RNA 염기서열분석

유전자 발현의 변화를 규명하는 일은 내부 유전적 병변, 외부 자극 및 변화하는 환경 조건에 대한 세포 반응을 이해하기 위한 토대를 제공합니다. 결과적으로 RNA 발현 패턴에서 인간 질병의 예측과 분류를 위한 생물 표지자(biomarker)의 특별한 정보를 찾을 수 있습니다. 지금까지는 단백질 인코딩 RNA(poly-A+ RNA)에 초점이 맞춰져 있었지만 비코딩 RNA 염기서열의 중요성을 뒷받침하는 문헌도 나와 있습니다. 차세대 RNA 염기서열분석은 RNA 연구에서 매우 강력한 플랫폼으로서 다음과 같은 주요 장점을 제공합니다.

염기서열분석 관련 주요 제품

Ion AmpliSeq Transcriptome Solution

Ion Proton System

Ion S5 System

targeted gene expression analysis에서 whole transcriptome sequencing에 이르기까지 Ion Torrent™ 제품은 간편한 시료 전처리와 직관적인 데이터 분석을 통해 포괄적인 RNA 염기서열분석 솔루션을 제공합니다.

From gene expression of known targets to whole transcriptome sequencing for discovery

표적 RNA 염기서열분석

유전자 융합 검출 및 정량화와 같은 알려진 전사 패널의 유전자 발현 프로파일링

소형 RNA 염기서열분석

이미 알려진 것과 새로운 소형 RNA(miRNA 포함) 전사체를 모두 분석

표적 전사체 염기서열분석

10ng에 불과한 미소 RNA와 FFPE 친화적 시료 준비만으로 시작하는 RefSeq 전사에 대한 유전자 수준 발현

전장 전사체 염기서열분석

유전자 융합 및 슬라이스 변종을 포함하여 알려진 전사체와 새로운 전사체를 모두 식별 및 정량화

Strand-specific, hypothesis-free whole transcriptome analysis는 이미 알려진 혹은 새로운 transcripts 모두의 식별과 정량화를 가능하게 합니다. Invitrogen RNA 정제 및 Ion Torrent 라이브러리 구성 키트가 결합된 Ion S5™ System은 whole transcriptome 염기서열분석을 위하여 간편한 시료 전처리와 직관적 데이터 분석으로 구성된 신뢰할 수 있는 염기서열분석 워크플로를 제공합니다.

Whole transcriptome 염기서열분석은 과학적 발견에는 도움이 되지만 기존 방식의 유전자 발현 연구에는 너무 복잡합니다. 마이크로 어레이 기술과 비교하여 더 넓은 정량적 선형 동적 범위를 가진 Ion AmpliSeq™ Transcriptome Human Gene Expression Kit를 사용하면 시료 전처리와 데이터 분석을 간소화하면서도 차세대 염기서열분석(NGS)의 속도 및 높아진 감도의 장점을 활용할 수 있습니다. 간단한 유전자 수준 발현 분석을 위해서, 신속 및 formalin-fixed, paraffin-embedded (FFPE)-compatible 샘플 준비, 시퀀싱, 데이터 분석 워크플로를 사용하여 극소량인 10ng RNA 주입으로 20,000개 RefSeq transcripts를 타겟 >으로 할 수 있습니다.

Ion PGM 및 Ion S5 system은 microRNA (miRNA), short interfering RNA (siRNA) 및 piwi-interacting RNA (piRNA)와 같은 small RNA transcripts에 대한 시퀀싱-기반의 분석을 strand-specific, hypothesis-free 방식으로 제공합니다.

Targeted RNA 염기서열분석은 transcriptome 연구 결과 확인을 위한 경제적인 솔루션이며 경로 또는 질병 관련 성분에 빠르게 초점을 두기 위해 사용할 수도 있습니다. 매우 낮은 양의 총 RNA(비고정 RNA의 경우 최저 500pg 또는 FFPE 시료에서 분리된 RNA의 경우 5ng) 주입으로도 소수, 수백개 또는 수천개의 RNA 타겟들의 발현이 간단한 NGS-기반의 워크플로에서 분석될 수 있으며, 이를 통해 messenger RNA (mRNA), non-coding RNA (ncRNA), small RNA 및 gene fusions의 모니터링이 가능합니다.

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SOLiD NGS 기술을 사용한 RNA 염기서열분석에 대해 자세히 알아보기 ›

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