도를 사용해 높은 신뢰도로 두 샘플 간 발현 배수 변화 비율을 계산할 수 있습니다(그림 3). 92개 transcript를 가지고 4가지 다른 하위군을 만들어 이들 간의 비율 조합으로 spike-in mix 내 및 두 mix 관련성을 통해 각 transcript에 대해 알고 있는 몰농도를 통해 측정이 이루어집니다. 이런 대조는 SOLiD™ System 등의 차세대 시퀀싱 실험과 Illumina™ Sentrix™ BeadChip 등의 지원 microarray 플랫폼에 이상적입니다.

다양한 ERCC Kit 구성 옵션
역동 범위 또는 유전자 발현 배수 변화 측정 시 각 실험 요건에 맞는 두 가지 kit 구성으로 Ambion™ ERCC Spike-In Control Mix를 사용할 수 있습니다. ERCC Spike-In Mix를 사용해 각 실험 플랫폼에서 역동 범위와 검출 하한을 측정할 수 있고 ERCC ExFold Spike-In Mix를 사용해 분화 유전자 발현 측정의 정확성을 평가할 수 있습니다.

	ERCC RNA Spike-In Mix 1*	ExFold Spike-In Mix 1*	ExFold Spike-In Mix 2*	Nuclease-free Water
ERCC RNA Spike-In Mix (Cat. No. 4456740)	10 µL	-	-	1.75 mL
ERCC ExFold RNA Spike-In Mixes(Cat. No. 4456739)	-	10 µL	10 µL	1.75 mL

* ERCC RNA Spike-In Mix 1과 ExFold Spike-In Mix 1에는 동일한 제형의 ERCC transcript가 들어 있지만 배수 변화 평가 시 ExFold Spike-In Mix 1 대신 ERCC RNA Spike-In Mix 1를 사용할 수 없습니다. 제조번호가 동일한 ExFold Spike-In Mix 1와 Mix 2를 사용해야 합니다.

이 제품은 연구용으로만 사용가능합니다. 진단 절차에 사용할 수 없습니다.