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核酸染料

SYBR染料染色的琼脂糖胶可以用以下仪器进行观察:标准的UV紫外透射仪,应配置有紫外范围或者介于470和530 nm之间激发光波长的激光扫描仪;或者蓝光透射仪。

在使用甲醛变性胶检测RNA时,可将溴化乙锭加到上样缓冲液或RNA样本中,至终浓度为10 µg/mL,便于在电泳期间或电泳后实现RNA直接显像。将溴化乙锭加到样品或上样缓冲液中,比加到凝胶中或染胶法更好,因为凝胶中的甲醛会与溴化乙锭发生相互作用而产生荧光,导致难以识别特异性染色。据报道,10 µg/mL溴化乙锭可使检测灵敏度降低5-10%。然而,目前已知使用溴化乙锭可以保持RNA的完整性,达到良好的凝胶电泳效果,并可转移所有RNA,这些优势值得损失一些灵敏度。

是的,您可以使用溴化乙锭、SYBR® Green I、SYBR® Green II和SilverXpress®银染试剂盒对TBE凝胶染色。采用溴化乙锭染色时,将胶侵泡在使用超纯水配制的2 µg/mL溴化乙锭溶液中20分钟。染色后使用超纯水连续冲洗3次,每次10分钟,除去未结合染料。在紫外灯下观察条带。

溴化乙锭可用于检测ssDNA、RNA和dsDNA。这种荧光染料可插入到堆叠的核酸碱基间,在590 nm处产生较强的荧光。在1块琼脂糖凝胶中,溴化乙锭可检测低至约1–10 ng/条带的dsDNA。

用于琼脂糖凝胶:

  • 将溴化乙锭加到融化的琼脂糖中,至终浓度为0.5 µg/mL。不要融化已经含有溴化乙锭的琼脂糖。

用于电泳后的琼脂糖凝胶染色:

  • 在不含溴化乙锭的情况下进行电泳后凝胶染色时,可将凝胶浸泡在含0.5 µg/mL溴化乙锭的水溶液中,并轻轻搅拌10-30分钟。
  • 如有需要,可将凝胶置于水中摇动30分钟以脱色。对RNA凝胶染色时,应尽量缩短染色时间,并一定要进行脱色处理。

SYBR® Green I适用于dsDNA和ssDNA染色。SYBR® Green II适用于RNA染色。这些染料更适合在使用凝胶扫描设备进行凝胶成像时使用。在大多数应用中,SYBR® Gold比SYBR® Green I或SYBR® Green II的灵敏度更高一点(因为它是一种更好的通用染料),并且更适用于黑白摄影成像。SYBR® Safe DNA凝胶染料致突变性较低,是一种更为安全的染料,专为蓝光系统设计。它的灵敏性比其他形式染料低一些。

SYTO®核酸染料的结合方式尚不清楚。但是,SYTO®和相关核酸染料具有以下结合特性:

  1. 它们与一些溶剂结合(对盐、二价阳离子比较敏感,特别是SDS),因此,它们可能结合到DNA沟槽处。
  2. 所有SYTO®染料都表现出一些碱基选择性,因此,它们可能结合到DNA小沟处。
  3. 通过乙醇沉淀可从核酸中去除SYTO®染料;溴化乙锭和其他嵌入剂不具有此特性。同样,丁醇和氯仿提取不能从核酸中去除SYTO®染料,但能够去除溴化乙锭。
  4. SYTO® 结合不受非离子去垢剂的影响。
  5. SYTO®染料不会被BrdU淬灭,因此,SYTO®染料与核酸的结合方式不同于Hoechst 33342和DAPI(4',6-二脒基-2-苯基吲哚)。
  6. SYBR® Green I对移码指示菌几乎没有致突变性,证明其不大可能是强嵌入剂。

处理方法有很多种。请联系您当地的安全办公室或市政当局咨询处理指南。

SYBR® Safe™染料无致突变性、无毒性。SYBR® Safe™染料与溴化乙锭在紫外范围内具有相似的敏感度(约500 pg/条带)和同等的分辨率。成像时,溴化乙锭采用标准紫外透射仪成像,而SYBR® Safe™染料可在紫外光(约280 nm)且具有可见光性能的激光扫描仪或蓝光(500 nm)下观察。

所有SYBR®染料都具有相似的光谱性质,但化学组成不同。SYBR®Safe™ DNA凝胶染料是专门研发的溴化乙锭安全替代品。SYBR® Green I是dsDNA的超灵敏染料,而SYBR® Green II是RNA和ssDNA的高灵敏性染料。所有SYBR®染料都适用于Safe Imager™蓝光透射仪激发观察。

