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特殊RNA分离(mRNA,miRNA,病毒RNA)

请使用选择指南查看我们提供的各种mRNA纯化试剂盒,以及它们之间的区别。在 Dynabeads®网页可以获取更多关于Dynabeads® mRNA试剂盒的信息。

使用RNAqeous®家族的试剂盒提取的为200 nt以上的RNA,所以这些试剂盒不适合提取5S rRNA 或tRNA。但是,RNAqueous®-Micro Total RNA Isolation试剂盒提供一个改进的实验方案,可以从样本分离miRNA。

请使用选择指南来比较用于miRNA提取的不同试剂盒。

  • 沉淀miRNA:根据mirVANA™ miRNA Isolation试剂盒或mirVANA™ PARIS™试剂盒的说明进行操作。
  • 两次酚/胍(离液试剂)提取:使用酚/胍盐裂解组织,然后用酚提取,离心,取上清,并沉淀RNA。
  • 玻璃纤维过滤:使用离液剂裂解组织,将RNA结合在玻璃纤维膜上,然后洗涤除去未结合的DNA/蛋白/盐/核苷酸,然后洗脱RNA。

对于福尔马林固定样本,我们推荐使用RecoverAll™FFPE样品总核酸分离试剂盒。您可以使用此试剂盒从FFPE样品中提取总RNA和miRNA,然后按照miRVana™试剂盒说明中的富集方案对上述样本内的miRNA进行富集。对于未固定的LCM样品,您可以使用RNAqueous®试剂盒

不能,由于该纯化柱的截留分子量较低(大约为200bp),小RNA将会在使用这种纯化方法时丢失。

是的,您可以使用修改版的Megaplex™ Pools microRNA表达分析实验方案 (组分号 4399721,B版)。在该方案中,调整逆转录和预扩增反应体系以包含所有的细胞裂解物。

是的。您将需要按照另一个实验方案操作,点击此链接获取。

Poly(A)Purist™ 试剂盒和MicroPoly(A)Purist™试剂盒使用基于oligo(dT)纤维素的富集方法,而Poly(A)Purist™ MAG试剂盒采用基于oligo(dT)磁珠的纯化方法。Poly(A)Purist™试剂盒和Poly(A)Purist™ MAG试剂盒的样品为总RNA,而MicroPoly(A)Purist™试剂盒可以从总RNA中或直接从少量组织或哺乳动物细胞中提取mRNA。

有的,您可以加入1/10体积的3 M NaOAc,然后进行乙醇沉淀。

点击查看RiboMinus™工作流程

对于物种特异性来说,以下物种对于LSU/SSU探针没有任何错配(LSU (28S) / SSU (18S)探针完美配对)。这意味着探针可从下列物种中去除18S和28S序列。

陆生物种

海洋物种

植物

Human, mouse, rat, frog, rabbit, cow, pig, chicken, Drosophila,* Caenorhabditis elegans, midge, mosquito, yeast (Saccharomyces cerevisiae, Schizosaccharomyces pombe)

Sea squirt, coelacanth, lancelet, eel, salmon, sturgeon, ratfish, lamprey, brown plankton, zooplankton

Arabidopsis thaliana, Brassica napus, rice, tomato, Humulus lupulus, Zea mays, wheat, soybean, pine, aspen

* 该试剂盒中的28S和18S探针分别和果蝇的 18S和28S rRNA序列完全匹配。但是,有报道表明果蝇(昆虫)的 28S rRNA会分裂为2个较小片段并与18S共迁移。目前准确的分裂位点还未被找到。但是,基于用户的反馈,该试剂盒并不能完全去除分裂的28S rRNA。我们也没有用该试剂盒测试过果蝇样本。
5S和5.8S序列更具多样性,因此效果好的探针所使用的物种范围可能会较小:
5S: 0至1个错配:人,小鼠,,大鼠,青蛙,,鸡,果蝇,线虫, 拟南芥,玉米
5.8S: 0错配: 人, 小鼠,,大鼠

