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과학 프리젠테이션
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PRRS 바이러스 감시: PCR에 의한 바이러스 염기서열분석 및 바이러스 검출의 역할
PRRSV는 돌연변이가 많으므로 PRRSV 균주를 지속적으로 모니터링하여 고객이 확신을 갖고 모든 문제 균주를 검출할 수 있도록 최신 PCR 솔루션을 제공합니다. 염기서열분석 기술을 사용하여 순환하는 유럽 PRRSV 균주를 모니터링하면 현장 샘플에서 바로 분리된 RNA의 염기서열분석이 가능합니다. 염기서열분석을 이용한 접근법은 새로운 PRRSV 균주를 식별하여 PRRSV 검출을 위한 진단 도구의 성능을 향상시킬 수 있는 가능성을 높입니다. 개발중인 Applied Biosystems VetMAX PRRSV EU & NA 어세이는 PRRSV 유럽 유전자형의 4가지 하위 유형을 검출하고 99%의 진단 감도를 갖추어 현장에서 PRRSV 감시 프로그램의 효능을 강화하도록 설계되었습니다. Thermo Fisher Scientific은 샘플 채취, 추출 방법부터 염기서열분석 솔루션에 이르기까지 광범위한 워크플로우를 제공합니다.
Applied Biosystems VetMAX PEDV/TGEV/SDCoV 키트는 현장에서 얻은 다양한 유형의 환경 및 관련 샘플을 사용하여 개발되었으며 높은 특이성과 감도를 제공합니다. 경쟁사의 솔루션과 성능을 비교하기 위해 시장에서 주로 사용되는 두 개의 비교 가능한 키트와 비교했습니다. 현장에서 PEDV(N = 15), TGEV(N = 10) 및 SDCoV(N = 14)에 감염된 환경, 구강액 및 배설물 샘플을 채취하였으며 이 검사에 양성, 음성 대조군은 포함되고 템플릿 대조군은 포함되지 않았습니다. 3개 제조업체의 키트에 대한 RT-qPCR은 제조업체의 권장 사항에 따라 Applied Biosystems 7500 Fast Real-Time PCR 시스템에서 실행되었습니다. VetMAX PEDV/TGEV/SDCoV 키트는 키트 중 하나에 비해 지속적으로 CT가 낮고 다른 키트에 비해 기준선 대비 신호가 높아 검사 대상인 다른 키트와 동등하거나 더 우수한 결과를 나타냈습니다.
새로운 결핵의 실시간 PCR 키트의 개발과 검증
소의 결핵(TB)은 소떼와 야생동물에 영향을 주는 만성질병이며, 주로 Mycobacterium bovis에 의해 발생합니다. 새로운 분자 도구인 Applied Biosystems™ VetMAX™ M. tuberculosis Complex 키트 (MTBC)를 사용하면 Mycobacterium tuberculosis complex (MTBC)에 속하는 Mycobacteria 및 내부 대조군을 동시 검출 가능합니다. 키트의 성능을 입증하기 위해 소와 다양한 야생동물에 검증 연구를 수행했습니다.
VetMAX™-Gold MAP 검출 키트의 개발과 검증
USDA 승인 VetMAX™-Gold MAP 검출 키트는 소 배설물에서 정제한 MAP DNA의 신속한 체외(in vitro) 검출을 위한 실시간 PCR 어세이입니다. 이 어세이는 MAP 게놈의 고유한 서열분석 요소를 대상으로 하여 매우 감도 높은 특정 결과를 제공합니다. 이 연구의 목적은 개별 및 집합된(pooled) 소 배설물 샘플에서 추출한 핵산으로부터 MAP DNA를 검출하는데 있어 VetMAX™-Gold MAP 검출 키트의 성능 및 특성을 판단하기 위한 것입니다.
Xeno 내부 양성 대조군을 사용해 정확한 결과를 한 번에 획득 가능
qPCR 테스트 진단에 사용하는 동물 샘플 매트릭스는 거짓 음성 결과를 발생시킬 가능성이 있는 PCR 저해제를 다양하게 함유할 수도 있습니다. 농장 동물 보건상의 문제에 대한 더욱 정확한 진단을 돕는 솔루션을 제시하기 위한 노력의 일환으로, 기존의 TaqMan™ -기반의 워크플로우에 쉽게 통합할 수 있는 내부 양성 대조군을 개발해 PCR 저해제의 존재 여부를 검사함으로써 거짓 음성 결과 발생 가능성을 줄일 수 있었습니다.
염기서열분석 기술을 사용한 유럽의 PRRSV 균주 모니터링
PRRS는 단일 가닥의 파지티브-센스 RNA 외피보유 바이러스이며 돌연변이 발생율이 높아서 개별 균주간의 뉴클레오티드 시퀀스의 이질성이 크게 나타납니다. 유전학적으로 다양한 바이러스가 나타나면 실시간 RT PCR 진단 도구의 감도가 낮아질 위험성이 증가합니다. 현행 연구의 목표는 모세관 ORF7 시퀀싱 및 NGS 기술을 사용하여 유럽 전역에서 순환, 발생하는 PRRSV 균주를 모니터링하기 위한 것이었습니다.