可以。只需在制备融化的琼脂糖时,用SYBR® Safe™ DNA凝胶染料溶液替代缓冲液。如果您使用了10,000X SYBR® Safe™ DNA凝胶染料浓缩液,则使用琼脂糖凝胶缓冲液(如1X TBE或1X TAE)以1:10,000稀释浓缩染料,并将缓冲液/染料溶液加入到琼脂糖粉末中。您可使用微波炉对琼脂糖/SYBR® Safe™ DNA凝胶染料混合物进行短暂加热。

1X染料溶液中的SYBR® Safe™ DNA凝胶染料含量低于1ppm。

使用SYBR® Safe™ DNA凝胶染料染色的DNA可使用蓝光透射仪观察,如我们的Safe Imager™ 2.0蓝光透射仪或标准紫外透射仪。如果您想要使用DNA进行克隆,应避免使用SYBR® Safe™ DNA凝胶染料染色的DNA暴露于紫外光照射下。

不能。大部分深琥珀/橙色溴化乙锭滤光片在550 nm附近有临界值。SYBR® Green染料在520 nm处有发射光,所以使用这种滤光片会过滤掉您所需要的数据。

与紫外光不同,蓝光可将DNA损害降至最低,对您的身体更安全,对DNA样本也更好。对于使用溴化乙锭染色并暴露于紫外光的DNA,使用SYBR® Safe DNA凝胶染料和Safe Imager™蓝光透射仪可提高克隆效率。

使用SYBR® Safe DNA凝胶染料染色的条带在300 nm透射仪上是肉眼可见的。但是,在您的CCD或相机上安装紫外兼容的发射滤光片,可得到最佳的凝胶成像结果。紫外灯也会发射一些红外(IR)光;如果您的相机镜头没有可阻断IR的特殊涂层,则需要安装红外滤镜,防止凝胶后面的紫外灯形成模糊图像。为了达到最佳检测和完全安全的目的,应使用Safe Imager™蓝光透射仪。

请点击此处并选择“滤光片推荐”,查看适用于SYBR® Safe™ DNA凝胶染料的推荐滤光片。请注意,SYBR® Safe™ DNA凝胶染料的激发和发射光谱与SYBR® Green I、SYBR® Green II、SYBR® Gold 染料,还有荧光素(FITC)极为相似。因此,亦可使用适用于这些染料的滤光片。若使用Safe Imager™蓝光透射仪,则无需使用滤光片;仪器内提供的琥珀色滤光片即具有该功能。

SYBR® Safe™ DNA凝胶染料的最大发射波长为530 nm。因此一些溴化乙锭滤光片可以透过所有500 nm以上的光。这些滤光片(通常为黄色)及其相关相机设置适用于SYBR® Safe™ DNA凝胶染料,通常只需对曝光或补光稍作调整。其他溴化乙锭滤光片(通常为红色)只能透过600 nm或以上的光;这些滤光片及其相关相机设置不适用于SYBR® Safe™ DNA凝胶染料。

SYBR® Safe™ DNA凝胶染料有两个主要的激发峰:紫外区的280nm和可见光区的502nm。因此,254 nm或300 nm紫外激发光以及488 nm激光、470 nm LED和广泛的蓝色光源(如Safe Imager™蓝光透射仪(货号S37102))都能够有效激发。最大激发波长为502nm;因此,Safe Imager™蓝光透射仪是激发SYBR® Safe™ DNA凝胶染料的最佳选择。您可通过在线方式或在染料附带的实验方案中查看SYBR® Safe™ DNA凝胶染料的全部激发和发射光谱。

SYBR® Safe™ DNA凝胶染料与目前我们已经检测的所有下游应用兼容,包括从凝胶上切割PCR产物、凝胶纯化、Gateway®克隆、TOPO®克隆和限制性内切酶克隆。如果您想将SYBR® Safe™ DNA凝胶染料用于特殊应用,请将详细信息发送到我们的邮箱techsupport@lifetech.com.

这取决于您特定的凝胶、成像系统和样本/标准品类型。
以下数据适用于紫外激发下的检测数值。对于488 nm激发,SYBR® Green I和SYBR® Gold染料在具有488激光器的Bio-Rad Molecular Imager FX™系统上的灵敏度下限为12 pg。

标准品

 

检测限

 

波长

 

染料

 

M13 (7.5 kb ssDNA)

100 pg/条带
300 pg/条带
1 ng/条带

254 nm
300 nm
300 nm

SYBR® Green I
SYBR® Green I
溴化乙锭

23S和16S rRNA

100 pg/条带
1 ng/条带
3–400 pg/条带

254 nm
254 nm
300 nm

SYBR® Green I
溴化乙锭
SYBR® Green I or II*

24-mer oligo

1 ng/条带

254 nm

SYBR® Green I

*SYBR® Green II的性能略优于SYBR® Green I。
10%聚丙烯酰胺凝胶:


24-mer oligo

10 ng/条带
200 ng/条带
2 ng/条带

254 nm
254 nm
254 nm

SYBR® Green II
溴化乙锭
SYBR® Green I

5%尿素聚丙烯酰胺凝胶:


24-mer oligo

10–30 ng/条带
1–200 ng/条带

254 nm
254 nm

SYBR® Green II
溴化乙锭溴化乙锭

我们强烈不建议重复使 用SYBR® Safe™ DNA凝胶染料,因为这会大大降低灵敏度。

使用乙醇沉淀法可轻松去除核酸上的SYBR® Safe™ DNA凝胶染料。

与溴化乙锭相似,SYBR® Safe™ DNA凝胶染料与DNA的迁移方向相反。但由于只有凝胶的最底部染料浓度会在电泳过程中降低,所以使用SYBR® Safe™ DNA凝胶染料制备的凝胶没有实际影响。在电泳缓冲液中加入SYBR® Safe™ DNA凝胶染料,可部分抵消这种作用。

YBR®染料仅在很窄的pH范围内有效,约为pH 7-8。超出此范围,荧光信号将迅速消失。

核酸梯度标准品和分子量标准

TrackIt™ DNA梯度标准品的样品缓冲液中含有2种示踪染料,可作为观察凝胶电泳进程的视觉指示分子,并能指示何时达到最大分辨率。示踪染料不会遮盖梯度标准品中的DNA条带,因为染料会跑出梯度标准品中大部分DNA条带的范围。TrackIt™蓝绿色/橙黄色上样缓冲液的配方含有独特的示踪染料,二甲苯蓝FF和橙黄G。我们推荐将TrackIt™蓝绿色/橙黄色上样缓冲液用于10bp至1kb间的DNA片段。TrackIt™蓝绿色/黄色上样缓冲液含有独特的示踪染料,二甲苯蓝FF和柠檬黄。我们推荐将TrackIt™蓝绿色/黄色上样缓冲液用于100bp至10kb间的DNA片段。二甲苯蓝FF的分子量为638.6,橙黄G为452.4,柠檬黄为534.4。备注:不推荐将TrackIt™ DNA 梯度标准品用于聚丙烯酰氨凝胶,并且不推荐用于定量分析。

我们提供3种不同的缓冲液:BlueJuice™凝胶上样缓冲液、TrackIt™上样缓冲液和E-Gel®样品上样缓冲液。BlueJuice™凝胶上样缓冲液可用于琼脂糖和非变性聚丙烯酰氨凝胶,包括E-Gel™琼脂糖凝胶。该缓冲液产品为10X浓度,应分别以2X和1X浓度用于琼脂糖凝胶和聚丙烯酰氨凝胶。TrackIt™上样缓冲液产品为6X浓度,含有方便观察迁移的示踪染料。这种上样缓冲液我们提供2种形式,TrackIt™蓝绿色/橙黄色上样缓冲液含有二甲苯蓝FF和橙黄G染料,TrackIt™蓝绿色/黄色上样缓冲液含二甲苯蓝FF和柠檬黄染料。E-Gel®样品上样缓冲液为即用型1X浓度,专门用于E-Gel®和E-Gel® EX琼脂糖凝胶。该缓冲液含有二甲苯蓝FF和柠檬黄染料。想了解更多信息,请点击该链接。不要在上样前加热梯度标准品。若用于琼脂糖凝胶电泳,也可使用含有终浓度20 mM NaCl的TE稀释梯度标准品。1mm泳道宽度使用约0.1 µg梯度标准品。

1 Kb Plus DNA Ladder

1 Kb DNA Ladder

以50和100bp增量递增的低分子量条带

以可变大小递增的低分子量条带

1 kb重复序列精确为1 kb

1 kb重复序列精确为1,018 bp

低分子量条带大多与1 kb条带的强度相同

506和1,018 bp条带间有间隔

所有条带具有相同的突出末端(GATC)

有些条带是平端的,有些条带具有一个AvaI突出末端

定位条带在1,650 bp

定位条带在1,636 bp

20个条带

18个条带

我们的低分子量DNA Mass 梯度标准品(货号10068013)和高分子量DNA Mass梯度标准品(货号10496016)专用于定量评估凝胶中的DNA质量。

是,我们提供用于单链RNA分析的Ambion® Millenium™分子量标准、Ambion® Century™分子量标准和Ambion® RNA梯度标准品。请点击链接查看我们的RNA分子量标准选择指南

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