纯化后的RNA可以方便的用260 nm 紫外吸光值或Quant-iT™ RNA Assay试剂盒进行定量。要验证rRNA的去除效果,可以对样本进行琼脂糖凝胶电泳检测或使用Agilent® 2100 Bioanalyzer进行分析。与对照相比,样本的琼脂糖凝胶电泳应无18S和28S rRNA条带。通过琼脂糖凝胶电泳也可以判断样品是否有DNA污染及RNA降解。rRNA的去除效率,RNA的降解,以及RNA的浓度也都可以通过Bioanalyzer进行分析。

我们为此提供以下试剂盒:

是的,您可使用如下产品:

您需要在提取前将病毒从细胞中分离出来,以避免样品中细胞核酸的污染。

请参阅RNA样本收集,保护,以及提取支持中心 以获取更多信息。

这里是我们单独出售的DNA/RNA纯化缓冲液列表。

自动化RNA提取

请点击此链接了解两套系统的比较结果。

脚本可以从我们的网站下载。

MagMAX™ Express-96磁珠处理仪可兼容MagMAXTM Express-96孔板,深孔反应板(方孔)及PCR反应板(带裙边)。每一类型的反应板都有对应的优化过的MagMAXTM Express-96磁棒头和吸头。在这三种类型反应板中,MagMAXTM Express-96孔板可兼容所有三类磁头。方形孔的深孔板的样本最小体积必须为每孔2.2 mL(带盖2.0 mL)。

可以。您可在同一次运行中使用深孔板和MagMAXTM Express-96孔板。因此,您可以先采用较大体积的反应板开始处理,之后将纯化样本洗脱到小体积反应板(MagMAXTM Express-96孔板)中。

我们提供完整的MagMAXTM Express-96系统(又称MagMAXTM Express-96磁珠处理仪),能够以96孔板的形式纯化和处理蛋白、DNA、RNA和细胞样品。该处理仪能按照预先载入的纯化方案自动处理磁珠。

MagMAXTM Express-96的磁体使用非常稳定的材料制成。磁体的磁性不会变弱。不过,极端的机械外力或加热可能会对磁体造成损坏。注:务必使MagMAXTM Express-96的磁棒头远离其他磁棒或其他磁体。磁体相互撞击会引起严重损坏。

MagMAXTM Express-96系统不可靠近磁带、计算机磁碟及信用卡等磁性存储系统,这些物品可能会被MagMAXTM Express-96磁棒的强力磁场所损坏。MagMAXTM Express-96磁棒头不可靠近PC显示器,否则将可能造成显示器损坏。操控MagMAXTM Express-96磁棒头时,不可使用金属工具。

警告:本产品含有强力永磁体。佩戴心脏起搏器或金属义肢的人员不宜使用此设备。心脏起搏器或义肢靠近强磁场时,性能可能受到影响或发生损坏。

加热模块位于仪器内部,在实验方案执行过程中会被自动调用。MagMAXTM Express-96孔板与PCR反应板(带裙边)都能够通过专门设计的,可互换的加热模块进行加热。在实验方案中,可添加任意数量的加热步骤。在实验方案的执行过程中,当进入加热步骤时,反应板会自动移至专用的加热位置。加热步骤结束后,实验方案将自动进入下一步骤。

注:无法加入冷却步骤。

加热模块每分钟升温10°C,因此需要6分钟左右。

我们强烈建议保持每孔的液体体积在指定的限值范围内,以免试剂溢出。

在运行过程中您可以按“停止”按钮以暂停程序。如果您再按一次“开始”,则会继续运行。如果您按“停止”按钮两次,则运行完全停止。无法从一个实验方案的中间开始运行。

由磁套进行的试剂混合发生在液面以下,这样可防止使用MagMAXTM Express仪器时出现气溶胶和溢出。

共有2排,每排12个磁棒头;2个上样板。

推荐使用深孔板。对于更大体积的样品(可达400 μL),请使用深孔配置。

很遗憾,没有。

有的,您可以使用0.1 mM EDTA作为替代品(但是磁珠会沉降得慢一些)。

下列表格显示了不同 MagMAX™试剂盒之间通用的试剂:

 

AM1835

AM1836

AM1939

AM1830

AM1837

AM1839

AM1840

裂解/结合液浓缩液

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X

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X

X

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RNA结合磁珠

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洗涤液1浓缩液

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洗涤液2浓缩液.