MagMAX™ 샘플 전처리 시스템 및 VetMAX™-Gold Trich 검출 키트를 사용하여 검사한 멕시코 Chihuahua주 비육우의 Tritrichomonas foetus 유병률
SIV 검사를 위한 전체 워크플로우 솔루션의 개발과 검증
저희는 돼지 코 스왑(swab) 샘플로부터의 고속 대량의 핵산 정제, SIV 검출 및 SIV 서브타이핑(subtyping)으로 구성된 SIV 테스트 워크플로우를 검증했습니다. SIV는 A형 독감의 신속하고 정밀한 스크리닝을 위해 USDA-라이센스의 VetMAX™-Gold SIV 검출 키트, 단일 튜브, 원-스텝 real-time RT-PCR 키트를 사용하여 검출할 수 있습니다. 이 어세이는 바이러스 게놈의 돌연변이에 의한 거짓 음성의 수를 크게 제한하기 위해 SV 게놈의 세 개의 독립적인 부분을 대상으로 합니다.
PRRSV의 가축 관리를 위한 손쉬운 초기 진단 도구: 현장 조건에서 샘플 채취 및 유병률 비교
몇몇 연구의 주요 목표는 혈액/혈청 및 조직으로부터의 샘플 수집법에 반한 구강액 샘플 수집법을 검증하고 보다 용이한 샘플 수집법으로 더욱 쉽게 PRRSV를 초기 진단하기 위하여 현장 조건에서 구강액 샘플 수집법을 추천하기 위한 것입니다. Thermo Fisher Scientific은 채취한 800개 이상의 다양한 유전자형의 현장 샘플에 대해 real-time PCR 도구를 평가하기 위하여 전세계 몇몇 실험실과 연구소에 요청한 바 있습니다. 유럽과 북미의 현장 연구를 통해 구강액 샘플에 대한 키트의 성능을 평가했습니다.
현장 조건에서 PRRSV 유병률을 검출하고 판단하기 위한 진단 절차로서의 구강액에 대한 새로운 이해
유럽과 북미의 돼지 생식기 및 호흡기 증후군 바이러스(PRRSV) 균주에 대한 실험에서 구강액에서의 PRRSV 검출 확률이 혈청에서의 PRRSV 유병률과 긴밀한 관계를 갖고 있음을 알 수 있습니다(p0.0001). 혈청 유병률이 50%를 초과할 경우 구강액 샘플에서 이러한 바이러스를 검출할 수 있는 확률은 1에 가깝습니다. 따라서 구강액 샘플 채취는 가축 무리(herd) 수준에서 PRRSV 검출에 좋은 도구이지만, 이 질병의 유병률 판단에는 적합하지 않습니다.
새로운 아프리카 돼지 열병 실시간 PCR 키트의 개발과 검증
아프리카 돼지 열병 바이러스(ASFV)는 심각한 경제적 손실을 발생시킬 수 있는 전염성이 높은 신고 대상 전염병입니다. 이 질병에 대한 백신이나 치료 방법은 아직 개발되지 않았기 때문에 진단을 사용한 ASFV 모니터링이 이 질병의 통제를 위한 유일한 방법이며, 가장 중요합니다. p72 유전자 및 내부 대조군을 타겟으로 하는 새로운 듀플렉스 real-time PCR 키트가 개발됐으며, ASFV 진단에 대한 성능이 평가됐습니다.
우육 생산업자에게는 트리크(Trich) 규제 및 실험실 검사 방법을 주(state)의 경계에 걸쳐서 표준화하는 것이 중요합니다.
