teaser-portrait.par.51821.image.0.0.1

结合使用 SuperScript One-Cycle cDNA 试剂盒和 Affymetrix One-Cycle 分析,可以消除 Affymetrix GeneChip 工作流程中的停工时间,从而可以保持一致性

立即订购

含有Affymetrix GeneChip工作流程中双链cDNA合成所需的所有试剂

现在,可从 Invitrogen 购得 SuperScript One-Cycle cDNA 试剂盒与 Affymetrix One-Cycle 分析试剂盒一起使用,前者包含 Affymetrix GeneChip 工作流程中合成双链 cDNA 所需的全部试剂。

   
  • 含有 Invitrogen 专有的、低 RNase H 活性的 SuperScript II 反转录酶,可获得更高产率的全长 cDNA
  • 包含进行双链 cDNA 合成所需的全部组分,包括经验证的 T7-oligo (dT) 启动子引物(表 1)
  • 从制造商直接购买可以降低成本并保证供应。在 Affymetrix One-Cycle 工作流程中,使用经验证的 T7-Oligo (dT) 启动子引物和 SuperScript II 反转录酶可以产生更多的全长双链 cDNA , SuperScript II 反转录酶 (RT) 是一种专有的、低 RNase H 活性的 RT,仅可以从 Invitrogen 购得(图 1)。

在获得 cDNA 产物后,可以直接按照 Affymetrix 实验方案进行操作,进行纯化和体外转录,然后,将生物素标记的 cRNA 与 Affymetrix GeneChip 芯片杂交。

获取最高产量的全长产物

分别用 SuperScript One-Cycle cDNA 试剂盒 (Invitrogen) 与 GeneChip One-Cycle cDNA 合成试剂盒 (Affymetrix) 对等量的总 HeLa RNA 进行处理,cRNA 的产量相当(图 2)。 此外,采用SuperScript One-Cycle cDNA试剂盒 (Invitrogen) 和GeneChip One-Cycle cDNA合成试剂盒 (Affymetrix) 均可获得全代表性的cDNA,主要表现为GAPDH探针组的3´与5´比例相当 (图3)。

图2. SuperScript One-Cycle cDNA试剂盒具有产量一致性。 取等量的HeLa总RNA (1 μg或15 μg),加入T7-oligo(dT) 引物,于42°C下与SuperScript II逆转录酶 (两个试剂盒均有) 孵育一小时以合成cDNA,随后进行RNA酶H介导的第二链合成。 然后,对每个反应取等量的 cDNA,使用样品净化模块 (Sample Cleanup Module) 和 IVT 标记试剂盒进行处理,再在标准条件下合成 cRNA (Affymetrix)。 结果表明,在标准条件下从 Affymetrix 和 Invitrogen cDNA 试剂盒获得的 cRNA 产量相等。

图3. SuperScript One-Cycle cDNA试剂盒可提供全代表性的cDNA产物。 芯片分别与1 μg和15 μg cDNA在GeneChip杂交炉 (Affymetrix) 中于45˚C、60 rpm下杂交16小时,随后采用GeneChip洗涤工作站450冲洗 (Affymetrix,使用实验方案EukGEWS2v5_450)。 用 GeneChip 扫描仪 3000 7G (Affymetrix) 扫描芯片,获取 532 nm 的荧光信号。 使用 GeneChip 操作软件确定每个探针的信号。 在标准条件下,采用Affymetrix与Invitrogen cDNA试剂盒可获得相当的GAPDH信噪比。