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洗脱缓冲液

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裂解/结合增强剂

 

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载体RNA

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TURBO™ DNA酶

 

 

 

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MagMAX™ TURBO™ DNA酶缓冲液

 

 

 

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氧化锆珠子管

 

 

 

 

 

 

X

TRI Reagent®

 

 

 

 

 

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RNA重结合浓缩液或磁珠重悬溶液.

X

 

 

x

 

 

 

*在不同试剂盒中的同一试剂的体积会有所不同,但是成分是相同的。

如果将结合液和洗涤液1中异丙醇的浓度调整为50%,洗涤溶液2和洗脱溶液保持不变,MagMAX™ 磁珠处理仪即可以捕获小RNA。如果在使用AM1839时使用这种改进的方法,预期的 miRNA回收率是最高的。

AM1836是一个很好的选择, AM1835可以作为备选。

可以,载体RNA可以单独订购,货号是4382878。

可以,将结合液和洗涤液1中异丙醇的浓度调整为50%以沉淀小RNA。但是,我们还没有检测过这个方法的效果。

有的,Applied Biosystems™ MagMAX™ mirVana 总RNA试剂盒(货号A27828) 可以从多种样本(血清,血浆,全血,组织,细胞,尿液)同时提取小RNA和大RNA。

您可以根据您的实验操作习惯及具体实验需求选择磁力架。使用AM10027的磁力架,磁珠会聚集每孔的一侧,这样更有利于使用移液器从孔的另一侧吸取液体。AM10050的磁极在孔的周围,因此磁珠会在孔的周围聚集成环,更有利于使用自动化液体操作平台进行操作。

是的,iPrepTMPureLink®总RNA试剂盒可胜任此项应用。当屏幕上出现提示时,您可选取“No DNase(无DNA酶)”项。这样仪器就会收集样本中所有类型的核酸。不过,此试剂盒并没有为纯化DNA而进行过优化,所以由于裂解/结合缓冲液中GITC的存在,RNA和磁珠的结合能力会高于DNA。

iPrepTM纯化仪能够从多达13份样本(12份样本和1份阳性对照)中自动纯化核酸。您需要购买一款iPrepTM试剂盒,其中包含了样本制备试剂,其它相关试剂以及iPrepTM实验方案储存卡(iPrepTM Protocol Card),后者中预先编有纯化方案程序,指定了所应用的试剂体积和孵育时间。

iPrep™试剂盒

推荐的 iPrep™卡

iPrep™ ChargeSwitch®组织基因组DNA提取试剂盒

iPrep™血液与组织基因组DNA卡

iPrep™ ChargeSwitch®法医试剂盒

iPrep™ 法医卡(包括口腔应用方案)

iPrep™ ChargeSwitch®口腔细胞试剂盒

iPrep™ 法医卡 (包括口腔应用方案)

是的,所有MagMAX™试剂盒都能用于KingFisher™ Flex 磁珠处理仪。

KingFisher™ Flex 磁珠处理仪有四种磁棒选择:

- 用于MagMAX™ Express-96深孔板的KingFisher™ Flex磁棒

- 用于KingFisher™ 24深孔板的KingFisher™ Flex磁棒

- 用于KingFisher™ 96孔板的KingFisher™ Flex磁棒

- 用于有裙边PCR板的KingFisher™ Flex磁棒

不可以,96孔标准磁棒头和96深孔磁棒头不能互换。但是,两台仪器可以使用相同的磁棒套。

带96深孔磁棒头的KingFisher™ Flex仪器和MagMAX™ Express-96仪器所需的耗材是相同的。列表如下:

- MagMAX™ Express-96 深孔板 (货号 4388476)

- MagMAX™ Express-96 标准板(货号4388475)

- MagMAX™ Express-96深孔磁棒套(货号4388487)

- MagMAX™ Express-96 标准磁棒套(货号 4388488)

- MicroAmp™ 透明封口膜(可选): (货号. 4306311)

对于带24深孔磁棒头的KingFisher™ Flex仪器,所需耗材列表如下:

- KingFisher™ Flex 24深孔板:(货号. 95040480)

- KingFisher™ Flex 24深孔磁棒套: (货号 97002610)

