Oncomine™ Colon cfDNA Assay

Le dosage de l’ADNc du côlon Oncomine™ fait partie d’une solution complète pour détecter l’ADN dérivé d’une tumeur du côlon (ADNct) (ou autre organe du tube digestif) dans l’ADN sans cellules (ADNc). Il fournit les réactifs pour la construction de bibliothèques et un groupe unique d’amorces PCR multiplex pour la préparation de bibliothèques d’amplicons à partir d’ADNcf obtenu à partir de la fraction plasmatique d’un seul tube de sang total. Le dosage permet d’analyser les variantes de nucléotides simples et les indels courts qui font fréquemment l’objet de mutation dans les cancers du côlon/tube digestif. Quatorze gènes avec > 240 hotspots sont couverts (gènes : AKT1, BRAF, CTNNB1, EGFR, ERBB2, FBXW7, GNAS, KRAS, MAP2K1, NRAS, PIK3CA, SMAD4, TP53, APC). Grâce à l’utilisation de la technologie de séquençage d’étiquettes, une limite de détection (LOD) pouvant atteindre 0,1 % peut être atteinte.

Remarque : Les fichiers BED cible et hotspot et le document Guide de l’utilisateur pour l’analyse des variantes ADNcf avec le logiciel Torrent Suite 5.2 se trouvent ci-dessous sous ’Documents’.

• Optimisation de la conception des amplicons courts pour l’ADNcf fragmenté (∼170 bp de longueur)
• Détection des deux variantes de nucléotides simples (SNV) et des indels de hotspot jusqu’à 0,1 % de LOD
• Très haute sensibilité et spécificité, permettant des niveaux de détection extrêmement faibles avec un minimum de faux positifs
• 6 échantillons peuvent être exécutés sur une puce Ion 530™, réduisant les coûts globaux de séquençage
• Un flux de travaux efficace, d’un seul tube de sang à des résultats en seulement 2 jours

Les biopsies liquides offrent plusieurs avantages par rapport aux biopsies conventionnelles de tumeurs solides :
• Les biopsies liquides sont moins invasives, ce qui permet de prélever des échantillons à plusieurs moments pour surveiller la progression
• Réduction du coût par rapport aux biopsies tissulaires traditionnelles
• Un délai d’exécution plus rapide de l’échantillon aux résultats
• Plus d’hétérogénéité tumorale capturée

L’ensemble du flux de travaux (figure ci-dessous) de l’isolement de l’ADNcf, à l’aide du kit d’isolement d’ADN sans cellulose MagMAX™, à l’analyse des échantillons peut être réalisée en seulement 2 jours à l’aide du système de séquençage Ion S5™ XL.

Technologie
L’ADNct est extrêmement peu concentré dans la fraction plasmatique du sang total. En raison de cette faible prévalence, une technologie de séquençage d’étiquettes est utilisée dans ce dosage. La technologie fixe une étiquette moléculaire unique aux amorces spécifiques aux gènes. Les produits amplifiés sont ensuite regroupés en familles contenant les mêmes étiquettes. Les familles qui contiennent le même variant mutant seront appelées avec des paramètres de classification de variantes optimisés pour l’application de biopsie liquide-oncologique. Les familles qui contiennent des erreurs aléatoires, généralement générées par le processus de séquençage / construction de la bibliothèque, sont identifiées et supprimées de la détection de variants.

Contrairement à d’autres technologies avec des LOD de 1 à 5 %, le dosage de l’ADNc du côlon Oncomine a une limite de détection flexible jusqu’à 0,1 % ou 1 copie d’un mutant dans un fond de 1 000 copies de type sauvage. Pour atteindre 0,1 % de LOD, 20 ng d’ADNcf d’entrée sont nécessaires. Des quantités plus faibles d’ADNc peuvent être utilisées (jusqu’à 1 ng), mais le LOD sera plus élevé selon la quantité d’entrée.

Simplicité, vitesse et évolutivité de la technologie de séquençage d’étiquettes
Le dosage de l’ADNc du côlon Oncomine encourage les études génétiques sur le cancer à partir de seulement 1 ng d’ADNc d’entrée pour la construction de bibliothèques ciblées. Le dosage de l’ADNcf utilise un équipement PCR standard et deux réactions PCR simples, l’une pour fixer les étiquettes moléculaires uniques et l’autre pour amplifier la bibliothèque, pour une sélection de cibles à base de PCR multiplex élevée sans nécessiter d’investissement important en capital. De plus, le dosage de l’ADNc du côlon Oncomine est compatible avec les échantillons FFPE pour des études de concordance possibles. Le temps total consacré aux bibliothèques ciblées est de seulement 3,5 heures. L’évolutivité et la flexibilité sont réalisées à l’aide de l’ensemble de codes-barres de séquençage d’étiquettes 1-24 (n° de réf. A31830) ou de l’ensemble de codes-barres de séquençage d’étiquettes 25-48 (n° de réf. A31847) pour le multiplexage d’échantillons à code-barres sur des puces Ion S5.

Pour en savoir plus sur les dosages d’ADNcf Oncomine >