워싱턴 DC 소재, National Cattlemen's Beef Association, 수석 수의학자 Kathy Simmons 박사 주(state) 사이의 가축이동을 위한 통일된 트리크(Trich) 규제는 상거래 속도에 맞게 가축의 이동을 가능하게 합니다. 인접한 주들이 트리크(Trich)에 대해 잘 정의된, 세심하고 상호 인정할 수 있는 테스트 절차를 가짐으로써 중복되는 테스트 절차를 배제할 수 있었으며, 반복적이거나 불필요한 테스트로 인해 동물이나 취급자에게 발생할 수 있는 위험을 줄일 수 있습니다.*
캔자스주가 어떻게 트리크(trich)를 규제하지 않다가 현행 트리크 규제를 실행하고 진단 검사 방법들을 받아들였지 알아봅니다
캔자스주 토피카 소재, 캔자스주 농업부 동물 보건국장 Bill Brown 박사. 소에 대한 주 내부에서의 소유 변경, 주 간의 이동 및 진단 테스트에 대해 보다 종합적인 트리크 규제에 관한 캔자스주의 새로운 입법 개요. Brown 박사는 캔자스주 내의 트리크 관리의 개선을 위한 평가를 수행하기위해 네 명의 수의학자와 네 명의 우육 생산업자로 구성된 트리크 실무그룹을 지명했습니다.*
두 주의 트리크(Trich) 규제 및 실험실 검사 절차의 표준화가 수의학자 및 우육 생산업자에게 유리한 이유
Jeremy VanBoening 박사 - 네브라스카주 알마/홀브룩/프랭클린 소재, Republican Valley Medical Center. VanBoening 박사는 주 당국이 운영하는 진단 실험실마다 권장되는 샘플 취급 프로토콜이 상당히 다르다는 사실을 확인했습니다. 실험실마다 샘플을 인큐베이션할 것인지의 여부, 샘플을 얼음 위에 보관할 것인지의 여부, 샘플을 운반하는 방법, 실험실에서 선호하는 수집 배지 등이 달랐습니다. 샘플 수거 및 취급을 위한 실험실 권장사항을 표준화할 경우 테스트를 위해 제출된 샘플의 품질이 향상될 것입니다.*
감시를 향상시키기 위해 Ion PGM™ 시퀀서에서 A형 독감 염기서열분석 워크플로우 개발
A형 독감에 대해 현지 진행 중인 식별, 감시 및 특성 파악을 위해서는 전체 게놈 염기서열분석이 매우 중요합니다. 바이러스 게놈 염기서열분석을 실시할 때 라이브러리 프렙에서 배경 숙주의 핵산이 함께 프로세스되어 주된 리딩이 숙주의 게놈 염기서열분석 반응이 되는 경우가 있습니다. 이러한 문제에 대한 하나의 솔루션은 사전 증폭(pre-amplication)을 실행하는 것입니다.
IAV
예방접종을 한 돼지의 구강액 및 비강 스왑(swab)에서 A형 독감 바이러스 검출
돼지 모집단에서 비강 스왑(swab) 샘플을 사용해 IAV를 검출하는 작업은 많은 노동력이 필요하며, 열이 없는 돼지의 경우 감도가 상대적으로 낮습니다(1). 대안으로 사용되는 구강액 샘플은 몇 가지 돼지 호흡기 질병 바이러스에 대해 뛰어난 감시 샘플들로 나타났습니다.(2,3,4). 이 연구의 목표는 RT-PCR, 바이러스 분리(VI) 및 VetScan®(Abaxis Inc.)에 의한 IAV 검출 비율을 비교하는 것이었습니다.
소 배설물 샘플에 대한 상용 실시간 PCR 분석 및 HEYM 배양 사이의 상관 관계
미코박테리움 아비움 아종 파라결핵(MAP)에 대한 질병 관리 프로그램은 감염된 동물의 검출을 위한 정확하고 감도 높은 도구에 의존합니다. 배양에 근거하는 MAP 검출은 수 주가 걸리지만 PCR을 사용하면 신속하게 검출할 수 있습니다. 몇 가지 상용 및 다양한 사용자 지정 real-time PCR 어세이가 소 배설물 샘플들로부터 MAP 검출을 위해 사용되고 있습니다.
지속적으로 감염되는 소에 대한 추정 진단 차단(Presumptive Diagnostic Cut-Off) 확립
소 바이러스성 설사 바이러스는 소의 감염을 유발하며, 이 경우 우육 및 낙농 산업에 상당한 경제적 손실이 발생합니다. 자궁 내 BVDV 감염은 면역내성을 유발하여 동물이 살아 있는 동안 지속적으로 감염(PI)됩니다. PI 동물들은 연속적으로 바이러스를 퍼뜨리며, 가축의 BVDV 감염의 주 발생원이 됩니다. 또한 급성 및 과도하게 감염된 동물은 질병을 전파하고 표시가 납니다.
Tritrichomonas foetus 배양 샘플 집합에 이은 MagMAX™ 샘플 전처리 시스템 및 Applied Biosystems qPCR 시약을 이용한 증폭
이 연구의 목표: 1) 복수의 샘플 전처리 워크플로우(boiling, QIAGEN, MagMAX™) 및 각각의 T. foetus 검사를 위한 MagMAX™ 및 Applied Biosystem의 VetMAX™ 시약을 사용하는 진단 검사 실험실에 의해 현재 사용되는 Real time PCR 어세이를 비교하고, 2) 그 실현 가능성을 평가하는 것입니다.
복수 샘플 매트릭스를 위한 샘플 전처리 표준화
서로 다른 샘플 매트릭스를 프로세스하기위한 많은 다른 방법이 있습니다. 따라서 복수 샘플 유형을 다루는 연구자들은 혼동할 수 있습니다. 이 요약본은 더욱 표준화된 솔루션을 얻기 위해 디자인된 MagMAX™ 병원체 RNA/DNA 키트에 대해 설명하며, 실험실들이 이 키트 하나를 오더하여 각각의 샘플에 대해 다른 주입량 및 다양한 샘플 매트릭스를 사용할 수 있습니다. 따라서 실험실에서 업무를 수행할 수 있습니다.
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