不行,我们强烈推荐您使用MagMAX™板KingFisher™板,因为它们是专为配合KingFisher™ Flex磁棒套同时使用而设计的,以达到最佳效果。其它制造商生产的板子可能与KingFisher™ Flex加热模块不兼容。它们还可能引起意料之外的问题,例如可能会由于不同的孔容积和板底高度而引起交叉污染。

可以,反应体积可以扩大,并且所有其它体积(例如洗涤体积)需要以相同倍数扩大。除非板的容积允许,我们强烈建议反应体积扩大不应超过2倍。

可以,可将样品分装。在进行下一步之前,设置程序使得磁头可以从多个孔内收集样本。确保不要过量加样。

对于核酸提取,我们建议使用我们的MagMAX™试剂盒和MagJET试剂盒。其它大小在0.5到10 µm间的磁珠应该也可以使用。但是,您需要自己用Thermo Scientific™ BindIt™软件编写您自己的KingFisher™实验方案,并自己验证/优化这一实验方案。

BindIt™软件和Windows™ XP (Professional with Service Pack 3),Windows™ Vista (Service Pack 2), Windows™ 7 (Service Pack 1), 以及Windows™ 8兼容。

不能,出厂实验方案不能编辑,但是您可以使用“另存为”功能对其重命名,然后将它作为一个新的版本来编辑。

是的,MagMAX™ Express-96仪器可以和装有最新版本BindIt™软件v3.3.1.7的电脑相连。这种连接需要一个到USB转化器的串行端口。已有的.kf2 文件在BindIt™软件内不能被编辑,但是可以将.kf2文件重写为.bdz文件从而可以被编辑。请参见应用注意了解更多细节。

实验方案不能从KingFisher™ Flex仪器转移到电脑。实验方案需要被存储在BindIt™软件内之后才可以进行编辑。

KingFisher™ Flex使用一个USB接口,而MagMAX™ Express- 96需要一个RS-232接口。

The KingFisher™ Flex magnets are made of material that is very stable. The magnetic field will not get weaker. However, extreme mechanical force or heating can cause damage to the magnets.

Caution: It is very important to keep the KingFisher™ Flex heads away from each other and from other magnets at all times. Clashing together of the magnets may cause serious damage to the magnets.

The KingFisher™ Flex磁体是使用非常稳定的材料制成的。磁场不会变弱。不过,极端的机械外力或加热可能会对磁体造成损坏。

注:务必使KingFisher™ Flex的磁棒头远离其他磁棒或其他磁体。磁体相互接触会引起严重损坏。

可以通过运行“维护 (Maintenance)”菜单之下的“更换磁头 (Change magnet)”程序实现,使用“上 (up)”和“下 (down)”按钮进行选择。

您可在同一次运行中使用深孔板和KingFisher™ 96孔板。因此,您可以先采用较大体积的反应板开始处理,之后将纯化样本洗脱到小体积反应板(KingFisher™ 96孔板或MagMAX™ Express-96孔板)中。

加热模块每分钟升温10°C,因此需要6分钟左右。

我们强烈建议保持每孔的液体体积在指定的限值范围内,以免试剂溢出并确保最佳结果。

转移锁仅在移动仪器时有必要使用。

在BindIt™软件中设置实验方案。在完成前8块板后,仪器将暂停并提示您将板换出。

不是,处理体积指的是24孔深孔板内可以装入的最大体积。这包括结合缓冲液的体积和磁珠体积,所以当扩大反应体积时,一定要确保总体积不超过5mL。

是的,试剂盒内带有一块处理板,两块洗脱板,以及四个板盖,用于手动处理样本。但是,如果您希望使用KingFisher ™仪器,那么您需要额外购买深孔板,标准板,以及磁棒套。

可以,但是我们仅建议将样品在裂解结合缓冲液中于-20度储存不超过4天。在进行RNA纯化前应该将样本融化并平衡至室温。

不行,我们建议每次都新鲜制备蛋白酶K消化液。

您可以在产品页面找到MagMAX™ mirVana™总RNA提取试剂盒在MagMAX™ Express-96, KingFisher™ Flex, 或KingFisher™ Duo仪器上使用的脚本。

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